SAXSdb — 5v8z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum resident protein 29

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 158–261	片段：UNP residues 158-261	Calmegin × 1 （E2RA18）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4 M sodium citrate pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.219
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 158–261	片段：UNP residues 158-261	Calmegin × 1 （E2RA18）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4 M sodium citrate pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5V8Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QC7 Crystal structure of the protein-disulfide isomerase related chaperone ERp29 提交 2007-06-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–261（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10 mg/ml protein in 5 mM HEPES, pH 7.5, 25 mM NaCl, 0.0025% (v/v) beta-mercaptoethanol was equlibrated with a reservoir containing 0.45 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate buffer, pH 4.5 and 18-20% (w/v) PEG 2000 monomethyl ether. Crystals of about 0.1 mm in size grew in two days. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
2QC7 Crystal structure of the protein-disulfide isomerase related chaperone ERp29 提交 2007-06-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 34–261（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10 mg/ml protein in 5 mM HEPES, pH 7.5, 25 mM NaCl, 0.0025% (v/v) beta-mercaptoethanol was equlibrated with a reservoir containing 0.45 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate buffer, pH 4.5 and 18-20% (w/v) PEG 2000 monomethyl ether. Crystals of about 0.1 mm in size grew in two days. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
5V90 Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calreticulin 提交 2017-03-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 158–261（104 aa）片段：UNP residues 158-261	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 3.25 Å R-free 0.262
5V90 Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calreticulin 提交 2017-03-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–261（104 aa）片段：UNP residues 158-261	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 3.25 Å R-free 0.262

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERP29_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–106； UniProt 158–261 作者链 C； PDB构建体 3–106； UniProt 158–261

Calmegin

Canis lupus familiaris

UniProt E2RA18

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 327–360	片段：UNP residues 327-360	Endoplasmic reticulum resident protein 29 × 1 （P30040）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4 M sodium citrate pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.219
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 327–360	片段：UNP residues 327-360	Endoplasmic reticulum resident protein 29 × 1 （P30040）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4 M sodium citrate pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLGN_CANLF
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–38； UniProt 327–360 作者链 D； PDB构建体 5–38； UniProt 327–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5v8z
沉积日期 deposition_date	2017-03-22
结构标题 title	Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calmegin
关键词 keywords	chaperone, protein binding, protein folding; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.07 Å
零角强度 I(0) i0	14518700.00
分子量 molecular_weight	28133.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35089 Å³
包络体积 envelope_volume	42241 Å³
水化壳体积 shell_volume	18812 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.05 Å
包络 Rg envelope_rg	19.35 Å
形状 Rg shape_rg	19.07 Å
总 Rg total_rg	19.95 Å
总原子数 total_atoms	1977
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9051
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.456
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4509000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum resident protein 29
分子量 formula_weight	11903.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2014

GSLPVYDALAGEFIRASGVEARQALLKQGQDNLSSVKETQKKWAEQYLKIMGKILDQGEDFPASEMTRIARLIEKNKMSDGKKEELQKSLNILTAFQKKGAEKEEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Calmegin
分子量 formula_weight	4342.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSHMDEPKFIPDPNAEKPDDWNEDMDGEWEAPRISNPA

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	Dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5v8za1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.71 — ERP29 C domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.71.1 — ERP29 C domain-like
家族 Family family	a.71.1.1 — ERP29 C domain-like

结构域编号 domain_id	d5v8za2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5v8zc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.71 — ERP29 C domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.71.1 — ERP29 C domain-like
家族 Family family	a.71.1.1 — ERP29 C domain-like

结构域编号 domain_id	d5v8zc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5v8zA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1150 — Endoplasmic reticulum protein erp29
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5v8zC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1150 — Endoplasmic reticulum protein erp29
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.782 Å
晶胞边长 b length_b	67.620 Å
晶胞边长 c length_c	73.492 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.105 Å
最低分辨率 resolution_low	33.810 Å
R 因子 r_factor	0.2117
R_work r_work	0.2112
R_free r_free	0.2191

fit	/app/data/saxs_computation/v8/5v8z/5v8z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v8/5v8z/5v8z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v8/5v8z/5v8z.dat

Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calmegin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum resident protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calmegin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)