5nur

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein F

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 3	ABC transporter permease × 3 （A0A0W8AQT6） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 CALCIUM ION × 3 SULFATE ION × 8 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OMPF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–340； UniProt 23–362 作者链 C； PDB构建体 1–340； UniProt 23–362 作者链 E； PDB构建体 1–340； UniProt 23–362

ABC transporter permease

Klebsiella pneumoniae

UniProt A0A0W8AQT6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 3	Outer membrane protein F × 3 （P02931） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 CALCIUM ION × 3 SULFATE ION × 8 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0W8AQT6_KLEPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–236； UniProt 18–253 作者链 D； PDB构建体 1–236； UniProt 18–253 作者链 F； PDB构建体 1–236； UniProt 18–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nur
沉积日期 deposition_date	2017-05-01
结构标题 title	Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry
关键词 keywords	Outer membrane, lipid asymmetry, lipoprotein, phospholipid translocation, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5nur__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5nur__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5nur__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.05 Å
Rg（电子密度）	42.44 Å
总 Rg	42.54 Å
原子数	12920
残基数	1615
排除体积	226770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5nur__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein F
分子量 formula_weight	37114.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,E
原子数 atom_count	12920

AEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNGENSYGGNGDMTYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTGNKTRLAFAGLKYADVGSFDYGRNYGVVYDALGYTDMLPEFGGDTAYSDDFFVGRVGGVATYRNSNFFGLVDGLNFAVQYLGKNERDTARRSNGDGVGGSISYEYEGFGIVGAYGAADRTNLQEAQPLGNGKKAEQWATGLKYDANNIYLAANYGETRNATPITNKFTNTSGFANKTQDVLLVAQYQFDFGLRPSIAYTKSKAKDVEGIGDVDLVNYFEVGATYYFNKNMSTYVDYIINQIDSDNKLGVGSDDTVAVGIVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ABC transporter permease
分子量 formula_weight	26364.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,F

CASSSSGDRPQGRSDPLEGFNRTMFNFNFNVVDPYVLRPVAVAWRDYVPQPARNGLSNFTSNLEEPAVMVNYFLQGDPYKGMVHFTRFFLNTILGMGGLIDVAGMANPQLQRVEPHRFGSTLGHYGVGYGPYVQLPFYGSFTLRDEGGDMADGLYPVLSWLTWPMSIGKWAVEGIETRAQLLDSDGLLRQSSDPYILMREAYFQRHDFIANGGKLTPADNPNAQAIQDELKDIDSQ

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	940.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	940.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	720.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5nurA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	5nurC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	5nurE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

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晶胞边长 a length_a	190.550 Å
晶胞边长 b length_b	179.660 Å
晶胞边长 c length_c	133.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	47.399 Å
R 因子 r_factor	0.2212
R_work r_work	0.2193
R_free r_free	0.2591

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ABC transporter permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nur__assembly_1__model_1

5nur__assembly_1__model_1 | I(q)

5nur__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ABC transporter permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nur__assembly_1__model_1

5nur__assembly_1__model_1 | I(q)

5nur__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)