5urc

Design, Synthesis, Functional and Biological Evaluation of Ether and Ester Derivatives of the Antisickling Agent 5-HMF for the Treatment of Sickle Cell Disease

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha

物种未注明

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–142 链 C; UniProt 2–142 未记录 Hemoglobin subunit beta × 2 (P68871) CMO CARBON MONOXIDE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 8MV (5-formylfuran-2-yl)methyl acetate × 1 FUX 5-HYDROXYMETHYL-FURFURAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;pH 7.4;298 K;25% PEG4000, 0.1 M Hepes, 40 mM Sodium Chloride 分辨率 1.85 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142 作者链 C; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142

Hemoglobin subunit beta

物种未注明

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–147 链 D; UniProt 2–147 未记录 Hemoglobin subunit alpha × 2 (P69905) CMO CARBON MONOXIDE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 8MV (5-formylfuran-2-yl)methyl acetate × 1 FUX 5-HYDROXYMETHYL-FURFURAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;pH 7.4;298 K;25% PEG4000, 0.1 M Hepes, 40 mM Sodium Chloride 分辨率 1.85 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、399 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147 作者链 D; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5urc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5urc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5urc
沉积日期 deposition_date2017-02-10
结构标题 titleDesign, Synthesis, Functional and Biological Evaluation of Ether and Ester Derivatives of the Antisickling Agent 5-HMF for the Treatment of Sickle Cell Disease
关键词 keywordshemoglobin, antisickling, allosteric effector, aromatic aldehyde, OXYGEN TRANSPORT; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.30
零角强度 I(0) i064032900.00
分子量 molecular_weight64830.0 kDa
排除体积 excluded_volume82010 ų
包络体积 envelope_volume95072 ų
水化壳体积 shell_volume32661 ų
包络直径 envelope_diameter72.4
壳层 Rg shell_rg31.37
包络 Rg envelope_rg23.13
形状 Rg shape_rg23.28
总 Rg total_rg24.23
总原子数 total_atoms4583
残基数 n_residues574
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.4
Rg (实空间) rg_real24.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real6.4030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64040000.0000
解质量估计 total_estimate0.7954
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary32.3
偏度 Skewness skewness0.045
峰度 Kurtosis kurtosis-0.534
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20490000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5urca_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd5urcb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd5urcc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd5urcd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5urcA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5urcB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5urcC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5urcD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)