5pxl

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SP100 after initial refinement with no ligand modelled (structure 45)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear autoantigen Sp-100

Homo sapiens

UniProt P23497

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 700–879 未记录 ZN ZINC ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;277 K;0.1M MES pH 6.1 -- 20% PEG20K 分辨率 1.35 Å R-free 0.202
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 700–879 未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;277 K;0.1M MES pH 6.1 -- 20% PEG20K 分辨率 1.35 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 122 个其他 PDB 条目、241 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SP100_HUMAN
Isoform P23497-4
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–180; UniProt 700–879 作者链 B; PDB构建体 1–180; UniProt 700–879

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5pxl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5pxl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5pxl
沉积日期 deposition_date2017-02-08
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SP100 after initial refinement with no ligand modelled (structure 45)
关键词 keywordsPanDDA, SGC - Diamond I04-1 fragment screening, bromodomain, epigenetics, XChemExplorer, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.59
零角强度 I(0) i033303600.00
分子量 molecular_weight42429.0 kDa
排除体积 excluded_volume52220 ų
包络体积 envelope_volume67280 ų
水化壳体积 shell_volume23358 ų
包络直径 envelope_diameter82.7
壳层 Rg shell_rg31.05
包络 Rg envelope_rg24.60
形状 Rg shape_rg24.56
总 Rg total_rg25.46
总原子数 total_atoms2950
残基数 n_residues355
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.2
Rg (实空间) rg_real25.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real3.3300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9110
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.5
偏度 Skewness skewness0.270
峰度 Kurtosis kurtosis-0.594
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3296000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5pxlA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id5pxlA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id5pxlB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id5pxlB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)