SAXSdb — 5v90

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum resident protein 29

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Calreticulin × 1 （P27797）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Calreticulin × 1 （P27797） GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERP29_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–106； UniProt 158–261 作者链 C； PDB构建体 3–106； UniProt 158–261

Calreticulin

Homo sapiens

UniProt P27797

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Endoplasmic reticulum resident protein 29 × 1 （P30040）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Endoplasmic reticulum resident protein 29 × 1 （P30040） GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–40； UniProt 238–273 作者链 D； PDB构建体 5–40； UniProt 238–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5v90
沉积日期 deposition_date	2017-03-22
结构标题 title	Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calreticulin
关键词 keywords	chaperone, protein binding, protein folding; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5v90__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5v90__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5v90__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.88 Å
Rg（电子密度）	15.11 Å
总 Rg	16.47 Å
原子数	1583
残基数	119
排除体积	15721 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5v90__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5v90__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum resident protein 29
分子量 formula_weight	11903.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	3448

GSLPVYDALAGEFIRASGVEARQALLKQGQDNLSSVKETQKKWAEQYLKIMGKILDQGEDFPASEMTRIARLIEKNKMSDGKKEELQKSLNILTAFQKKGAEKEEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Calreticulin
分子量 formula_weight	4665.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSHMKPEHIPDPDAKKPEDWDEEMDGEWEPPVIQNPEYKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5v90A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1150 — Endoplasmic reticulum protein erp29
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5v90C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1150 — Endoplasmic reticulum protein erp29
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	68.573 Å
晶胞边长 b length_b	68.573 Å
晶胞边长 c length_c	167.778 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.255 Å
最低分辨率 resolution_low	43.340 Å
R 因子 r_factor	0.2413
R_work r_work	0.2401
R_free r_free	0.2621

Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calreticulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum resident protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calreticulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5v90__assembly_1__model_1

5v90__assembly_1__model_1 | I(q)

5v90__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ERp29 D-domain in complex with the P-domain of calreticulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum resident protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Calreticulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5v90__assembly_1__model_1

5v90__assembly_1__model_1 | I(q)

5v90__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)