5qu6

Crystal Structure of swapped human Nck SH3.1 domain, 1.8A, triclinic

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic protein NCK1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
13	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
14	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 2； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 A； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 B； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 C； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 D； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 E； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 F； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 G； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 H； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 I； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 J； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 K； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 L； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 M； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 N； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 O； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 P； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 Q； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 R； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 S； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 T； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 U； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 V； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 W； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 X； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 Y； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61 作者链 Z； PDB构建体 27–87； UniProt 1–61

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5qu6
沉积日期 deposition_date	2019-12-13
结构标题 title	Crystal Structure of swapped human Nck SH3.1 domain, 1.8A, triclinic
关键词 keywords	SH3 DOMAIN, ADAPTOR, PEPTIDE BINDING, SIGNALING PROTEIN, DOMAIN SWAP; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5qu6__assembly_11__model_1

Assembly 11 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5qu6__assembly_11__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5qu6__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.39 Å
Rg（电子密度）	14.43 Å
总 Rg	15.76 Å
原子数	905
残基数	106
排除体积	16151 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5qu6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5qu6__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5qu6__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5qu6__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5qu6__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5qu6__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5qu6__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`5qu6__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`5qu6__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`5qu6__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`5qu6__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`5qu6__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`5qu6__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`5qu6__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (32 domains)

结构域编号 domain_id	d5qu61_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu62_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5qu6f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6i_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6j_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6k1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6k2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5qu6l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6l2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5qu6m_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6n_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6o1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6o2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5qu6p_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6q_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6r_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6s_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6t_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6u_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6v_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6w_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6x_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6y_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5qu6z_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

▶

晶胞边长 a length_a	49.083 Å
晶胞边长 b length_b	92.053 Å
晶胞边长 c length_c	114.748 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	103.02 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.57 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.816 Å
最低分辨率 resolution_low	53.083 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2630

描述 description	Cytoplasmic protein NCK1
分子量 formula_weight	10299.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	28

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,1,2
原子数 atom_count	13353

Crystal Structure of swapped human Nck SH3.1 domain, 1.8A, triclinic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic protein NCK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5qu6__assembly_11__model_1

5qu6__assembly_11__model_1 | I(q)

5qu6__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (32 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	213

Crystal Structure of swapped human Nck SH3.1 domain, 1.8A, triclinic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic protein NCK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5qu6__assembly_11__model_1

5qu6__assembly_11__model_1 | I(q)

5qu6__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (32 domains)

7. 引用文献 (1)