SAXSdb — 5ona

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCR4-NOT transcription complex subunit 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 9 × 1 （Q92600） Protein bag-of-marbles × 1 （P22745） SULFATE ION × 8 CHLORIDE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 9 × 1 （Q92600） Protein bag-of-marbles × 1 （P22745） SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–244； UniProt 1351–1588 作者链 D； PDB构建体 7–244； UniProt 1351–1588

CCR4-NOT transcription complex subunit 9

Homo sapiens

UniProt Q92600

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） Protein bag-of-marbles × 1 （P22745） SULFATE ION × 8 CHLORIDE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） Protein bag-of-marbles × 1 （P22745） SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–273； UniProt 19–285 作者链 E； PDB构建体 7–273； UniProt 19–285

Protein bag-of-marbles

物种未注明

UniProt P22745

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT transcription complex subunit 9 × 1 （Q92600） SULFATE ION × 8 CHLORIDE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CCR4-NOT transcription complex subunit 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT transcription complex subunit 9 × 1 （Q92600） SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAM_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–24； UniProt 13–36 作者链 F； PDB构建体 1–24； UniProt 13–36

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ona
沉积日期 deposition_date	2017-08-03
结构标题 title	Drosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40-CNOT1
关键词 keywords	DEADENYLATION, CCR4-NOT, TRANSLATIONAL REPRESSION, TRANSLATION, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ona__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ona__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ona__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.32 Å
Rg（电子密度）	26.19 Å
总 Rg	26.91 Å
原子数	4272
残基数	531
排除体积	76218 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ona__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ona__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CCR4-NOT transcription complex subunit 1
分子量 formula_weight	27617.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8481

GPHMLEVPPQPQYSYHDINVYSLAGLAPHITLNPTIPLFQAHPQLKQCVRQAIERAVQELVHPVVDRSIKIAMTTCEQIVRKDFALDSEESRMRIAAHHMMRNLTAGMAMITCREPLLMSISTNLKNSFASALRTASPQQREMMDQAAAQLAQDNCELACCFIQKTAVEKAGPEMDKRLATEFELRKHARQEGRRYCDPVVLTYQAERMPEQIRLKVGGVDPKQLAVYEEFARNVPGFLPTNDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CCR4-NOT transcription complex subunit 9
分子量 formula_weight	31072.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GPHMLEREKIYQWINELSSPETRENALLELSKKRESVPDLAPMLWHSFGTIAALLQEIVNIYPSINPPTLTAHQSNRVCNALALLQCVASHPETRSAFLAAHIPLFLYPFLHTVSKTRPFEYLRLTSLGVIGALVKTDEQEVINFLLTTEIIPLCLRIMESGSELSKTVATFILQKILLDDTGLAYICQTYERFSHVAMILGKMVLQLSKEPSARLLKHVVRCYLRLSDNPRAREALRQCLPDQLKDTTFAQVLKDDTTTKRWLAQLVKNLQE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein bag-of-marbles
分子量 formula_weight	2874.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

DDQQLDHNFKQMEEHLALMVEGNE

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5onaB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5onaE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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晶胞边长 a length_a	106.600 Å
晶胞边长 b length_b	106.600 Å
晶胞边长 c length_c	263.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.408 Å
R 因子 r_factor	0.2102
R_work r_work	0.2088
R_free r_free	0.2373

Drosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40-CNOT1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCR4-NOT transcription complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CCR4-NOT transcription complex subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein bag-of-marbles

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ona__assembly_1__model_1

5ona__assembly_1__model_1 | I(q)

5ona__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Drosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40-CNOT1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCR4-NOT transcription complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CCR4-NOT transcription complex subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein bag-of-marbles

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ona__assembly_1__model_1

5ona__assembly_1__model_1 | I(q)

5ona__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)