SAXSdb — 5nvk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GRB10-interacting GYF protein 1 × 1 （O75420）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GRB10-interacting GYF protein 1 × 1 （O75420）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GRB10-interacting GYF protein 1 × 1 （O75420）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GRB10-interacting GYF protein 1 × 1 （O75420）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4E2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–189； UniProt 52–234 作者链 C； PDB构建体 7–189； UniProt 52–234 作者链 E； PDB构建体 7–189； UniProt 52–234 作者链 G； PDB构建体 7–189； UniProt 52–234

GRB10-interacting GYF protein 1

Homo sapiens

UniProt O75420

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 × 1 （O60573）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 × 1 （O60573）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 × 1 （O60573）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 × 1 （O60573）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGYF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–75； UniProt 33–103 作者链 D； PDB构建体 5–75； UniProt 33–103 作者链 F； PDB构建体 5–75； UniProt 33–103 作者链 H； PDB构建体 5–75； UniProt 33–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nvk
沉积日期 deposition_date	2017-05-04
结构标题 title	Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex
关键词 keywords	translational regulation, cap-binding protein, 4EHP-binding protein, GRB10-interacting GYF protein 1, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5nvk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5nvk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5nvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.17 Å
Rg（电子密度）	17.84 Å
总 Rg	19.01 Å
原子数	3908
残基数	240
排除体积	34948 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5nvk__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5nvk__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5nvk__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5nvk__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
分子量 formula_weight	21979.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	15534

GPHMLEAEHPLQYNYTFWYSRRTPGRPTSSQSYEQNIKQIGTFASVEQFWRFYSHMVRPGDLTGHSDFHLFKEGIKPMWEDDANKNGGKWIIRLRKGLASRCWENLILAMLGEQFMVGEEICGAVVSVRFQEDIISIWNKTASDQATTARIRDTLRRVLNLPPNTIMEYKTHTDSIKMPGRLGPQRLLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GRB10-interacting GYF protein 1
分子量 formula_weight	8733.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GPHMKYKLADYRYGREEMLALYVKENKVPEELQDKEFAAVLQDEPLQPLALEPLTEEEQRNFSLSVNSVAVLRLM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d5nvka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5nvkc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5nvke_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5nvkg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5nvkg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5nvkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

结构域编号 domain_id	5nvkC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

结构域编号 domain_id	5nvkE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

结构域编号 domain_id	5nvkG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

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晶胞边长 a length_a	135.320 Å
晶胞边长 b length_b	135.320 Å
晶胞边长 c length_c	60.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42
空间群编号 int_tables_number	77
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	47.843 Å
R 因子 r_factor	0.2067
R_work r_work	0.2042
R_free r_free	0.2538

Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GRB10-interacting GYF protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nvk__assembly_1__model_1

5nvk__assembly_1__model_1 | I(q)

5nvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GRB10-interacting GYF protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nvk__assembly_1__model_1

5nvk__assembly_1__model_1 | I(q)

5nvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)