SAXSdb — 5u1d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen peptide transporter 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Antigen peptide transporter 2 × 1 （Q03519） TAP transporter inhibitor ICP47 × 1 （A0A140GKJ0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–748； UniProt 61–808

Antigen peptide transporter 2

Homo sapiens

UniProt Q03519

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Antigen peptide transporter 1 × 1 （Q03518） TAP transporter inhibitor ICP47 × 1 （A0A140GKJ0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–686； UniProt 1–686

TAP transporter inhibitor ICP47

Human herpesvirus 1

UniProt A0A140GKJ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Antigen peptide transporter 1 × 1 （Q03518） Antigen peptide transporter 2 × 1 （Q03519）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A140GKJ0_HHV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5u1d
沉积日期 deposition_date	2016-11-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human TAP ATP-Binding Cassette Transporter
关键词 keywords	membrane, protein, ABC transporter, antigen, presentation, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5u1d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5u1d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5u1d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.39 Å
Rg（电子密度）	37.77 Å
总 Rg	37.77 Å
原子数	7815
残基数	1168
排除体积	136120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5u1d__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antigen peptide transporter 1
分子量 formula_weight	81034.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7815

MASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLLLADWVLLRTALPRIFSLLVPTALPLLRVWAVGLSRWAVLWLGACGVLRATVGSKSENAGAQGWLAALKPLAAALGLALPGLALFRELISWGAPGSADSTRLLHWGSHPTAFVVSYAAALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCLGSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLSENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESLAKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGMLLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFEYLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIAYGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRKPCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADHILFLEGGAIREGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antigen peptide transporter 2
分子量 formula_weight	75736.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLGFVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLSPPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDILGGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGFFQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHMPFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALEQCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVGSYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNRPDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHCYLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDVGEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIAHRLQTVQRAHQILVLQEGKLQKLAQL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TAP transporter inhibitor ICP47
分子量 formula_weight	9850.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MSWALEMADTFLDNMRVGPRTYADVRDEINKRGREDREAARTAVHDPERPLLRSPGLLPEIAPNASLGVVHRRTGGTVTDSPRNPVTR

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
通用名 common_name	HHV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10298
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.970 Å
最低分辨率 resolution_low	92.500 Å
R 因子 r_factor	0.3047
R_work r_work	0.3047
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.97 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	501973

Cryo-EM structure of the human TAP ATP-Binding Cassette Transporter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen peptide transporter 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Antigen peptide transporter 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TAP transporter inhibitor ICP47

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5u1d__assembly_1__model_1

5u1d__assembly_1__model_1 | I(q)

5u1d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the human TAP ATP-Binding Cassette Transporter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen peptide transporter 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Antigen peptide transporter 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TAP transporter inhibitor ICP47

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5u1d__assembly_1__model_1

5u1d__assembly_1__model_1 | I(q)

5u1d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)