Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 2 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | SYY_METJA |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306 作者链 B； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306 |
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| 条目编号 entry_id | 5u36 |
| 沉积日期 deposition_date | 2016-12-01 |
| 结构标题 title | Crystal Structure Of A Mutant M. Jannashii Tyrosyl-tRNA Synthetase |
| 关键词 keywords | tyrosine phosphorylation, LIGASE; LIGASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 35.26 Å |
| Rg（电子密度） | 35.57 Å |
| 总 Rg | 35.65 Å |
| 原子数 | 4696 |
| 残基数 | 588 |
| 排除体积 | 85060 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d5u36a1 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.26.1 — Nucleotidylyl transferase |
| 家族 Family family | c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain |
| 结构域编号 domain_id | d5u36a2 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
| 结构域编号 domain_id | d5u36b1 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.26.1 — Nucleotidylyl transferase |
| 家族 Family family | c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain |
| 结构域编号 domain_id | d5u36b2 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
| 结构域编号 domain_id | 5u36A01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 620 — HUPs |
| 结构域编号 domain_id | 5u36A02 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase |
| 结构域编号 domain_id | 5u36B01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 620 — HUPs |
| 结构域编号 domain_id | 5u36B02 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase |