SAXSdb — 5v3n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Monopolin complex subunit CSM1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 69–181	未记录	Ulp2p,Topoisomerase 1-associated factor 2 chimera × 2 （H0GHZ9,Q02208）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% PEG 3350 and 25% Glycerol	分辨率 1.30 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5V3N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3N4R Structure of Csm1 C-terminal domain, R3 form 提交 2010-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181) 链 B 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181)	突变：L157M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L157M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；2.0 M Sodium malonate pH 6.4, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.243
3N4R Structure of Csm1 C-terminal domain, R3 form 提交 2010-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181) 链 D 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181)	突变：L157M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L157M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；2.0 M Sodium malonate pH 6.4, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.243
3N4S Structure of Csm1 C-terminal domain, P21212 form 提交 2010-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181) 链 B 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181)	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0 M Sodium malonate pH 6.4, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.234
3N4S Structure of Csm1 C-terminal domain, P21212 form 提交 2010-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181) 链 D 69–181（113 aa）片段：C-terminal domain (residues 69-181)	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0 M Sodium malonate pH 6.4, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.234
3N4X Structure of Csm1 full-length 提交 2010-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）链 B 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；150 mM lithium chloride, 12% PEG 2000, 4% 1,4-butanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.41 Å R-free 0.282
3N4X Structure of Csm1 full-length 提交 2010-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–190（190 aa）链 D 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；150 mM lithium chloride, 12% PEG 2000, 4% 1,4-butanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.41 Å R-free 0.282
3N7N Structure of Csm1/Lrs4 complex 提交 2010-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–190（190 aa）链 B 1–190（190 aa）链 C 1–190（190 aa）链 D 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 120 mM MgCl2, 16% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.90 Å R-free 0.355
5KTB Structure of a complex between S. cerevisiae Csm1 and Mam1 提交 2016-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–190（190 aa）链 B 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM magnesium chloride, 6% PEG4000	分辨率 3.05 Å R-free 0.241
5V1A Structure of S. cerevisiae Ulp2:Csm1 complex 提交 2017-03-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 69–190（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350, 25% Glycerol	分辨率 2.14 Å R-free 0.278
6DEI Structure of Dse3-Csm1 complex 提交 2018-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 69–181（113 aa）链 B 69–181（113 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M NaOAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.221

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–113； UniProt 69–181

Ulp2p,Topoisomerase 1-associated factor 2 chimera

Saccharomyces cerevisiae

UniProt H0GHZ9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 825–844	未记录	Monopolin complex subunit CSM1 × 2 （P25651）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% PEG 3350 and 25% Glycerol	分辨率 1.30 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H0GHZ9_SACCK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–23； UniProt 825–844

Ulp2p,Topoisomerase 1-associated factor 2 chimera

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q02208

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 384–398	未记录	Monopolin complex subunit CSM1 × 2 （P25651）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% PEG 3350 and 25% Glycerol	分辨率 1.30 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5V3N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5HOI Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Tof2. 提交 2016-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 497–517（21 aa）片段：UNP residues 497-517 链 E 497–517（21 aa）片段：UNP residues 497-517 链 F 497–517（21 aa）片段：UNP residues 497-517	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl	分辨率 3.30 Å R-free 0.224

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOF2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 24–38； UniProt 384–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5v3n
沉积日期 deposition_date	2017-03-07
结构标题 title	Structure of S. cerevisiae Ulp2-Tof2-Csm1 complex
关键词 keywords	monopolin, cohibin, rDNA silencing, desumoylation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.35 Å
零角强度 I(0) i0	4913840.00
分子量 molecular_weight	16054.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20212 Å³
包络体积 envelope_volume	24005 Å³
水化壳体积 shell_volume	13376 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.07 Å
包络 Rg envelope_rg	15.95 Å
形状 Rg shape_rg	15.34 Å
总 Rg total_rg	16.55 Å
总原子数 total_atoms	2226
残基数 n_residues	142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.5 Å
Rg (实空间) rg_real	16.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9140e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4914000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7691
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.055
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	866900.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Monopolin complex subunit CSM1
分子量 formula_weight	12991.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2354

ENSEVIKDLYEYLCNVRVHKSYEDDSGLWFDISQGTHSGGSSDDYSIMDYKLGFVKGQAQVTEVIYAPVLKQRSTEELYSLQSKLPEYLFETLSFPLSSLNQFYNKIAKSLNK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ulp2p,Topoisomerase 1-associated factor 2 chimera
分子量 formula_weight	4269.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNAPYFGRPSLKTRAKQFEGVSSKDIGENCRRIEAFSD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5v3nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.684 Å
晶胞边长 b length_b	56.933 Å
晶胞边长 c length_c	40.992 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.115 Å
R 因子 r_factor	0.1934
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2171

fit	/app/data/saxs_computation/v3/5v3n/5v3n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v3/5v3n/5v3n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v3/5v3n/5v3n.dat

Structure of S. cerevisiae Ulp2-Tof2-Csm1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Monopolin complex subunit CSM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ulp2p,Topoisomerase 1-associated factor 2 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ulp2p,Topoisomerase 1-associated factor 2 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)