SAXSdb — 5oc7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	monobody Mb(Bcr-PH_4) × 1 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 1 D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	monobody Mb(Bcr-PH_4) × 2 GLYCEROL × 7 D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BCR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–69； UniProt 704–769 作者链 D； PDB构建体 4–69； UniProt 704–769

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5oc7
沉积日期 deposition_date	2017-06-29
结构标题 title	Crystal structure of the pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-PH_4).
关键词 keywords	pleckstrin-homology, monobody, Bcr-Abl, phosphoinositide-binding, Signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5oc7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5oc7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5oc7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.59 Å
Rg（电子密度）	18.86 Å
总 Rg	19.80 Å
原子数	3265
残基数	203
排除体积	29353 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5oc7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5oc7__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5oc7__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5oc7__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl
分子量 formula_weight	15643.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,2.7.11.1
突变 mutation	delta 770-829,delta 770-829
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	6933

GAMGEHRQLLKDSFMVELVEGARKLRHVFLFTDLLLCTKLKKQSGGKTQQYDCKWYIPLTDLSFQMVDEPSMAFRVHSRNGKSYTFLISSDYERAEWRENIREQQKKCFRSFSLTSVELQMLTNSCVKLQTVH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	monobody Mb(Bcr-PH_4)
分子量 formula_weight	9632.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B

GSVSSVPTKLEVVAATPTSLLISWDAPAVTVVFYVITYGETGGNSPVQEFTVPGSKSTATISGLKPGVDYTITVYAEYYGMTGSPISINYRT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5oc7B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5oc7C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	29.683 Å
晶胞边长 b length_b	62.606 Å
晶胞边长 c length_c	67.378 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	62.74 °
晶胞夹角 β angle_beta	84.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.29 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.652 Å
最低分辨率 resolution_low	33.680 Å
R 因子 r_factor	0.1754
R_work r_work	0.1742
R_free r_free	0.2043

Crystal structure of the pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-PH_4).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5oc7__assembly_1__model_1

5oc7__assembly_1__model_1 | I(q)

5oc7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-PH_4).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5oc7__assembly_1__model_1

5oc7__assembly_1__model_1 | I(q)

5oc7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)