5t4f

Human DPP4 in complex with ligand 34p

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

Homo sapiens

UniProt P27487

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 9 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 40–766 链 B; UniProt 40–766 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 75M 4-({2-[(3R)-3-aminopiperidin-1-yl]-3-(but-2-yn-1-yl)-4-oxo-3,4-dihydro-5H-imidazo[2,1-b]purin-5-yl}methyl)benzonitrile × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;0.27-0.30 M sodium acetate 17-18% polyethylene glycol 3350 0.1 M tris hydrochloride pH 8.0 分辨率 1.90 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、169 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–728; UniProt 40–766 作者链 B; PDB构建体 2–728; UniProt 40–766

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5t4f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5t4f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5t4f
沉积日期 deposition_date2016-08-29
结构标题 titleHuman DPP4 in complex with ligand 34p
关键词 keywordsStructure-based drug design, diabetes, DPP4 inhibitors, hydrolase, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.95
零角强度 I(0) i0443608000.00
分子量 molecular_weight173940.0 kDa
排除体积 excluded_volume217740 ų
包络体积 envelope_volume284260 ų
水化壳体积 shell_volume59804 ų
包络直径 envelope_diameter133.2
壳层 Rg shell_rg45.75
包络 Rg envelope_rg38.71
形状 Rg shape_rg38.89
总 Rg total_rg39.49
总原子数 total_atoms12291
残基数 n_residues1456
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.6
Rg (实空间) rg_real39.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real4.4360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal443600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8822
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.8
偏度 Skewness skewness0.347
峰度 Kurtosis kurtosis-0.515
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha53830000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.896

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5t4fa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd5t4fa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5t4fa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5t4fb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd5t4fb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5t4fb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5t4fA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id5t4fA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id5t4fB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id5t4fB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)