SAXSdb — 5oki

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P21951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–524； UniProt 1–524 作者链 B； PDB构建体 1–524； UniProt 1–524

Sister chromatid cohesion protein DCC1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P25559

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877） Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380 作者链 G； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

Chromosome transmission fidelity protein 8

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 （P49956）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTF8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 H； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

Chromosome transmission fidelity protein 18

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P49956

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A × 1 （P21951） Sister chromatid cohesion protein DCC1 × 1 （P25559） Chromosome transmission fidelity protein 8 × 1 （P38877）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTF18_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–26； UniProt 715–740 作者链 I； PDB构建体 1–26； UniProt 715–740

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5oki
沉积日期 deposition_date	2017-07-25
结构标题 title	Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon
关键词 keywords	Clamp loader DNA-binding protein DNA polymerase Winged-helix domain, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5oki__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5oki__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5oki__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.81 Å
Rg（电子密度）	39.54 Å
总 Rg	39.84 Å
原子数	8023
残基数	992
排除体积	143740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5oki__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5oki__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
分子量 formula_weight	59749.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	D290A. E292A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15910

MMFGKKKNNGGSSTARYSAGNKYNTLSNNYALSAQQLLNASKIDDIDSMMGFERYVPPQYNGRFDAKDIDQIPGRVGWLTNMHATLVSQETLSSGSNGGGNSNDGERVTTNQGISGVDFYFLDEEGGSFKSTVVYDPYFFIACNDESRVNDVEELVKKYLESCLKSLQIIRKEDLTMDNHLLGLQKTLIKLSFVNSNQLFEARKLLRPILQDNANNNVQRNIYNVAANGSEKVDAKHLIEDIREYDVPYHVRVSIDKDIRVGKWYKVTQQGFIEDTRKIAFADPVVMAFAIATTKPPLKFPDSAVDQIMMISYMIDGEGFLITNREIISEDIEDFEYTPKPEYPGFFTIFNENDEVALLQRFFEHIRDVRPTVISTFNGDFFDWPFIHNRSKIHGLDMFDEIGFAPDAEGEYKSSYCSHMDCFRWVKRDSYLPQGSQGLKAVTQSKLGYNPIELDPELMTPYAFEKPQHLSEYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFSLCTIIPLNPDETLRKGTGTLCEMLLMVQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sister chromatid cohesion protein DCC1
分子量 formula_weight	44133.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSINLHSAPEYDPSYKLIQLTPELLDIIQDPVQNHQLRFKSLDKDKSEVVLCSHDKTWVLKQRKHSNTVLLMREFVPEQPITFDETLLFGLSKPYMDVVGFAKTESEFETRETHGELNLNSVPIYNGELDFSDKIMKRSSTKVIGTLEELLENSPCSALEGISKWHKIGGSVKDGVLCILSQDFLFKALHVLLMSAMAESLDLQHLNVEDTHHAVGKDIEDEFNPYTREIIETVLNKFAVQEQEAENNTWRLRIPFIAQWYGIQALRKYVSGISMPIDEFLIKWKSLFPPFFPCDIDIDMLRGYHFKPTDKTVQYIAKSTLPMDPKERFKVLFRLQSQWDLEDIKPLIEELNSRGMKIDSFIMKYARRKRLGKKTVVTSR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chromosome transmission fidelity protein 8
分子量 formula_weight	15189.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPSVDIDASQWQKLTQSREKQTTVITPLGMMMLEIQGELELPKDFASLARRDSPNEGRFSEQDGETLIRFGSLQIDGERATLFVGKKQRLLGKVTKLDVPMGIMHFNSKDNKVELVDVMKYKVIFKDRPLPIM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Chromosome transmission fidelity protein 18
分子量 formula_weight	3171.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,I

TVKIWVKYNEGFSNAVRKNVTWNNLW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	121.678 Å
晶胞边长 b length_b	145.826 Å
晶胞边长 c length_c	378.752 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.724 Å
R 因子 r_factor	0.2935
R_work r_work	0.2926
R_free r_free	0.3121

Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sister chromatid cohesion protein DCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromosome transmission fidelity protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromosome transmission fidelity protein 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5oki__assembly_2__model_1

5oki__assembly_2__model_1 | I(q)

5oki__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sister chromatid cohesion protein DCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromosome transmission fidelity protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromosome transmission fidelity protein 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5oki__assembly_2__model_1

5oki__assembly_2__model_1 | I(q)

5oki__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)