5pgm

SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 167.6 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–246 链 B； UniProt 1–246 链 C； UniProt 1–246 链 D； UniProt 1–246	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.65；pH 8.65	分辨率 2.12 Å R-free 0.228
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–246 链 F； UniProt 1–246 链 G； UniProt 1–246 链 H； UniProt 1–246	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 ALA ALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.65；pH 8.65	分辨率 2.12 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5PGM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQ3 SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE IN COMPLEX WITH INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE 提交 1998-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–247（246 aa）链 B 2–247（246 aa）链 C 2–247（246 aa）链 D 2–247（246 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 22-24% PEG 4000 60MM TRIS-HCL, pH 8.65	分辨率 2.70 Å R-free 0.240
1BQ4 SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE IN COMPLEX WITH BENZENE HEXACARBOXYLATE 提交 1998-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–247（246 aa）链 B 2–247（246 aa）链 C 2–247（246 aa）链 D 2–247（246 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 BHC BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 22-24% PEG 4000 60MM TRIS-HCL, pH 8.65	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
1QHF YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE-3PG COMPLEX STRUCTURE TO 1.7 A 提交 1999-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–240（240 aa）链 B 1–240（240 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；55% AMMONIUM SULFATE IN 10MM IMIDAZOLE BUFFER PH 6.8 WITH 1MM 3PG AND CONCENTRATION OF 10 MG ML PROTEIN	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
3PGM THE STRUCTURE OF YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE AT 0.28 NM RESOLUTION 提交 1982-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–235（235 aa）链 B 1–235（235 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
4PGM SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 提交 1997-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 22-24% PEG 4000 60MM TRIS-HCL, PH 8.65, 120MM LI2SO4, AND 1MM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.286

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 C； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 D； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 E； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 F； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 G； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 H； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5pgm
沉积日期 deposition_date	1998-08-19
结构标题 title	SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE
关键词 keywords	ISOMERASE, TRANSFERASE (PHOSPHORYL), GLYCOLYTIC ENZYME; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.25 Å
零角强度 I(0) i0	633237000.00
分子量 molecular_weight	213120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	268710 Å³
包络体积 envelope_volume	358770 Å³
水化壳体积 shell_volume	64055 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.10 Å
包络 Rg envelope_rg	47.50 Å
形状 Rg shape_rg	48.24 Å
总 Rg total_rg	48.34 Å
总原子数 total_atoms	15054
残基数 n_residues	1877
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.6 Å
Rg (实空间) rg_real	48.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	632900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6101
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0209
最高正则化参数 α highest_alpha	42220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.894

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1
分子量 formula_weight	27517.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,A,B,E,F,G,H
原子数 atom_count	16692

PKLVLVRHGQSEWNEKNLFTGWVDVKLSAKGQQEAARAGELLKEKKVYPDVLYTSKLSRAIQTANIALEKADRLWIPVNRSWRLNERHYGDLQGKDKAETLKKFGEEKFNTYRRSFDVPPPPIDASSPFSQKGDERYKYVDPNVLPETESLALVIDRLLPYWQDVIAKDLLSGKTVMIAAHGNSLRGLVKHLEGISDADIAKLNIPTGIPLVFELDENLKPSKPSYYLDPEAAAAGAAAVANQGKK

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1638

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5pgma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgmb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgmc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgmd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgme_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgmf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgmg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d5pgmh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5pgmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	5pgmH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	82.497 Å
晶胞边长 b length_b	93.262 Å
晶胞边长 c length_c	147.329 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/pg/5pgm/5pgm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/5pgm/5pgm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/5pgm/5pgm.dat