SAXSdb — 5t0n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sestrin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–480	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.2 M sodium malonate, 1% (w/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 3.00 Å R-free 0.225
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–480	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.2 M sodium malonate, 1% (w/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 3.00 Å R-free 0.225
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–480	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.2 M sodium malonate, 1% (w/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 3.00 Å R-free 0.225
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–480	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.2 M sodium malonate, 1% (w/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 3.00 Å R-free 0.225
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–480	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.2 M sodium malonate, 1% (w/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 3.00 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T0N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CUF X-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2 提交 2015-07-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–480（480 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 1.15 M sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
5CUF X-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2 提交 2015-07-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–480（480 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 1.15 M sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
5CUF X-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2 提交 2015-07-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–480（480 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 1.15 M sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
5CUF X-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2 提交 2015-07-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–480（480 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 1.15 M sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
5CUF X-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2 提交 2015-07-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–480（480 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 1.15 M sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5DJ4 Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens 提交 2015-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–480（480 aa）链 D 1–480（480 aa）链 E 1–480（480 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
6N0M CRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138 提交 2018-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–480（415 aa）	未记录	K94 4-(difluoromethyl)-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.35M Na malonate pH 6.5, 0.1M Mes pH 6.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6N0M CRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138 提交 2018-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–480（415 aa）	未记录	K94 4-(difluoromethyl)-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.35M Na malonate pH 6.5, 0.1M Mes pH 6.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6N0M CRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138 提交 2018-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 66–480（415 aa）	未记录	K94 4-(difluoromethyl)-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.35M Na malonate pH 6.5, 0.1M Mes pH 6.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6N0M CRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138 提交 2018-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 66–480（415 aa）	未记录	K94 4-(difluoromethyl)-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.35M Na malonate pH 6.5, 0.1M Mes pH 6.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6N0M CRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138 提交 2018-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 66–480（415 aa）	未记录	K94 4-(difluoromethyl)-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.35M Na malonate pH 6.5, 0.1M Mes pH 6.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.250
9LVJ Cryo-EM structure of Sestrin2 bound human GATOR2 complex 提交 2025-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 U 1–480（480 aa）链 V 1–480（480 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 32	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9LWF Cryo-EM structure of dual sensor bound GATOR2 complex 提交 2025-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 X 1–480（480 aa）链 Y 1–480（480 aa）	突变：Y375F 突变：Y375F	ZN ZINC ION × 32	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å

共 5 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SESN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480 作者链 B； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480 作者链 C； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480 作者链 D； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480 作者链 E； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t0n
沉积日期 deposition_date	2016-08-16
结构标题 title	Pseudo-apo structure of Sestrin2 at 3.0 angstrom resolution
关键词 keywords	mTOR, signaling, leucine, sestrin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.82 Å
零角强度 I(0) i0	610486000.00
分子量 molecular_weight	207690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	260790 Å³
包络体积 envelope_volume	356980 Å³
水化壳体积 shell_volume	61787 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.25 Å
包络 Rg envelope_rg	50.21 Å
形状 Rg shape_rg	50.81 Å
总 Rg total_rg	50.83 Å
总原子数 total_atoms	14648
残基数 n_residues	1809
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.5 Å
Rg (实空间) rg_real	50.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	610100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8355
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.832; Smooth: 0.596

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sestrin-2
分子量 formula_weight	54560.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	14648

MIVADSECRAELKDYLRFAPGGVGDSGPGEEQRESRARRGPRGPSAFIPVEEVLREGAESLEQHLGLEALMSSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLHYLLLHTDGPLASSWRHYIAIMAAARHQCSYLVGSHMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITKEHIQALLKTGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPSEQSSPPSRDPLNNSGGFESARDVEALMERMQQLQESLLRDEGTSQEEMESRFELEKSESLLVTPSADILEPSPHPDMLCFVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLIQRLYPEGGQLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGEVNQLLERNLKVYIKTVACYPEKTTRRMYNLFWRHFRHSEKVHVNLLLLEARMQAALLYALRAITRYMT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	LEUCINE
分子量 formula_weight	131.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	292.263 Å
晶胞边长 b length_b	292.263 Å
晶胞边长 c length_c	292.263 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.004 Å
最低分辨率 resolution_low	103.331 Å
R 因子 r_factor	0.1895
R_work r_work	0.1888
R_free r_free	0.2254

fit	/app/data/saxs_computation/t0/5t0n/5t0n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t0/5t0n/5t0n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t0/5t0n/5t0n.dat

Pseudo-apo structure of Sestrin2 at 3.0 angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sestrin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)