5nur

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein F

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 3 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–362 链 C； UniProt 23–362 链 E； UniProt 23–362	未记录	ABC transporter permease × 3 （A0A0W8AQT6） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400	分辨率 3.29 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5NUR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BT9 OMPF PORIN MUTANT D74A 提交 1998-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：D74A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
1GFM OMPF PORIN (MUTANT D113G) 提交 1996-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：D113G	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1GFN OMPF PORIN DELETION (MUTANT DELTA 109-114) 提交 1996-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：DEL(109-114)	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1GFO OMPF PORIN (MUTANT R132P) 提交 1996-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：R132P	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å
1GFP OMPF PORIN (MUTANT R42C) 提交 1996-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：R42C	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1GFQ OMPF PORIN (MUTANT R82C) 提交 1996-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：R82C	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1HXT OMPF PORIN MUTANT NQAAA 提交 2001-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：R42A,R82A,D113N,E117Q,R132A	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 30	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.289
1HXU OMPF PORIN MUTANT KK 提交 2001-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：V18K,G131K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
1HXX OMPF PORIN MUTANT Y106F 提交 2001-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：Y106F	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1MPF STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ALTERATIONS OF A COLICIN RESISTANT MUTANT OF OMPF-PORIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1994-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1OPF THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1994-11-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）链 B 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å
1OPF THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1994-11-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 23–362（340 aa）链 E 23–362（340 aa）链 F 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å
2OMF OMPF PORIN 提交 1995-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2ZFG Structure of OMPF PORIN 提交 2008-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.59 Å R-free 0.218
2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–362（340 aa）链 B 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3FYX The Structure of OmpF porin with a synthetic dibenzo-18-crown-6 as modulator 提交 2009-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	突变：K16C	451 N-(6,7,9,10,17,18,20,21-octahydrodibenzo[b,k][1,4,7,10,13,16]hexaoxacyclooctadecin-2-yl)acetamide × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.2 M CaCl2, 48% PEG 400, 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 3.40 Å R-free 0.294
3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–362（362 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.300
3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–362（362 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 K POTASSIUM ION × 9 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.300
3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–362（362 aa）链 B 1–362（362 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 K POTASSIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.300
3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–362（362 aa）	未记录	RB RUBIDIUM ION × 42 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–362（362 aa）	未记录	RB RUBIDIUM ION × 15 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–362（362 aa）链 B 1–362（362 aa）	未记录	RB RUBIDIUM ION × 19 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 B 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 C 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 E 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 F 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 H 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 I 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 K 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 L 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K1B Structure of OmpF porin 提交 2009-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 B 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340 链 C 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.9；293 K；0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 4.39 Å R-free 0.329
3K1B Structure of OmpF porin 提交 2009-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 23–362（340 aa）片段：sequence database residues 1-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.9；293 K；0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 4.39 Å R-free 0.329
4D5U Structure of OmpF in I2 提交 2014-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）链 B 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；16% PEG 4000, 0.4 M NACL AND 10 MM CDCL2 AS AN ADDITIVE, pH 8	分辨率 3.50 Å R-free 0.283
4D5U Structure of OmpF in I2 提交 2014-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 23–362（340 aa）链 E 23–362（340 aa）链 F 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；16% PEG 4000, 0.4 M NACL AND 10 MM CDCL2 AS AN ADDITIVE, pH 8	分辨率 3.50 Å R-free 0.283
4GCP Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin 提交 2012-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP Residues 23-362	未记录	AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.98 Å R-free 0.239
4GCP Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin 提交 2012-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）片段：UNP Residues 23-362	未记录	AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.98 Å R-free 0.239
4GCQ Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Carbenicillin 提交 2012-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP Residues 23-362	未记录	0JM (2S,5R,6R,7R)-6-{[(2R)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-7-hydroxy-3,3-dimethyl-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carbo xylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4GCQ Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Carbenicillin 提交 2012-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）片段：UNP Residues 23-362	未记录	0JM (2S,5R,6R,7R)-6-{[(2R)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-7-hydroxy-3,3-dimethyl-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carbo xylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4GCS Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ertapenem 提交 2012-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP Residues 23-362	未记录	1RG (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.87 Å R-free 0.227
4GCS Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ertapenem 提交 2012-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）片段：UNP Residues 23-362	未记录	1RG (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.87 Å R-free 0.227
4JFB Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS 提交 2013-02-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）链 B 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.314
4JFB Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS 提交 2013-02-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 23–362（340 aa）链 E 23–362（340 aa）链 F 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.314
4LSE Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M NaBr 提交 2013-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362 链 B 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362 链 C 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362	未记录	BR BROMIDE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
4LSF Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr 提交 2013-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362	未记录	BR BROMIDE ION × 9 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.298
4LSF Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr 提交 2013-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362	未记录	BR BROMIDE ION × 12 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.298
4LSH Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M KBr 提交 2013-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362	未记录	BR BROMIDE ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.293
4LSH Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M KBr 提交 2013-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362	未记录	BR BROMIDE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.293
4LSI Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.3M KBr 提交 2013-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362 链 B 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362 链 C 23–362（340 aa）片段：UNP residues 23-362	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 BR BROMIDE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.3 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.09 Å R-free 0.245
5NUO Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）链 E 23–362（340 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
5NUQ Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）链 E 23–362（340 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400	分辨率 3.20 Å R-free 0.306
5NUQ Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–362（340 aa）链 D 23–362（340 aa）链 F 23–362（340 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400	分辨率 3.20 Å R-free 0.306
6WTZ Cryo-EM structure of E. Coli OmpF 提交 2020-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–362（362 aa）链 B 1–362（362 aa）链 C 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
6ZHP Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 提交 2020-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–362（362 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 QLB 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 6 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；22 % PEG 2000, 0.25 M MgCl2, 0.1 M Tris	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
6ZHV Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–362（362 aa）链 B 1–362（362 aa）链 C 1–362（362 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 12 QLB 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；50% PEG 200, 0.2 M MgCl2, 0.1 M NaCacodylate	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
7NST ColicinE9 partial translocation complex 提交 2021-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 23–362（340 aa）链 B 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 3.70 Å
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–362（340 aa）链 B 23–362（340 aa）链 C 23–362（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 4.70 Å
8C7L Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. 提交 2023-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–362（362 aa）链 B 1–362（362 aa）链 C 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400 copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine	分辨率 3.52 Å R-free 0.255
8C7L Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. 提交 2023-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–362（362 aa）链 E 1–362（362 aa）链 F 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400 copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine	分辨率 3.52 Å R-free 0.255
9J9L artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Zn) 提交 2024-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 BCN BICINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Bicine pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.60 Å R-free 0.278
9J9M artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.29 Å R-free 0.221
9J9M artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.29 Å R-free 0.221
9J9N artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 2 (M2:Zn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.86 Å R-free 0.250
9J9N artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 2 (M2:Zn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.86 Å R-free 0.250
9J9O artificial dinuclear Zn-bound metalloprotein 1 (D1:2Zn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.99 Å R-free 0.239
9J9O artificial dinuclear Zn-bound metalloprotein 1 (D1:2Zn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–362（340 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 2.99 Å R-free 0.239
9J9P artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 3 (M3:Zn) 提交 2024-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–362（340 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000	分辨率 3.47 Å R-free 0.266

