SAXSdb — 5ukb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Anti-vesicular stomatitis virus N VHH

Vicugna pacos

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 2	Nucleocapsid × 10 （A6H4P1） RNA (45-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A192B6J5_VICPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 3–124； UniProt 3–124 作者链 b； PDB构建体 3–124； UniProt 3–124 作者链 c； PDB构建体 3–124； UniProt 3–124 作者链 d； PDB构建体 3–124； UniProt 3–124 作者链 e； PDB构建体 3–124； UniProt 3–124

Nucleocapsid

Vesicular stomatitis Indiana virus

UniProt A6H4P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 2	Anti-vesicular stomatitis virus N VHH × 10 （A0A192B6J5） RNA (45-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A6H4P1_9RHAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–423； UniProt 2–422 作者链 B； PDB构建体 3–423； UniProt 2–422 作者链 C； PDB构建体 3–423； UniProt 2–422 作者链 D； PDB构建体 3–423； UniProt 2–422 作者链 E； PDB构建体 3–423； UniProt 2–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ukb
沉积日期 deposition_date	2017-01-20
结构标题 title	VSV N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NANOBODY 1004
关键词 keywords	VESICULAR STOMATITIS VIRUS, NUCLEOPROTEIN, INHIBITORY VHH, ANTIVIRAL, Viral Protein-RNA-Immune System complex; Viral Protein/RNA/Immune System
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ukb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ukb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ukb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	66.64 Å
Rg（电子密度）	66.79 Å
总 Rg	66.73 Å
原子数	44420
残基数	5500
排除体积	784100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ukb__assembly_1__model_1`	22-meric （22）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
分子量 formula_weight	15094.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d,c,b,a,e
原子数 atom_count	22210

QVQLVESGGGLVQAGGSLTLSCVASGRPFRNYRLGWFRQAPGKEREFVAAINWGGVITNYADSVKGRFTISRDDAKNTVYLQMNSLKPEETAVYYCAAFDSTGSPIVRDNYEYWGQGTQVTVSSGGLPETGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
通用名 common_name	Alpaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleocapsid
分子量 formula_weight	47535.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,B,A,E

MASVTVKRIIDNTVIVPKLPANEDPVEYPADYFRKSKEIPLYINTTKSLSDLRGYVYQGLKSGNVSIIHVNSYLYGALKDIRGKLDKDWSSFGINIGKAGDTIGIFDLVSLKALDGVLPDGVSDASRTSADDKWLPLYLLGLYRVGRTQMPEYRKKLMDGLTNQCKMINEQFEPLVPEGRDIFDVWGNDSNYTKIVAAVDMFFHMFKKHECASFRYGTIVSRFKDCAALATFGHLCKITGMSTEDVTTWILNREVADEMVQMMLPGQEIDKADSYMPYLIDFGLSSKSPYSSVKNPAFHFWGQLTALLLRSTRARNARQPDDIEYTSLTTAGLLYAYAVGSSADLAQQFCVGDNKYTPDDSTGGLTTNAPPQGRDVVEWLGWFEDQNRKPTPDMMQYAKRAVMSLQGLREKTIGKYAKSEFDK

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA (45-MER)
分子量 formula_weight	13732.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	240.117 Å
晶胞边长 b length_b	335.497 Å
晶胞边长 c length_c	75.899 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.473 Å
最低分辨率 resolution_low	137.515 Å
R 因子 r_factor	0.3365
R_work r_work	0.3364
R_free r_free	0.3375

VSV N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NANOBODY 1004

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Anti-vesicular stomatitis virus N VHH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleocapsid

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ukb__assembly_1__model_1

5ukb__assembly_1__model_1 | I(q)

5ukb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

VSV N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NANOBODY 1004

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Anti-vesicular stomatitis virus N VHH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleocapsid

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ukb__assembly_1__model_1

5ukb__assembly_1__model_1 | I(q)

5ukb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)