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5uwc

Cytokine-receptor complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-3 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P26951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 20–307 片段：UNP residues 20-307 突变：N212Q, A298V Interleukin-3 × 1 （P08700） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCl and 100 mM citrate-phosphate buffer pH 4.8 分辨率 2.40 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5UWC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4JZJ Crystal Structure of Receptor-Fab Complex 提交 2013-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 20–307（288 aa） 片段：DOMAIN 2, DOMAIN 3, UNP residues 20-307
链 D 20–307（288 aa） 片段：DOMAIN 2, DOMAIN 3, UNP residues 20-307
突变：Deletion R145, A298V 突变：Deletion R145, A298V NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；22% PEG 3350, 200mM Sodium Malonate, 100mM Citrate Buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–307（288 aa） 片段：UNP residues 20-307
突变：N212Q, A298V NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 20–307（288 aa） 片段：UNP residues 20-307
突变：N212Q, A298V NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 20–307（288 aa）
突变：N194Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.278
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 20–307（288 aa）
突变：N194Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.278

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL3RA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–288； UniProt 20–307

Interleukin-3

Homo sapiens

UniProt P08700

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 31–152 片段：UNP residues 31-152 突变：W32Y, K116W Interleukin-3 receptor subunit alpha × 1 （P26951） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCl and 100 mM citrate-phosphate buffer pH 4.8 分辨率 2.40 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5UWC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JLI HUMAN INTERLEUKIN 3 (IL-3) MUTANT WITH TRUNCATION AT BOTH N-AND C-TERMINI AND 14 RESIDUE CHANGES, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1995-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–144（111 aa）
突变：DEL(1-13), V14A, N18I, T25H, Q29R, L32N, F37P, G42S, Q45M, N51R, R55T, E59L, N62V, S67H, Q69E, DEL(126-133) 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 31–152（122 aa） 片段：UNP residues 31-152
突变：W32Y NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 31–152（122 aa） 片段：UNP residues 31-152
突变：W32Y NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 31–144（114 aa）
突变：W13Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.278
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 31–144（114 aa）
突变：W13Y NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.278

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 31–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5uwc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5uwc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5uwc
沉积日期 deposition_date2017-02-21
结构标题 titleCytokine-receptor complex
关键词 keywordsCytokine, Receptor, Signalling, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.25 Å
零角强度 I(0) i033399800.00
分子量 molecular_weight43568.0 kDa
排除体积 excluded_volume54153 ų
包络体积 envelope_volume67922 ų
水化壳体积 shell_volume24130 ų
包络直径 envelope_diameter88.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.42 Å
包络 Rg envelope_rg24.67 Å
形状 Rg shape_rg24.21 Å
总 Rg total_rg25.12 Å
总原子数 total_atoms3061
残基数 n_residues365
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.7 Å
Rg (实空间) rg_real25.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33400000.0000
解质量估计 total_estimate0.5928
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary29.2 Å
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis-0.196
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13510000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.184; Positv: 1.000; Valcen: 0.869; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5uwci_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5uwcG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3850 —
结构域编号 domain_id5uwcG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5uwcG03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5uwcI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)