SAXSdb — 5top

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–284	突变：S70G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1 JSE [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1 RU RUTHENIUM ION × 1 JSC [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.15 K；potassium phosphate	分辨率 1.18 Å R-free 0.146
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 22–284	突变：S70G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1 JSE [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1 RU RUTHENIUM ION × 2 7G4 ruthenocene × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.15 K；potassium phosphate	分辨率 1.18 Å R-free 0.146

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TOP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4UA6 CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase Apo Crystal Structure at 0.79 Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0M potassium phosphate	分辨率 0.79 Å R-free 0.115
4UA6 CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase Apo Crystal Structure at 0.79 Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0M potassium phosphate	分辨率 0.79 Å R-free 0.115
4UA7 CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase in Complex with a Non-Covalent Inhibitor at Sub-Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3GK N-[3-(2H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0M Potassium Phosphate	分辨率 0.89 Å R-free 0.131
4UA7 CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase in Complex with a Non-Covalent Inhibitor at Sub-Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3GK N-[3-(2H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0M Potassium Phosphate	分辨率 0.89 Å R-free 0.131
4UA9 CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase in Complex with a Boronic Acid Acylation Transition State Analog at Sub-Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CB4 PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METHYLETHOXYIMINO)-4-THIAZOLEACETYL]AMINO]METHANEBORONATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0M Potassium Phosphate	分辨率 0.84 Å R-free 0.131
4UA9 CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase in Complex with a Boronic Acid Acylation Transition State Analog at Sub-Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CB4 PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METHYLETHOXYIMINO)-4-THIAZOLEACETYL]AMINO]METHANEBORONATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0M Potassium Phosphate	分辨率 0.84 Å R-free 0.131
4UAA CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase in Complex with a Non-Covalent Inhibitor at Sub-Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3GK N-[3-(2H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0M Potassium Phosphate	分辨率 0.86 Å R-free 0.134
4UAA CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase in Complex with a Non-Covalent Inhibitor at Sub-Angstrom Resolution 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–284（262 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3GK N-[3-(2H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0M Potassium Phosphate	分辨率 0.86 Å R-free 0.134
5U53 CTX-M-14 E166A with acylated ceftazidime molecule 提交 2016-12-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）片段：UNP residues 24-284	未记录	CAZ ACYLATED CEFTAZIDIME × 1 NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.195
5VLE Ultrahigh Resolution X-Ray Crystal Structure of Ruthenocene Conjugated Penicilloate and Penilloate Products in Complex with CTX-M-14 E166A Beta-Lactamase 提交 2017-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）片段：UNP residues 22-284	突变：E166A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JSD [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 2 JSC [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1 JSE [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1 K POTASSIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.15 K；potassium phosphate	分辨率 0.85 Å
5VLE Ultrahigh Resolution X-Ray Crystal Structure of Ruthenocene Conjugated Penicilloate and Penilloate Products in Complex with CTX-M-14 E166A Beta-Lactamase 提交 2017-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–284（263 aa）片段：UNP residues 22-284	突变：E166A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JSD [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1 JSE [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium × 1 K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.15 K；potassium phosphate	分辨率 0.85 Å
6MIA Crystal structure of CTX-M-14 with compound 6 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	未记录	1CE 3-(1H-tetrazol-5-ylmethyl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0 M potassium phosphate	分辨率 1.40 Å R-free 0.163
6MIA Crystal structure of CTX-M-14 with compound 6 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–284（262 aa）	未记录	1CE 3-(1H-tetrazol-5-ylmethyl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0 M potassium phosphate	分辨率 1.40 Å R-free 0.163
7U70 Crystal Structure of CTX-M-14 with compound 2 提交 2022-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）片段：UNP residues 23-284	未记录	LW0 3-fluoro-N-[(1R,3S)-3-(1H-tetrazol-5-yl)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0 M potassium phosphate	分辨率 1.36 Å R-free 0.171
7U70 Crystal Structure of CTX-M-14 with compound 2 提交 2022-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–284（263 aa）片段：UNP residues 23-284	未记录	LW0 3-fluoro-N-[(1R,3S)-3-(1H-tetrazol-5-yl)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；1.0 M potassium phosphate	分辨率 1.36 Å R-free 0.171
7UON CTX-M-14 Y105W mutant 提交 2022-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）	突变：Y105W	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；HEPES (0.1M), PEG 4,000 (25% w/v)	分辨率 1.35 Å R-free 0.246
8DOD Beta-lactamase CTX-M-14 S130A 提交 2022-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）	突变：S130A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% (W/V) PEG6000	分辨率 1.61 Å R-free 0.259
8DOE Crystal Structure of CTX-M-14 N106A 提交 2022-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	突变：N106A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Magnesium chloride ,0.1 M Tris pH 8 20% (w/v), PEG 6000	分辨率 1.50 Å R-free 0.165
8DON Beta-lactamase CTX-M-14 T215A 提交 2022-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	突变：T215A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Calcium chloride ,0.1 M HEPES pH 7, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.36 Å R-free 0.160
8DP4 Beta-lactamase CTX-M-14 T235A 提交 2022-07-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）	突变：T235A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M SPG buffer pH 6, 25% (w/v) PEG 1500	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
8DPQ Beta-lactamase CTX-M-14 N170A 提交 2022-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–284（262 aa）	突变：N170A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Sodium HEPES pH7.5, 25% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.67 Å R-free 0.233
8SJ3 Beta-lactamase CTX-M-14 E166Y/N170G 提交 2023-04-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–284（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.2 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, 20% w/v PEG 6,000	分辨率 1.50 Å R-free 0.198
8SJ3 Beta-lactamase CTX-M-14 E166Y/N170G 提交 2023-04-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–284（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.2 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, 20% w/v PEG 6,000	分辨率 1.50 Å R-free 0.198
9Q0A CTX-M-14 WT in complex with BLIP E73W 提交 2025-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–284（263 aa）片段：UNP residues 22-284	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.211

