5tlw

Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex with the inhibitor 1-phosphate-benzene 4-bisphosphonate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase A

Oryctolagus cuniculus

UniProt P00883

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–364 链 B; UniProt 2–364 链 C; UniProt 2–364 链 D; UniProt 2–364 未记录 RD3 {[4-(phosphonooxy)phenyl]methylene}bis(phosphonic acid) × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;0.1M Sodium HEPES, 17.5% PEG 4000 分辨率 2.29 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALDOA_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–363; UniProt 2–364 作者链 B; PDB构建体 1–363; UniProt 2–364 作者链 C; PDB构建体 1–363; UniProt 2–364 作者链 D; PDB构建体 1–363; UniProt 2–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5tlw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5tlw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5tlw
沉积日期 deposition_date2016-10-12
结构标题 titleFructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex with the inhibitor 1-phosphate-benzene 4-bisphosphonate
关键词 keywordsINHIBITOR, BISPHOSPHONATE, COMPLEX, ALDOLASE, LYASE, LYASE-INHIBITOR complex; LYASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.41
零角强度 I(0) i0366235000.00
分子量 molecular_weight153080.0 kDa
排除体积 excluded_volume190980 ų
包络体积 envelope_volume231430 ų
水化壳体积 shell_volume55129 ų
包络直径 envelope_diameter116.3
壳层 Rg shell_rg42.03
包络 Rg envelope_rg34.47
形状 Rg shape_rg34.42
总 Rg total_rg34.86
总原子数 total_atoms21507
残基数 n_residues1394
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.4
Rg (实空间) rg_real35.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real3.6620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal366300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8953
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.5
偏度 Skewness skewness0.191
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha79820000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.900

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5tlwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.1 — Class I aldolase
结构域编号 domain_idd5tlwb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.1 — Class I aldolase
结构域编号 domain_idd5tlwc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.1 — Class I aldolase
结构域编号 domain_idd5tlwd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.1 — Class I aldolase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5tlwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id5tlwB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id5tlwC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id5tlwD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)