5thp

Rhodocetin in complex with the integrin alpha2-A domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Snaclec rhodocetin subunit gamma

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 5 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 9 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 7 GLYCEROL × 3 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 3 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 6 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 5 GLYCEROL × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLEC_CALRH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 D； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 G； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 J； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 M； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 P； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

Snaclec rhodocetin subunit delta

物种未注明

UniProt D2YW40

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 5 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 9 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 7 GLYCEROL × 3 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 3 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 6 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 5 GLYCEROL × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLED_CALRH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 E； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 H； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 K； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 N； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Q； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Integrin alpha-2

Homo sapiens

UniProt P17301

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SODIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 5 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 9 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 7 GLYCEROL × 3 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 3 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SODIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 6 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 5 GLYCEROL × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 F； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 I； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 L； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 O； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 R； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5thp
沉积日期 deposition_date	2016-09-30
结构标题 title	Rhodocetin in complex with the integrin alpha2-A domain
关键词 keywords	C-type lectin, integrin, venom, coagulation, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5thp__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5thp__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5thp__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.97 Å
Rg（电子密度）	24.14 Å
总 Rg	24.94 Å
原子数	3452
残基数	443
排除体积	60654 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5thp__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5thp__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5thp__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5thp__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5thp__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5thp__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Snaclec rhodocetin subunit gamma
分子量 formula_weight	15741.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	21018

DFNCLPGWSAYDQHCYQAFNEPKTWDEAERFCTEQAKRGHLVSIGSDGEADFVAQLVTNNIKRPELYVWIGLRDRRKEQQCSSEWSMSASIIYVNWNTGESQMCQGLARWTGFRKWDYSDCQAKNPFVCKFPSEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Snaclec rhodocetin subunit delta
分子量 formula_weight	14876.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

CPLHWSSYNGYCYRVFSELKTWEDAESFCYAQHKGSRLASIHSREEEAFVGKLASQTLKYTSMWLGLNNPWKECKWEWSDDAKLDYKVWLRRPYCAVMVVKTDRIFWFNRGCEKTVSFVCKFYS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Integrin alpha-2
分子量 formula_weight	23737.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

MGSSHHHHHHSSGLVPRGGSPSLIDVVVVCDESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATSQTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCNHDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQIFSIEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	218

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d5thpa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d5thpd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d5thpg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thph_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d5thpj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d5thpm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpn_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpo_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d5thpp_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpq_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d5thpr_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5thpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	5thpD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	5thpG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	5thpJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	5thpM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	5thpP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5thpR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

▶

晶胞边长 a length_a	130.763 Å
晶胞边长 b length_b	130.763 Å
晶胞边长 c length_c	251.351 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.006 Å
最低分辨率 resolution_low	19.867 Å
R 因子 r_factor	0.2237
R_work r_work	0.2206
R_free r_free	0.2700

Rhodocetin in complex with the integrin alpha2-A domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Snaclec rhodocetin subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Snaclec rhodocetin subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integrin alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5thp__assembly_3__model_1

5thp__assembly_3__model_1 | I(q)

5thp__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Rhodocetin in complex with the integrin alpha2-A domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Snaclec rhodocetin subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Snaclec rhodocetin subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integrin alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5thp__assembly_3__model_1

5thp__assembly_3__model_1 | I(q)

5thp__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)