SAXSdb — 5tpg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan 5-hydroxylase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (III) ION × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 ACETONITRILE × 2 ;(3S)-8-(2-amino-6-{(1R)-1-[5-chloro-3'-(methylsulfonyl)[1,1'-biphenyl]-2-yl]-2,2,2-trifluoroethoxy}pyrimidin-4-yl)-2,8-diazaspiro[4.5]decane-3-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–299； UniProt 104–402

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tpg
沉积日期 deposition_date	2016-10-20
结构标题 title	Optimization of spirocyclic proline tryptophanhydroxylase-1 inhibitors
关键词 keywords	TPH1, Iron, acyl, quanidine, OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5tpg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5tpg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5tpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.74 Å
Rg（电子密度）	17.60 Å
总 Rg	18.59 Å
原子数	2191
残基数	271
排除体积	38982 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5tpg__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan 5-hydroxylase 1
分子量 formula_weight	35471.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.16.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2384

TVPWFPKKISDLDHCANRVLMYGSELDADHPGFKDNVYRKRRKYFADLAMNYKHGDPIPKVEFTEEEIKTWGTVFQELNKLYPTHACREYLKNLPLLSKYCGYREDNIPQLEDVSNFLKERTGFSIRPVAGYLSPRDFLSGLAFRVFHCTQYVRHSSDPFYTPEPDTCHELLGHVPLLAEPSFAQFSQEIGLASLGASEEAVQKLATCYFFTVEFGLCKQDGQLRVFGAGLLSSISELKHALSGHAKVKPFDPKITCKQECLITTFQDVYFVSESFEDAKEKMREFTKTIKRPFGVKYNHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETONITRILE
分子量 formula_weight	41.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(3S)-8-(2-amino-6-{(1R)-1-[5-chloro-3'-(methylsulfonyl)[1,1'-biphenyl]-2-yl]-2,2,2-trifluoroethoxy}pyrimidin-4-yl)-2,8-diazaspiro[4.5]decane-3-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	640.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5tpga_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.178 — Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains
超家族 Superfamily superfamily	d.178.1 — Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains
家族 Family family	d.178.1.1 — Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5tpgA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	800 — Phenylalanine Hydroxylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic amino acid hydroxylase

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晶胞边长 a length_a	47.198 Å
晶胞边长 b length_b	58.161 Å
晶胞边长 c length_c	51.567 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	33.670 Å
R 因子 r_factor	0.1882
R_work r_work	0.1868
R_free r_free	0.2154

Optimization of spirocyclic proline tryptophanhydroxylase-1 inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan 5-hydroxylase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5tpg__assembly_1__model_1

5tpg__assembly_1__model_1 | I(q)

5tpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Optimization of spirocyclic proline tryptophanhydroxylase-1 inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan 5-hydroxylase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5tpg__assembly_1__model_1

5tpg__assembly_1__model_1 | I(q)

5tpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)