SAXSdb — 5std

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scytalone dehydratase

Magnaporthe grisea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 3 (6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	CALCIUM ION × 12 (6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE × 12 water × 12	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	CALCIUM ION × 6 (6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE × 6 water × 6	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	CALCIUM ION × 6 (6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE × 6 water × 6	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	CALCIUM ION × 6 (6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCYD_MAGO7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–164； UniProt 10–172 作者链 B； PDB构建体 2–164； UniProt 10–172 作者链 C； PDB构建体 2–164； UniProt 10–172

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5std
沉积日期 deposition_date	1999-02-10
结构标题 title	SCYTALONE DEHYDRATASE PLUS INHIBITOR 2
关键词 keywords	lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5std__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5std__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5std__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.46 Å
Rg（电子密度）	22.34 Å
总 Rg	23.47 Å
原子数	4191
残基数	492
排除体积	74245 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5std__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5std__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5std__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5std__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5std__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Scytalone dehydratase
分子量 formula_weight	19375.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.94
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4430

GEITFSDYLGLMTCVYEWADSYDSKDWDRLRKVIAPTLRIDYRSFLDKLWEAMPAEEFVGMVSSKQVLGDPTLRTQHFIGGTRWEKVSEDEVIGYHQLRVPHQRYKDTTMKEVTMKGHAHSANLHWYKKIDGVWKFAGLKPDIRWGEFDFDRIFEDGRETFGDK

来源 Source

来源生物 organism	Magnaporthe grisea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	148305
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE
分子量 formula_weight	375.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	239

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5stda1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.1 — Scytalone dehydratase

结构域编号 domain_id	d5stda2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5stdb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.1 — Scytalone dehydratase

结构域编号 domain_id	d5stdb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5stdc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.1 — Scytalone dehydratase

结构域编号 domain_id	d5stdc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5stdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5stdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5stdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	81.620 Å
晶胞边长 b length_b	92.290 Å
晶胞边长 c length_c	164.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2590

SCYTALONE DEHYDRATASE PLUS INHIBITOR 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scytalone dehydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5std__assembly_1__model_1

5std__assembly_1__model_1 | I(q)

5std__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

SCYTALONE DEHYDRATASE PLUS INHIBITOR 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scytalone dehydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5std__assembly_1__model_1

5std__assembly_1__model_1 | I(q)

5std__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)