SAXSdb — 5o7h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein, Csy4 family

Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	crRNA × 1 Cas7fv × 3 （A4Y6G1） Cas5fv × 1 （A4Y6G2）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A4Y6G3_SHEPC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–167； UniProt 16–181

Cas7fv

Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453)

UniProt A4Y6G1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	crRNA × 1 CRISPR-associated protein, Csy4 family × 1 （A4Y6G3） Cas5fv × 1 （A4Y6G2）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A4Y6G1_SHEPC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–315； UniProt 2–315 作者链 D； PDB构建体 2–315； UniProt 2–315 作者链 E； PDB构建体 2–315； UniProt 2–315

Cas5fv

Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453)

UniProt A4Y6G2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 5 RNA 1	crRNA × 1 CRISPR-associated protein, Csy4 family × 1 （A4Y6G3） Cas7fv × 3 （A4Y6G1）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A4Y6G2_SHEPC
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 2–336； UniProt 2–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5o7h
沉积日期 deposition_date	2017-06-08
结构标题 title	Structure of the Cascade-I-Fv complex from Shewanella putrefaciens
关键词 keywords	RNA SURVEILLANCE, ADAPTIVE IMMUNITY, CRISPR, CASCADE, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5o7h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5o7h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5o7h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.01 Å
Rg（电子密度）	40.80 Å
总 Rg	41.00 Å
原子数	12262
残基数	1387
排除体积	207540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5o7h__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	13756.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12262

CUUAGAAAGCAAACCUAUAACCGUUCACCGCCGCACAGGCGGC

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella putrefaciens CN-32
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	319224
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, Csy4 family
分子量 formula_weight	18863.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MREAELSSKVFTKFHKALVTLNSHKIGISFPQMKLSLGQLFRIHGDASLLHDLQGLDWLGPLAGYCQVTAVSAVPDHVQYRIVSVKRSNLSKAKLKRLIARGSIDKDGEKRYKVKMLGQGFDNPYLDLFSSSTGQVYRKFFEFSDIQAHPLDGEFDSYGLSKTATVP

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	319224
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cas7fv
分子量 formula_weight	35836.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

MQKVTGIKSVDFKIKALGHGVVNWNGPTTLTGDDGKTVDNHTLPKLRGYTNLTGKVKDETGYKYKKQATDINFKETPLYISQNCIRHHLFREQAFDLHYASDKNLKNVLASITGLIRGYVVPSSQCKRTSPLLLEDFVDQLGNGNFEQYGQAGARDSTSFFSKTTFGDTEYISYGSISIEQLQFISLDKKFDRAAMVIKEGEGEVIAAELQNYIQSLNPSLNPQAIFHSNYVRRGTIFEEGECGILLNDDAVKALVAETLERLANLSIRQAKGYMYVDDITVDYNDSHKMMRIKRDESEIINEQHAPFAQYFYAK

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	319224
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cas5fv
分子量 formula_weight	38373.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKIIIEYDSCWRNAFLGGSNNEPVPKKGREFLGSMTSLKKEGNFKVCENTLDTVMGVLNRLIGDQRKLYQARSKMYESAYYFEALEDKVSFIDKPQLTNEISFIRNMNGSTDQNAFTGMIKVSDPVFTSEYSQQFWGVLALDFTQLCDFIIKQSQVVGSIELNPLSIINRLESLNQEKALENSDDLAQVLKVLNEYFPDIEYLNNKGLITPISIYCSALYLQLARLETSFNMTTAKTKAGGISGISKRGFTKKDFMDRYTTGPKKTIWGNPFIKKEKIKGQGEVTSMMTKASGQLEISIDVDRDKAQEIKILIENAGVSSFYLGKKGLAYVSNIKL

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	319224
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	157.002 Å
晶胞边长 b length_b	65.894 Å
晶胞边长 c length_c	160.682 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.288 Å
R 因子 r_factor	0.2235
R_work r_work	0.2213
R_free r_free	0.2671

Structure of the Cascade-I-Fv complex from Shewanella putrefaciens

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein, Csy4 family

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cas7fv

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cas5fv

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5o7h__assembly_1__model_1

5o7h__assembly_1__model_1 | I(q)

5o7h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the Cascade-I-Fv complex from Shewanella putrefaciens

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein, Csy4 family

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cas7fv

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cas5fv

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5o7h__assembly_1__model_1

5o7h__assembly_1__model_1 | I(q)

5o7h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)