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5o09

BtubABC mini microtubule

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 231.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin

Prosthecobacter dejongeii

UniProt Q8GCC5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 1A； UniProt 3–435 链 2A； UniProt 3–435 链 3A； UniProt 3–435 链 4A； UniProt 3–435 链 5A； UniProt 3–435 链 6A； UniProt 3–435 链 7A； UniProt 3–435 链 8A； UniProt 3–435 未记录 Tubulin BtubB × 8 （Q8GCC1） Bacterial kinesin light chain × 8 （A8Y5U5） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5O09 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BTO Structure of BtubA from Prosthecobacter dejongeii 提交 2005-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–473（473 aa）
链 B 1–473（473 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1.6M NA K PHOSPHATE, PH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
2BTQ Structure of BtubAB heterodimer from Prosthecobacter dejongeii 提交 2005-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–473（473 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1.5M LI2SO4, 0.4M TRIS/HCL, PH 7.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.247

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8GCC5_9BACT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 2A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 3A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 4A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 5A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 6A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 7A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435 作者链 8A； PDB构建体 1–433； UniProt 3–435

Tubulin BtubB

Prosthecobacter dejongeii

UniProt Q8GCC1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 1B； UniProt 1–426 链 2B； UniProt 1–426 链 3B； UniProt 1–426 链 4B； UniProt 1–426 链 5B； UniProt 1–426 链 6B； UniProt 1–426 链 7B； UniProt 1–426 链 8B； UniProt 1–426 未记录 Tubulin × 8 （Q8GCC5） Bacterial kinesin light chain × 8 （A8Y5U5） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5O09 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BTQ Structure of BtubAB heterodimer from Prosthecobacter dejongeii 提交 2005-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–426（426 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1.5M LI2SO4, 0.4M TRIS/HCL, PH 7.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.247

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8GCC1_9BACT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 1B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 2B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 3B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 4B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 5B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 6B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 7B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426 作者链 8B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

Bacterial kinesin light chain

Prosthecobacter vanneervenii

UniProt A8Y5U5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 1C； UniProt 2–239 链 2C； UniProt 2–239 链 3C； UniProt 2–239 链 4C； UniProt 2–239 链 5C； UniProt 2–239 链 6C； UniProt 2–239 链 7C； UniProt 2–239 链 8C； UniProt 2–239 未记录 Tubulin × 8 （Q8GCC5） Tubulin BtubB × 8 （Q8GCC1） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5O09 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5O01 Crystal structure of BtubC (BKLC) from P. vanneervenii 提交 2017-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；50 mM CHES/NaOH, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol, pH 9.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.237
5O01 Crystal structure of BtubC (BKLC) from P. vanneervenii 提交 2017-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；50 mM CHES/NaOH, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol, pH 9.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.237

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8Y5U5_9BACT
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 1C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 2C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 3C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 4C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 5C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 6C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 7C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 8C； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5o09

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5o09
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5o09
沉积日期 deposition_date2017-05-16
结构标题 titleBtubABC mini microtubule
关键词 keywordsbacterial cytoskeleton, microtubules, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier69.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.09 Å
零角强度 I(0) i012885700000.00
分子量 molecular_weight958310.0 kDa
排除体积 excluded_volume1197000 ų
包络体积 envelope_volume1782100 ų
水化壳体积 shell_volume205870 ų
包络直径 envelope_diameter236.5 Å
壳层 Rg shell_rg77.20 Å
包络 Rg envelope_rg66.92 Å
形状 Rg shape_rg69.10 Å
总 Rg total_rg69.16 Å
总原子数 total_atoms67424
残基数 n_residues8648
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax231.3 Å
Rg (实空间) rg_real69.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.83 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2890e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0210e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12910000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8460
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary84.1 Å
偏度 Skewness skewness0.151
峰度 Kurtosis kurtosis-0.325
角度范围 angular_range— – 0.1100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha674400000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.750
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)