SAXSdb — 5umi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin A

Clostridioides difficile

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	PA50 Fab Light chain × 2 PA50 Fab Heavy chain × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOXA_CLODI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 22–271； UniProt 2461–2710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5umi
沉积日期 deposition_date	2017-01-27
结构标题 title	Clostridium difficile TcdA-CROPs bound to PA50 Fab
关键词 keywords	toxin antibody, TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex; TOXIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5umi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5umi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5umi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.40 Å
Rg（电子密度）	37.05 Å
总 Rg	37.56 Å
原子数	13425
残基数	886
排除体积	121060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5umi__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toxin A
分子量 formula_weight	30318.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	13425

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGLRTIDGKKYYFNTNTAVAVTGWQTINGKKYYFNTNTSIASTGYTIISGKHFYFNTDGIMQIGVFKGPDGFEYFAPANTDANNIEGQAIRYQNRFLYLHDNIYYFGNNSKAATGWVTIDGNRYYFEPNTAMGANGYKTIDNKNFYFRNGLPQIGVFKGSNGFEYFAPANTDANNIEGQAIRYQNRFLHLLGKIYYFGNNSKAVTGWQTINGKVYYFMPDTAMAAAGGLFEIDGVIYFFGVDGVKAPGIYG

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus megaterium

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PA50 Fab Light chain
分子量 formula_weight	22999.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASSSVNYMNWYQQKPGQAPRPLIYATSNLASGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSRTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PA50 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23826.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYNMDWVRQAPGQRLEWMGDINPKYDIIGHNPKFMGRVTITRDTSASTAYMELSSLRSEDTAVYYCARSDRGWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	5umiB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5umiC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	5umiC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	5umiC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	5umiH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5umiL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5umiL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	93.685 Å
晶胞边长 b length_b	77.330 Å
晶胞边长 c length_c	97.781 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.230 Å
最低分辨率 resolution_low	48.884 Å
R 因子 r_factor	0.2710
R_work r_work	0.2700
R_free r_free	0.2896

Clostridium difficile TcdA-CROPs bound to PA50 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5umi__assembly_1__model_1

5umi__assembly_1__model_1 | I(q)

5umi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Clostridium difficile TcdA-CROPs bound to PA50 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5umi__assembly_1__model_1

5umi__assembly_1__model_1 | I(q)

5umi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)