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5v7v

Cryo-EM structure of ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 96.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q05787

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–767 片段：UNP residues 1-767 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5V7V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6VJY Cryo-EM structure of Hrd1/Hrd3 monomer 提交 2020-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–767（767 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6VJZ CryoEM structure of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 complex of the expected topology 提交 2020-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–767（767 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6VK0 CryoEM structure of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 of the flipped topology 提交 2020-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–767（767 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6VK1 CryoEM structure of Hrd1/Hrd3 part from Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 complex 提交 2020-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–767（767 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9Z0E Structure of disulfide-crosslinked S. cerevisiae Hrd1 dimer bound to one copy of Hrd3 in MSP1D1 nanodisc 提交 2025-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–767（767 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HRD3_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–767； UniProt 1–767

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5v7v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5v7v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5v7v
沉积日期 deposition_date2017-03-20
结构标题 titleCryo-EM structure of ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3
关键词 keywordsHrd3 ERAD, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.36 Å
零角强度 I(0) i084213800.00
分子量 molecular_weight72344.0 kDa
排除体积 excluded_volume90632 ų
包络体积 envelope_volume122900 ų
水化壳体积 shell_volume35388 ų
包络直径 envelope_diameter104.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.07 Å
包络 Rg envelope_rg29.40 Å
形状 Rg shape_rg29.35 Å
总 Rg total_rg30.06 Å
总原子数 total_atoms10035
残基数 n_residues613
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.1 Å
Rg (实空间) rg_real29.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84220000.0000
解质量估计 total_estimate0.9072
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.3 Å
偏度 Skewness skewness0.194
峰度 Kurtosis kurtosis-0.552
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20780000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)