5u6b

Structure of the Axl kinase domain in complex with a macrocyclic inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase receptor UFO

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(10R)-7-amino-11-chloro-12-fluoro-1-(2-hydroxyethyl)-3,10,16-trimethyl-16,17-dihydro-1H-8,4-(azeno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecin-15(10H)-one ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(10R)-7-amino-11-chloro-12-fluoro-1-(2-hydroxyethyl)-3,10,16-trimethyl-16,17-dihydro-1H-8,4-(azeno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecin-15(10H)-one ; × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(10R)-7-amino-11-chloro-12-fluoro-1-(2-hydroxyethyl)-3,10,16-trimethyl-16,17-dihydro-1H-8,4-(azeno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecin-15(10H)-one ; × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(10R)-7-amino-11-chloro-12-fluoro-1-(2-hydroxyethyl)-3,10,16-trimethyl-16,17-dihydro-1H-8,4-(azeno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecin-15(10H)-one ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFO_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–307； UniProt 514–818 作者链 B； PDB构建体 3–307； UniProt 514–818 作者链 C； PDB构建体 3–307； UniProt 514–818 作者链 D； PDB构建体 3–307； UniProt 514–818

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5u6b
沉积日期 deposition_date	2016-12-07
结构标题 title	Structure of the Axl kinase domain in complex with a macrocyclic inhibitor
关键词 keywords	Kinase Inhibitor Complex, Transferase-Transferase Inhibitor complex; Transferase/Transferase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5u6b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5u6b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5u6b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.37 Å
Rg（电子密度）	19.34 Å
总 Rg	20.26 Å
原子数	2175
残基数	270
排除体积	38948 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5u6b__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5u6b__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5u6b__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5u6b__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase receptor UFO
分子量 formula_weight	34870.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9046

GSNSLGISEELKEKLRDVMVDRHKVALGKTLGEGEFGAVMEGQLNQDDSILKVAVKTMKIAICTRSELEDFLSEAVCMKEFDHPNVMRLIGVCFQGSERESFPAPVVILPFMKHGDLHSFLLYSRLGDQPVYLPTQMLVKFMADIASGMEYLSTKRFIHRDLAARNCMLNENMSVCVADFGLSKKIYNGDYYRQGRIAKMPVKWIAIESLADRVYTSKSDVWSFGVTMWEIATRGQTPYPGVENSEIYDYLRQGNRLKQPADCLDGLYALMSRCWELNPQDRPSFTELREDLENTLKALPPAQEPDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(10R)-7-amino-11-chloro-12-fluoro-1-(2-hydroxyethyl)-3,10,16-trimethyl-16,17-dihydro-1H-8,4-(azeno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecin-15(10H)-one ;
分子量 formula_weight	460.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5u6ba_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5u6bb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5u6bb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5u6bc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5u6bd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5u6bd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5u6bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5u6bD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	81.680 Å
晶胞边长 b length_b	100.704 Å
晶胞边长 c length_c	81.921 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.840 Å
最低分辨率 resolution_low	59.810 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2390

Structure of the Axl kinase domain in complex with a macrocyclic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase receptor UFO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5u6b__assembly_1__model_1

5u6b__assembly_1__model_1 | I(q)

5u6b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Axl kinase domain in complex with a macrocyclic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase receptor UFO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5u6b__assembly_1__model_1

5u6b__assembly_1__model_1 | I(q)

5u6b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)