SAXSdb — 5omc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage checkpoint protein LCD1 × 2 （Q6CUV9） CHLORIDE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–134； UniProt 1–132 作者链 B； PDB构建体 3–134； UniProt 1–132

DNA damage checkpoint protein LCD1

Kluyveromyces lactis

UniProt Q6CUV9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Replication factor A protein 1 × 2 （P22336） CHLORIDE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCD1_KLULA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–111； UniProt 1–109 作者链 D； PDB构建体 3–111； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5omc
沉积日期 deposition_date	2017-07-28
结构标题 title	Crystal structure of K. lactis Ddc2 N-terminus in complex with S. cerevisiae Rfa1 (K45E mutant) N-OB domain
关键词 keywords	Oligonucleotide-binding fold, coiled-coil domain, complex, mutant, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5omc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5omc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5omc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.22 Å
Rg（电子密度）	44.71 Å
总 Rg	44.17 Å
原子数	3561
残基数	435
排除体积	63208 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5omc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replication factor A protein 1
分子量 formula_weight	15382.3 kDa
突变 mutation	K45E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3673

GPMSSVQLSRGDFHSIFTNKQRYDNPTGGVYQVYNTRKSDGANSNRENLIMISDGIYHMKALLRNQAASKFQSMELQRGDIIRVIIAEPAIVRERKKYVLLVDDFELVQSRADMVNQTSTFLDNYFSEHPNETL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA damage checkpoint protein LCD1
分子量 formula_weight	12946.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPMADLWDDNDDDDDILELVNRPPMSQMAVPIKPPESQAEQLMKAKGEVGVLRQKLSMLEKTLREHDDNQKKLESSLKSSHEEEVTKLKIELERLEDERKFMLLEQKHLFT

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28985
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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晶胞边长 a length_a	34.420 Å
晶胞边长 b length_b	94.590 Å
晶胞边长 c length_c	170.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	47.290 Å
R 因子 r_factor	0.2036
R_work r_work	0.2006
R_free r_free	0.2611

Crystal structure of K. lactis Ddc2 N-terminus in complex with S. cerevisiae Rfa1 (K45E mutant) N-OB domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA damage checkpoint protein LCD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5omc__assembly_1__model_1

5omc__assembly_1__model_1 | I(q)

5omc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of K. lactis Ddc2 N-terminus in complex with S. cerevisiae Rfa1 (K45E mutant) N-OB domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA damage checkpoint protein LCD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5omc__assembly_1__model_1

5omc__assembly_1__model_1 | I(q)

5omc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)