SAXSdb — 5t5k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein HMf-2

Methanothermus fervidus

UniProt P19267

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–69 链 B； UniProt 1–69 链 C； UniProt 1–69 链 D； UniProt 1–69 链 E； UniProt 1–69 链 F； UniProt 1–69	未记录	DNA (90-MER) × 1 DNA (90-MER) × 1 CAC CACODYLATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；100 mM MgAc, 50 mM Na Cacodylate pH 6.5, 10% PEG 400 under silicon oil	分辨率 4.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T5K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A7W CRYSTAL STRUCTURE OF THE HISTONE HMFB FROM METHANOTHERMUS FERVIDUS 提交 1998-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–69（69 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.248
1B6W CRYSTAL STRUCTURE OF THE SELENOMETHIONINE VARIANT OF HISTONE HMFB FROM METHANOTHERMUS FERVIDUS 提交 1999-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–69（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
1BFM HISTONE B FROM METHANOTHERMUS FERVIDUS 提交 1995-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–69（69 aa）链 B 1–69（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMFB_METFE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t5k
沉积日期 deposition_date	2016-08-31
结构标题 title	Structure of histone-based chromatin in Archaea
关键词 keywords	Nucleosome, Chromatin, Archaea Histones, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.57 Å
零角强度 I(0) i0	291219000.00
分子量 molecular_weight	100830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110420 Å³
包络体积 envelope_volume	168870 Å³
水化壳体积 shell_volume	40107 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.68 Å
包络 Rg envelope_rg	34.53 Å
形状 Rg shape_rg	35.43 Å
总 Rg total_rg	36.17 Å
总原子数 total_atoms	6831
残基数 n_residues	584
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	291200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8489
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.046
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.829
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8293000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.049

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-binding protein HMf-2
分子量 formula_weight	7683.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6831

MELPIAPIGRIIKDAGAERVSDDARITLAKILEEMGRDIASEAIKLARHAGRKTIKAEDIELAVRRFKK

来源 Source

来源生物 organism	Methanothermus fervidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2180
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (90-MER)
分子量 formula_weight	27688.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TATGAACCGTACTGTCGTCTGCGGCCTTTGATTATCAATTAAAGCGTTCTACGGCGTTTTTGATCGCTCAACTGTGCGAGCTAGATCTCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (90-MER)
分子量 formula_weight	27827.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TATGAGATCTAGCTCGCACAGTTGAGCGATCAAAAACGCCGTAGAACGCTTTAATTGATAATCAAAGGCCGCAGACGACAGTACGGTTCA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5t5kA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5t5kB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5t5kC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5t5kD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5t5kE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5t5kF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.454 Å
晶胞边长 b length_b	99.454 Å
晶胞边长 c length_c	171.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.760 Å
R 因子 r_factor	0.2165
R_work r_work	0.2144
R_free r_free	0.2618

fit	/app/data/saxs_computation/t5/5t5k/5t5k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t5/5t5k/5t5k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t5/5t5k/5t5k.dat

Structure of histone-based chromatin in Archaea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein HMf-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)