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5v6g

Crystal structure of Influenza A virus Matrix Protein M1(NLS-88R)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix protein 1

Influenza A virus (strain A/Wilson-Smith/1933 H1N1)

UniProt P05777

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–165 链 B； UniProt 2–165 突变：G88R, R101S, R105S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Protein solution: 13.7 mg/ml in 55 mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10 mM BME, pH 4.0 Reservoir solution: 75 mM Tris-HCl, pH 7.0, 15% PEG-1000 分辨率 2.00 Å R-free 0.236
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–165 链 D； UniProt 2–165 突变：G88R, R101S, R105S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Protein solution: 13.7 mg/ml in 55 mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10 mM BME, pH 4.0 Reservoir solution: 75 mM Tris-HCl, pH 7.0, 15% PEG-1000 分辨率 2.00 Å R-free 0.236
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–165 链 B； UniProt 2–165 链 C； UniProt 2–165 链 D； UniProt 2–165 突变：G88R, R101S, R105S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Protein solution: 13.7 mg/ml in 55 mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10 mM BME, pH 4.0 Reservoir solution: 75 mM Tris-HCl, pH 7.0, 15% PEG-1000 分辨率 2.00 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5V6G Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4PUS Crystal Structure of Influenza A Virus Matrix Protein M1 提交 2014-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–165（164 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 2-165)
链 B 2–165（164 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 2-165)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；protein in 55 mM phosphate, 0.2 M sodium chloride, 2 mM TCEP, pH 4.0, precipitant: 15% PEG3000, 75 mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
5V7B Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E) 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–165（164 aa）
链 B 2–165（164 aa）
突变：G88E, R101S, R105S 突变：G88E, R101S, R105S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；277 K；16.7 mg/ml protein in 25mM Hepes/NaOH, 0.2M NaCl, 2mM TCEP, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.308
5V7S Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E, pH 6.2) 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–165（164 aa）
链 C 2–165（164 aa）
突变：G88E, R101S, R105S 突变：G88E, R101S, R105S PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；Protein solution: 8 mg/ml in 50mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10mM bME, pH 3.2 Reservoir solution: 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, 8% PEG-8K
分辨率 2.50 Å R-free 0.311
5V7S Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E, pH 6.2) 提交 2017-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–165（164 aa）
突变：G88E, R101S, R105S PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；Protein solution: 8 mg/ml in 50mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10mM bME, pH 3.2 Reservoir solution: 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, 8% PEG-8K
分辨率 2.50 Å R-free 0.311
5V8A Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88R, pH 7.3) 提交 2017-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–165（164 aa）
突变：G88R, R101S, R105S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；Protein solution: 10 mg/ml in K2HPO4/KH2PO4, 0.2M NaCl, 10bME, pH 7.2. Reservoir solution: 0.2M NaF, 20% PEG-3350, pH 7.3
分辨率 3.00 Å R-free 0.321
6I3H Crystal structure of influenza A virus M1 N-terminal domain (G18A mutation) 提交 2018-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–158（158 aa）
突变：G18A PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% EDO_P8K, 0.1 M MB2 pH 7.5, 10% NPS
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
6I3H Crystal structure of influenza A virus M1 N-terminal domain (G18A mutation) 提交 2018-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–158（158 aa）
突变：G18A PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% EDO_P8K, 0.1 M MB2 pH 7.5, 10% NPS
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
6QZD HLA-DR1 with SGP Influenza Matrix Peptide 提交 2019-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 17–30（14 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris 0.2 M NH4 SO4 25% PEG 4000
分辨率 2.66 Å R-free 0.254
6QZD HLA-DR1 with SGP Influenza Matrix Peptide 提交 2019-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 17–30（14 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris 0.2 M NH4 SO4 25% PEG 4000
分辨率 2.66 Å R-free 0.254

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 M1_I33A0
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–171； UniProt 2–165 作者链 B； PDB构建体 8–171； UniProt 2–165 作者链 C； PDB构建体 8–171； UniProt 2–165 作者链 D； PDB构建体 8–171； UniProt 2–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5v6g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5v6g
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5v6g
沉积日期 deposition_date2017-03-16
结构标题 titleCrystal structure of Influenza A virus Matrix Protein M1(NLS-88R)
关键词 keywordsInfluenza virus, Matrix protein, NLS-88R mutant, pH 5.5, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.85 Å
零角强度 I(0) i073399800.00
分子量 molecular_weight68668.0 kDa
排除体积 excluded_volume86828 ų
包络体积 envelope_volume101140 ų
水化壳体积 shell_volume33038 ų
包络直径 envelope_diameter82.6 Å
壳层 Rg shell_rg33.00 Å
包络 Rg envelope_rg24.76 Å
形状 Rg shape_rg24.87 Å
总 Rg total_rg25.66 Å
总原子数 total_atoms4816
残基数 n_residues628
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.4 Å
Rg (实空间) rg_real25.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real7.3400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7091
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.4 Å
偏度 Skewness skewness0.150
峰度 Kurtosis kurtosis-0.478
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15920000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.164; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5v6ga_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.95 — Influenza virus matrix protein M1
超家族 Superfamily superfamilya.95.1 — Influenza virus matrix protein M1
家族 Family familya.95.1.1 — Influenza virus matrix protein M1
结构域编号 domain_idd5v6gb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.95 — Influenza virus matrix protein M1
超家族 Superfamily superfamilya.95.1 — Influenza virus matrix protein M1
家族 Family familya.95.1.1 — Influenza virus matrix protein M1
结构域编号 domain_idd5v6gc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.95 — Influenza virus matrix protein M1
超家族 Superfamily superfamilya.95.1 — Influenza virus matrix protein M1
家族 Family familya.95.1.1 — Influenza virus matrix protein M1
结构域编号 domain_idd5v6gd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.95 — Influenza virus matrix protein M1
超家族 Superfamily superfamilya.95.1 — Influenza virus matrix protein M1
家族 Family familya.95.1.1 — Influenza virus matrix protein M1

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5v6gA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1
结构域编号 domain_id5v6gA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2
结构域编号 domain_id5v6gB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1
结构域编号 domain_id5v6gB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2
结构域编号 domain_id5v6gC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1
结构域编号 domain_id5v6gC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2
结构域编号 domain_id5v6gD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1
结构域编号 domain_id5v6gD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)