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H6UQI0_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–236； UniProt 22–284 作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 22–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5top
沉积日期 deposition_date	2016-10-18
结构标题 title	Atomic Resolution X-Ray Crystal Structure of a Ruthenocene Conjugated Beta-Lactam Antibiotic in Complex with CTX-M-14 S70G Beta-Lactamase
关键词 keywords	Beta-Lactamase, Organometallic, Ruthenocene, CTX-M-14, HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex; HYDROLASE/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.54 Å
零角强度 I(0) i0	57126000.00
分子量 molecular_weight	57726.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71335 Å³
包络体积 envelope_volume	87050 Å³
水化壳体积 shell_volume	24635 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.01 Å
包络 Rg envelope_rg	30.35 Å
形状 Rg shape_rg	30.53 Å
总 Rg total_rg	31.07 Å
总原子数 total_atoms	4011
残基数 n_residues	522
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8063
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.707
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.604; Smooth: 0.911

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-lactamase
分子量 formula_weight	27953.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
突变 mutation	S70G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5152

QTSAVQQKLAALEKSSGGRLGVALIDTADNTQVLYRGDERFPMCGTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium ;
分子量 formula_weight	538.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	RUTHENIUM ION
分子量 formula_weight	101.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium ;
分子量 formula_weight	538.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ruthenocene
分子量 formula_weight	231.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	578

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5topa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d5topb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5topA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	5topB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.093 Å
晶胞边长 b length_b	106.821 Å
晶胞边长 c length_c	47.933 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.180 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1285
R_work r_work	0.1276
R_free r_free	0.1463

fit	/app/data/saxs_computation/to/5top/5top.fit
pddf	/app/data/pr_computation/to/5top/5top.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/to/5top/5top.dat

Atomic Resolution X-Ray Crystal Structure of a Ruthenocene Conjugated Beta-Lactam Antibiotic in Complex with CTX-M-14 S70G Beta-Lactamase