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5u52

2 helix minimized version of the B-domain from Protein A (Z34C0 bound to IgG1 Fc (monoclinic form)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG1 FC

Homo sapiens

UniProt Q6MZV7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 4 其他聚合物 2 Mini Z domain × 2 ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
7rho 7rho 7rho 7rho

共 4 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5nsc 5nsg 5u4y 5u52 5u66 5vme 6chf 6cjc 6cjx 6n9t 6n9t 6p6d

共 22 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6MZV7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–209； UniProt 262–469 作者链 B； PDB构建体 2–209； UniProt 262–469

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5u52
沉积日期 deposition_date2016-12-06
结构标题 title2 helix minimized version of the B-domain from Protein A (Z34C0 bound to IgG1 Fc (monoclinic form)
关键词 keywords2 helix bundle, Protein A, B-domain, IgG1 fc, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5u52__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5u52__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5u52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）28.32 Å
Rg（电子密度）26.89 Å
总 Rg27.75 Å
原子数4100
残基数484
排除体积72674 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5u52__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5u52e_
类 Class classk — Designed proteins
折叠类型 Fold foldk.13 — Protein A Ig(Fc)-binding domain mimics
超家族 Superfamily superfamilyk.13.1 — Protein A Ig(Fc)-binding domain mimics
家族 Family familyk.13.1.1 — Protein A Ig(Fc)-binding domain mimics
结构域编号 domain_idd5u52z_
类 Class classk — Designed proteins
折叠类型 Fold foldk.13 — Protein A Ig(Fc)-binding domain mimics
超家族 Superfamily superfamilyk.13.1 — Protein A Ig(Fc)-binding domain mimics
家族 Family familyk.13.1.1 — Protein A Ig(Fc)-binding domain mimics

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5u52A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5u52A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5u52B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5u52B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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7. 引用文献 (2)