5oeh

Molecular tweezers modulate 14-3-3 protein-protein interactions.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–231 未记录 9SZ (1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-3,22-Bis(dihydroxyphosphoryloxy)tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2(23),3,6,8(17),10,12,14,18,21,25,27(36),29,31,33,37-pentadecaene × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;277.15 K;0.09 M HEPES sodium salt, 1.26 M Tri-Sodium Citrate, 10 % Glycerol, pH 7.5 分辨率 2.35 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–236; UniProt 1–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5oeh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5oeh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5oeh
沉积日期 deposition_date2017-07-07
结构标题 titleMolecular tweezers modulate 14-3-3 protein-protein interactions.
关键词 keywords14-3-3 Protein, Inhibition, supramolecular ligands, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.91
零角强度 I(0) i012564100.00
分子量 molecular_weight26015.0 kDa
排除体积 excluded_volume32372 ų
包络体积 envelope_volume40365 ų
水化壳体积 shell_volume18189 ų
包络直径 envelope_diameter65.7
壳层 Rg shell_rg24.91
包络 Rg envelope_rg19.11
形状 Rg shape_rg18.90
总 Rg total_rg19.85
总原子数 total_atoms1824
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.2
Rg (实空间) rg_real20.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real1.2560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12560000.0000
解质量估计 total_estimate0.8957
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.210
峰度 Kurtosis kurtosis-0.365
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2491000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5oeha1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family familya.118.7.1 — 14-3-3 protein
结构域编号 domain_idd5oeha2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5oehA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)