5tsj

Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type ATP synthase alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATA_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577 作者链 B； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577 作者链 C； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577

V-type ATP synthase beta chain

物种未注明

UniProt Q72J73

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATB_THET2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–457； UniProt 7–463 作者链 E； PDB构建体 1–457； UniProt 7–463 作者链 F； PDB构建体 1–457； UniProt 7–463

V-type ATP synthase subunit E

物种未注明

UniProt P74901

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATE_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–186； UniProt 3–188 作者链 H； PDB构建体 1–186； UniProt 3–188

V-type ATPase subunit G

物种未注明

UniProt H9ZQR3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H9ZQR3_THETH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 2–105； UniProt 1–104 作者链 J； PDB构建体 2–105； UniProt 1–104

V-type ATP synthase subunit D

物种未注明

UniProt Q72J74

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATD_THET2
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–210； UniProt 2–211

V-type ATP synthase subunit F

物种未注明

UniProt P74903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATF_THET8
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

V-type ATP synthase subunit C

物种未注明

UniProt P74902

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATC_THET8
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I

物种未注明

UniProt H9ZQR4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Vacuolar type ATP synthase subunit × 12 （P74900） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H9ZQR4_THETH
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–652； UniProt 1–652

Vacuolar type ATP synthase subunit

物种未注明

UniProt P74900

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q72J73） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） V-type ATPase subunit G × 2 （H9ZQR3） V-type ATP synthase subunit D × 1 （Q72J74） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit C × 1 （P74902） Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I × 1 （H9ZQR4） Human heavy chain domain antibody × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	P74900_THETH
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 P； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 Q； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 R； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 S； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 T； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 U； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 V； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 W； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 X； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 Y； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 Z； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tsj
沉积日期 deposition_date	2016-10-29
结构标题 title	Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs
关键词 keywords	V/A-ATPase, membrane protein, complex, antibody, HYDROLASE; membrane protein, hydrolase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5tsj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5tsj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5tsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	75.46 Å
Rg（电子密度）	76.87 Å
总 Rg	76.84 Å
原子数	24625
残基数	6112
排除体积	343020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5tsj__assembly_1__model_1`	28-meric （28）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type ATP synthase alpha chain
分子量 formula_weight	63628.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	24625

MIQGVIQKIAGPAVIAKGMLGARMYDICKVGEEGLVGEIIRLDGDTAFVQVYEDTSGLKVGEPVVSTGLPLAVELGPGMLNGIYDGIQRPLERIREKTGIYITRGVVVHALDREKKWAWTPMVKPGDEVRGGMVLGTVPEFGFTHKILVPPDVRGRVKEVKPAGEYTVEEPVVVLEDGTELKMYHTWPVRRARPVQRKLDPNTPFLTGMRILDVLFPVAMGGTAAIPGPFGSGKTVTQQSLAKWSNADVVVYVGCGERGNEMTDVLVEFPELTDPKTGGPLMHRTVLIANTSNMPVAAREASIYVGVTIAEYFRDQGFSVALMADSTSRWAEALREISSRLEEMPAEEGYPPYLAARLAAFYERAGKVITLGGEEGAVTIVGAVSPPGGDMSEPVTQSTLRIVGAFWRLDASLAFRRHFPAINWNGSYSLFTSALDPWYRENVAEDYPELRDAISELLQREAGLQEIVQLVGPDALQDAERLVIEVGRIIREDFLQQNAYHEVDAYCSMKKAYGIMKMILAFYKEAEAAIKRGVSIDEILQLPVLERIGRARYVSEEEFPAYFEEAMKEIQGAFKAL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type ATP synthase beta chain
分子量 formula_weight	50850.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

EYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVARLGVSKEMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPANEIAAQIARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALTVAEYLAFEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDDRTHPIPDLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIGEDALTENDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit E
分子量 formula_weight	20481.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

KLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVLEEVRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEAMARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGKTQVENSLLARMDRAWDAMSSKVAQALWG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type ATPase subunit G
分子量 formula_weight	11752.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

GMGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAETEALLARYRERAEAEAKAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit D
分子量 formula_weight	23351.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

SQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAALGVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRRVNALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit F
分子量 formula_weight	10824.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEAFQGHDVEGYMRELVRKTIGF

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit C
分子量 formula_weight	35968.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MADDFAYLNARVRVRRGTLLKESFFQEALDLSFADFLRLLSETVYGGELAGQGLPDVDRAVLRTQAKLVGDLPRLVTGEAREAVRLLLLRNDLHNLQALLRAKATGRPFEEVLLLPGTLREEVWRQAYEAQDPAGMAQVLAVPGHPLARALRAVLRETQDLARVEALLAKRFFEDVAKAAKGLDQPALRDYLALEVDAENLRTAFKLQGSGLAPDAFFLKGGRFVDRVRFARLMEGDYAVLDELSGTPFSGLSGVRDLKALERGLRCVLLKEAKKGVQDPLGVGLVLAYVKEREWEAVRLRLLARRAYFGLPRAQVEEEVVCP

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I
分子量 formula_weight	72272.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MIAPMEKLVLAGPKGRAKELLQSLQQAGVVHLETLRPEALSAYQLSPEERAELRRWEAVSAGAEHTLSLLGLEAEPARPFPEGLEAAEKALSPIQAHAEGLTRQKQELEEELALAQAYLEPLERLAALAHGLDKSPFLRVIPFLLTEKELPLVEEALRKALEDRYLLAHEAYAGGVPALVVVHRKEVDQAKAALSRAGVAELRLPGALGELPLSEAARRLKERAEAAPRELSEVRQHLAKLARESASTLQSLWTRAQDEVARLKALEELASGRFGFALLGYVPVKAKPKVEEALARHKENVVYAFEPVDEHHEADRIPVVLDNPPWVKPFELLVSFLNTPKYGTFDPTPVVPIFFPFWFGMIVGDIGYALLFYLVGRWLSGYVKRNEPLVIDLFALKLKPPVLAKLVYILNWMVFWTVVWGLIYGEFFGTFLEHLGVFGTPEHPGLIPILIHRIDTAKTANLLILLSVAFGVVMVFAGLILRAYLGLKHRHMAHFWEGVGYLGGLLGILALAASYLGNLQAGWLSALMYLGFGVFLLSVVMSSIWLMIPEIFTQAGHILSHIRIYAVGAAGGILAGLLTDVGFAMAERLGLIGVLLGIVVAGVLHLLILLLTTLGHMLQPIRLIWVEFFTKFGFYEENGRPYRPFKSVRETQ

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Vacuolar type ATP synthase subunit
分子量 formula_weight	9841.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z

MKKLLVTVLLAVFGALAFAAEEAAASGGLDRGLIAVGMGLAVGLAALGTGVAQARIGAAGVGAIAEDRSNFGTALIFLLLPETLVIFGLLIAFILNGRL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Human heavy chain domain antibody
分子量 formula_weight	16345.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2

STEVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYMMSWVRQAPGKGLEWVSSIEGSGSKTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKRDSSFGFDYWGQGTLVTVSSAAALEIKRASQPELAPEDPEDVEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	8.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	61045

Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type ATP synthase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar type ATP synthase subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5tsj__assembly_1__model_1

5tsj__assembly_1__model_1 | I(q)

5tsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment