5o28

E. coli FolD apo

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional protein FolD

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–288 链 B； UniProt 2–288	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 30 % (w/v) PEG 8000	分辨率 1.89 Å R-free 0.209
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–288 链 D； UniProt 2–288	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 30 % (w/v) PEG 8000	分辨率 1.89 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5O28	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B0A 5,10, METHYLENE-TETRAHYDROPHOLATE DEHYDROGENASE/CYCLOHYDROLASE FROM E COLI. 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–288（288 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.56 Å R-free 0.292
5O22 E. coli FolD in complex with carolacton 提交 2017-05-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–288（287 aa）链 B 2–288（287 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C3R Carolacton × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 30 % (w/v) PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
5O22 E. coli FolD in complex with carolacton 提交 2017-05-19	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–288（287 aa）链 D 2–288（287 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C3R Carolacton × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 30 % (w/v) PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
5O2A FolD Q98H 提交 2017-05-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–288（287 aa）链 B 2–288（287 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH 6.0 and 25 % PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.181
5O2A FolD Q98H 提交 2017-05-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–288（287 aa）链 D 2–288（287 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH 6.0 and 25 % PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.181

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FOLD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–289； UniProt 2–288 作者链 B； PDB构建体 3–289； UniProt 2–288 作者链 C； PDB构建体 3–289； UniProt 2–288 作者链 D； PDB构建体 3–289； UniProt 2–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5o28
沉积日期 deposition_date	2017-05-19
结构标题 title	E. coli FolD apo
关键词 keywords	carolacton, FolD, natural product, inhibitor, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.58 Å
零角强度 I(0) i0	228417000.00
分子量 molecular_weight	122550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154440 Å³
包络体积 envelope_volume	203570 Å³
水化壳体积 shell_volume	49958 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.84 Å
包络 Rg envelope_rg	32.87 Å
形状 Rg shape_rg	33.58 Å
总 Rg total_rg	34.13 Å
总原子数 total_atoms	8617
残基数 n_residues	1131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	228400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.412
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.920

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional protein FolD
分子量 formula_weight	31216.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.5,3.5.4.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9654

MGAAKIIDGKTIAQQVRSEVAQKVQARIAAGLRAPGLAVVLVGSNPASQIYVASKRKACEEVGFVSRSYDLPETTSEAELLELIDTLNADNTIDGILVQLPLPAGIDNVKVLERIHPDKDVDGFHPYNVGRLCQRAPRLRPCTPRGIVTLLERYNIDTFGLNAVVIGASNIVGRPMSMELLLAGCTTTVTHRFTKNLRHHVENADLLIVAVGKPGFIPGDWIKEGAIVIDVGINRLENGKVVGDVVFEDAAKRASYITPVPGGVGPMTVATLIENTLQACVEYHDPQDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bifunctional protein FolD
分子量 formula_weight	31216.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.5,3.5.4.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Bifunctional protein FolD
分子量 formula_weight	31162.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.5,3.5.4.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1014

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d5o28a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.2 — Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

结构域编号 domain_id	d5o28a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5o28b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.2 — Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

结构域编号 domain_id	d5o28b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5o28b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5o28c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.2 — Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

结构域编号 domain_id	d5o28c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5o28d1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.2 — Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

结构域编号 domain_id	d5o28d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5o28d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5o28A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5o28B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5o28C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5o28D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	99.590 Å
晶胞边长 b length_b	79.840 Å
晶胞边长 c length_c	101.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	36.140 Å
R 因子 r_factor	0.1849
R_work r_work	0.1836
R_free r_free	0.2091

fit	/app/data/saxs_computation/o2/5o28/5o28.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o2/5o28/5o28.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o2/5o28/5o28.dat

E. coli FolD apo

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional protein FolD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)