5uk5

Complex of Notch1(EGF8-12) bound to Jagged1(N-EGF3)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Protein jagged-1 × 1 （Q63722） alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 3 alpha-L-fucopyranose × 3 beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOTC1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–196； UniProt 295–488

Protein jagged-1

Rattus norvegicus

UniProt Q63722

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Neurogenic locus notch homolog protein 1 × 1 （Q07008） alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 3 alpha-L-fucopyranose × 3 beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	JAG1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–307； UniProt 32–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5uk5
沉积日期 deposition_date	2017-01-19
结构标题 title	Complex of Notch1(EGF8-12) bound to Jagged1(N-EGF3)
关键词 keywords	Notch, Jagged, Delta, Glycoprotein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5uk5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5uk5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5uk5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.36 Å
Rg（电子密度）	45.17 Å
总 Rg	44.80 Å
原子数	3895
残基数	493
排除体积	67464 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5uk5__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch homolog protein 1
分子量 formula_weight	21777.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4033

DPDVDECQLMPNACQNGGTCHNSHGGYNCVCVNGWTGEDCSENIDDCASAACFQGATCHDRVASFYCECPHGRTGLLCHLNDACISNPCNEGSNCDTNPVNGKAICTCPSGYTGPACSQDVDECALGANPCEHAGKCLNTLGSFECQCLQGYTGPRCEIDVNECISNPCQNDATCLDQIGEFQCICMPGYEGVYCESGRLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein jagged-1
分子量 formula_weight	35733.0 kDa
突变 mutation	S32L, R68G, D72N, T87R, Q182R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ADPRLGQFELEILSMQNVNGELQNGNCCGGARNPGDRKCTGDECNTYFKVCLKEYQSRVRAGGPCSFGSGSTPVIGGNTFNLKASRGNDRNRIVLPFSFAWPRSYTLLVEAWDSSNDTIQPDSIIEKASHSGMINPSRQWQTLKQNTGIAHFEYRIRVTCDDHYYGFGCNKFCRPRDDFFGHYACDQNGNKTCMEGWMGPECNKAICRQGCSPKHGSCKLPGDCRCQYGWQGLYCDKCIPHPGCVHGTCNEPWQCLCETNWGGQLCDKDLNYCGTHQPCLNRGTCSNTGPDKYQCSCPEGYSGPNCEAAAHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	312.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5uk5A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	5uk5A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	5uk5B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3510 —

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晶胞边长 a length_a	68.457 Å
晶胞边长 b length_b	127.995 Å
晶胞边长 c length_c	154.288 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.506 Å
最低分辨率 resolution_low	44.741 Å
R 因子 r_factor	0.2211
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2625

Complex of Notch1(EGF8-12) bound to Jagged1(N-EGF3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein jagged-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5uk5__assembly_1__model_1

5uk5__assembly_1__model_1 | I(q)

5uk5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of Notch1(EGF8-12) bound to Jagged1(N-EGF3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein jagged-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5uk5__assembly_1__model_1

5uk5__assembly_1__model_1 | I(q)

5uk5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)