共 41 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OMPF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–340； UniProt 23–362 作者链 C； PDB构建体 1–340； UniProt 23–362 作者链 E； PDB构建体 1–340； UniProt 23–362

ABC transporter permease

Klebsiella pneumoniae

UniProt A0A0W8AQT6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 3 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–253 链 D； UniProt 18–253 链 F； UniProt 18–253	未记录	Outer membrane protein F × 3 （P02931） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400	分辨率 3.29 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5NUR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5NUO Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 18–253（236 aa）链 D 18–253（236 aa）链 F 18–253（236 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
5NUP Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 18–253（236 aa）链 E 18–253（236 aa）链 F 18–253（236 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 19 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.04 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH7.5 and 32 % PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.290

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0W8AQT6_KLEPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–236； UniProt 18–253 作者链 D； PDB构建体 1–236； UniProt 18–253 作者链 F； PDB构建体 1–236； UniProt 18–253

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nur
沉积日期 deposition_date	2017-05-01
结构标题 title	Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry
关键词 keywords	Outer membrane, lipid asymmetry, lipoprotein, phospholipid translocation, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.44 Å
零角强度 I(0) i0	521377000.00
分子量 molecular_weight	182960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	226770 Å³
包络体积 envelope_volume	311190 Å³
水化壳体积 shell_volume	63146 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.47 Å
包络 Rg envelope_rg	42.77 Å
形状 Rg shape_rg	42.45 Å
总 Rg total_rg	42.54 Å
总原子数 total_atoms	12920
残基数 n_residues	1615
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	521300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8678
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.432
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.287
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.698

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein F
分子量 formula_weight	37114.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,E
原子数 atom_count	12920

AEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNGENSYGGNGDMTYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTGNKTRLAFAGLKYADVGSFDYGRNYGVVYDALGYTDMLPEFGGDTAYSDDFFVGRVGGVATYRNSNFFGLVDGLNFAVQYLGKNERDTARRSNGDGVGGSISYEYEGFGIVGAYGAADRTNLQEAQPLGNGKKAEQWATGLKYDANNIYLAANYGETRNATPITNKFTNTSGFANKTQDVLLVAQYQFDFGLRPSIAYTKSKAKDVEGIGDVDLVNYFEVGATYYFNKNMSTYVDYIINQIDSDNKLGVGSDDTVAVGIVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ABC transporter permease
分子量 formula_weight	26364.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,F

CASSSSGDRPQGRSDPLEGFNRTMFNFNFNVVDPYVLRPVAVAWRDYVPQPARNGLSNFTSNLEEPAVMVNYFLQGDPYKGMVHFTRFFLNTILGMGGLIDVAGMANPQLQRVEPHRFGSTLGHYGVGYGPYVQLPFYGSFTLRDEGGDMADGLYPVLSWLTWPMSIGKWAVEGIETRAQLLDSDGLLRQSSDPYILMREAYFQRHDFIANGGKLTPADNPNAQAIQDELKDIDSQ

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	940.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	940.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	720.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5nurA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	5nurC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	5nurE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	190.550 Å
晶胞边长 b length_b	179.660 Å
晶胞边长 c length_c	133.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	47.399 Å
R 因子 r_factor	0.2212
R_work r_work	0.2193
R_free r_free	0.2591

fit	/app/data/saxs_computation/nu/5nur/5nur.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nu/5nur/5nur.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nu/5nur/5nur.dat

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ABC transporter permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)