5o74

Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multifunctional virulence effector protein DrrA

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 340–533	突变：D512C	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 340–533	突变：D512C	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 340–533	突变：D512C	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 340–533	突变：D512C	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 340–533	突变：D512C	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 340–533	突变：D512C	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5O74	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WWX Crystal structure of the SidM/DrrA(GEF/GDF domain)-Rab1(GTPase domain) complex 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 317–533（217 aa）片段：RESIDUES 317-533	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 193–550（358 aa）片段：GEF/GDF domain, residues 193-550	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.266
3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 193–550（358 aa）片段：GEF/GDF domain, residues 193-550	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.266
3L0M Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 317–647（331 aa）片段：Rab1-activation domain, P4M domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.241
3L0M Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 317–647（331 aa）片段：Rab1-activation domain, P4M domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.241
3NKU Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–218（210 aa）片段：N-terminal domain (residues 9-218)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
3NKU Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 9–218（210 aa）片段：N-terminal domain (residues 9-218)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6YX5 Structure of DrrA from Legionella pneumophilia in complex with human Rab8a 提交 2020-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 16–352（337 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 3 LJN [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine, pH 9, 2.4M ammonium sulphate	分辨率 2.14 Å R-free 0.238

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRRA_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533 作者链 C； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533 作者链 E； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533 作者链 G； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533 作者链 I； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533 作者链 K； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533

Ras-related protein Rab-1B

Homo sapiens

UniProt Q9H0U4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 3–174	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 3–174	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 3–174	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 3–174	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 3–174	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 3–174	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5O74	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JZA Crystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；292 K；0.1 M Sodium citrate, 35% v/v PEG 600, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3NKV Crystal structure of Rab1b covalently modified with AMP at Y77 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–174（172 aa）片段：Rab1b-AMP	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BA BARIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；15% (v/v) isopropanol, 15% (w/v) PEG4000, 0.1 M imidazole, 10 mM BaCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.187
3NKV Crystal structure of Rab1b covalently modified with AMP at Y77 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–174（172 aa）片段：Rab1b-AMP	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BA BARIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；15% (v/v) isopropanol, 15% (w/v) PEG4000, 0.1 M imidazole, 10 mM BaCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.187
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 3–174（172 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
5SZH Structure of human Rab1b in complex with the bMERB domain of Mical-cL 提交 2016-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-22% PEG3350 0.1M bis-Tris Propane 0.2M tri-Sodium Citrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.207
5SZK Structure of human N-terminally engineered Rab1b in complex with the bMERB domain of Mical-cL 提交 2016-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	突变：N2A, P3K, E4T	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M bis-tris pH 7.5, 0.2M sodium malonate and 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
6SKU Legionella effector AnkX in complex with human Rab1b 提交 2019-08-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–174（172 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.5 M Sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
8ALK Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1 提交 2022-08-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–174（172 aa）	突变：S76T	CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 OJU 2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%	分辨率 2.15 Å R-free 0.228

共 8 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–174； UniProt 3–174 作者链 D； PDB构建体 3–174； UniProt 3–174 作者链 F； PDB构建体 3–174； UniProt 3–174 作者链 H； PDB构建体 3–174； UniProt 3–174 作者链 J； PDB构建体 3–174； UniProt 3–174 作者链 L； PDB构建体 3–174； UniProt 3–174

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5o74
沉积日期 deposition_date	2017-06-08
结构标题 title	Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP
关键词 keywords	Rab1b, DrrA, exchange factor, Legionella pneumophila, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.31 Å
零角强度 I(0) i0	859521000.00
分子量 molecular_weight	242300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	303810 Å³
包络体积 envelope_volume	414320 Å³
水化壳体积 shell_volume	78132 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.99 Å
包络 Rg envelope_rg	43.43 Å
形状 Rg shape_rg	44.29 Å
总 Rg total_rg	44.59 Å
总原子数 total_atoms	33987
残基数 n_residues	2126
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	859700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8755
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	59.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.302
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	103100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.860

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Multifunctional virulence effector protein DrrA
分子量 formula_weight	22001.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
突变 mutation	D512C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	33987

GHMVTRIENLENAKKLWDNANSMLEKGNISGYLKAANELHKFMKEKNLKEDDLRPELSDKTISPKGYAILQSLWGAASDYSRAAATLTESTVEPGLVSAVNKMSAFFMDCKLSPNERATPDPDFKVGKSKILVGIMQFIKDVADPTSKIWMHNTKALMNHKIAAIQKLERSNNVNCETLESVLSSKGENLSEYLSYK

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-1B
分子量 formula_weight	20605.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MAPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYXGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5o74b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5o74d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5o74f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5o74h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5o74j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5o74l_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5o74A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5o74B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5o74C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5o74D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5o74E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5o74F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5o74G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5o74H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5o74I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5o74J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5o74K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5o74L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.910 Å
晶胞边长 b length_b	87.450 Å
晶胞边长 c length_c	93.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	114.61 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.74 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	46.525 Å
R 因子 r_factor	0.2304
R_work r_work	0.2286
R_free r_free	0.2660

fit	/app/data/saxs_computation/o7/5o74/5o74.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o7/5o74/5o74.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o7/5o74/5o74.dat

Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multifunctional virulence effector protein DrrA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rab-1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)