SAXSdb — 5ubk

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;N-[(1R)-1-{(6S)-6-[(2-amino-2-oxoethyl)carbamoyl]-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-2-yl}-2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-N~2~-tetradecanoyl-L-glutamine ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVDQ_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–546； UniProt 217–762 作者链 A； PDB构建体 548–709； UniProt 30–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ubk
沉积日期 deposition_date	2016-12-20
结构标题 title	Inactive S1A/N269D-cpPvdQ mutant in complex with the pyoverdine precursor PVDIq reveals a specific binding pocket for the D-Tyr of this substrate
关键词 keywords	cpPVDQ, cpPVDQ S1A/269D, pyoverdine precursor, substrate:mutant PVDQ complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ubk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ubk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ubk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.39 Å
Rg（电子密度）	26.08 Å
总 Rg	26.99 Å
原子数	5540
残基数	709
排除体积	97636 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ubk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ
分子量 formula_weight	78179.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.97
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5695

ANAIAVGSERSADGKGMLLANPHFPWNGAMRFYQMHLTIPGRLDVMGASLPGLPVVNIGFSRHLAWTHTVDTSSHFTLYRLALDPKDPRRYLVDGRSLPLEEKSVAIEVRGADGKLSRVEHKVYQSIYGPLVVWPGKLDWNRSEAYALRDANLENTRVLQQWYSINQASDVADLRRRVEALQGIPWVNTLAADEQGNALYMNQSVVPYLKPELIPACAIPQLVAEGLPALQGQDSRCAWSRDPAAAQAGITPAAQLPVLLRRDFVQNSDDSAWLTNPASPLQGFSPLVSQEKPIGPRARYALSRLQGKQPLEAKTLEEMVTANHVFSADQVLPDLLRLCRDNQGEKSLARACAALAQWDRGANLDSGSGFVYFQRFMQRFAELDGAWKEPFDAQRPLDTPQGIALDRPQVATQVRQALADAAAEVEKSGIPDGARWGDLQVSTRGQERIAIPGGDGHFGVYNAIQSVRKGDHLEVVGGTSYIQLVTFPEEGPKARGLLAFSQSSDPRSPHYRDQTELFSRQQWQTLPFSDRQIDADPQLQRLSIREGGLAADIRWTAYGVPHIRAKDERGLGYGIGYAYARDNACLLAEEIVTARGERARYFGSEGKSSAELDNLPSDIFYAWLNQPEALQAFWQAQTPAVRQLLEGYAAGFNRFLREADGKTTSCLGQPWLRAIATDDLLRLTRRLLVEGGVGQFADALVAAAPPGAE

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-[(1R)-1-{(6S)-6-[(2-amino-2-oxoethyl)carbamoyl]-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-2-yl}-2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-N~2~-tetradecanoyl-L-glutamine ;
分子量 formula_weight	658.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ubkA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	120 — Penicillin G acylase, beta-roll domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region

结构域编号 domain_id	5ubkA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1400 — Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, alpha-helical knob region

▶

晶胞边长 a length_a	120.384 Å
晶胞边长 b length_b	168.361 Å
晶胞边长 c length_c	93.643 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	39.035 Å
R 因子 r_factor	0.1871
R_work r_work	0.1844
R_free r_free	0.2369

Inactive S1A/N269D-cpPvdQ mutant in complex with the pyoverdine precursor PVDIq reveals a specific binding pocket for the D-Tyr of this substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ubk__assembly_1__model_1

5ubk__assembly_1__model_1 | I(q)

5ubk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Inactive S1A/N269D-cpPvdQ mutant in complex with the pyoverdine precursor PVDIq reveals a specific binding pocket for the D-Tyr of this substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ubk__assembly_1__model_1

5ubk__assembly_1__model_1 | I(q)

5ubk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)