5va9

Human pancreatic alpha amylase in complex with peptide inhibitor piHA-L5(d10Y)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pancreatic alpha-amylase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Peptide Inhibitor piHA-L5(d10Y) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；MPD 54%, 0.1 M sodium cacodylate.	分辨率 2.55 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 16–511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Peptide Inhibitor piHA-L5(d10Y) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；MPD 54%, 0.1 M sodium cacodylate.	分辨率 2.55 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VA9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B2Y STRUCTURE OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE IN COMPLEX WITH THE CARBOHYDRATE INHIBITOR ACARBOSE 提交 1998-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60% 2-METHYLPENTAN-2,4 DIOL, pH 8.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.217
1BSI HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE FROM PICHIA PASTORIS, GLYCOSYLATED PROTEIN 提交 1998-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–511（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å
1CPU SUBSITE MAPPING OF THE ACTIVE SITE OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE USING SUBSTRATES, THE PHARMACOLOGICAL INHIBITOR ACARBOSE, AND AN ACTIVE SITE VARIANT 提交 1999-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 HMC 5-HYDROXYMETHYL-CHONDURITOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å
1HNY The structure of human pancreatic alpha-amylase at 1.8 angstroms resolution and comparisons with related enzymes 提交 1995-06-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–511（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1KB3 Three Dimensional Structure Analysis of the R195A Variant of Human Pancreatic Alpha Amylase 提交 2001-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：R195A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å
1KBB Mechanistic Analyses of Catalysis in Human Pancreatic alpha-Amylase: Detailed Kinetic and Structural Studies of Mutants of Three Conserved Carboxylic Acids 提交 2001-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：E233A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；MPD, cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
1KBK Mechanistic Analyses of Catalysis in Human Pancreatic Alpha-Amylase: Detailed Kinetic and Structural Studies of Mutants of Three Conserved Carboxylic Acids 提交 2001-11-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：D197A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；MPD, cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.177
1KGU THREE DIMENSIONAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE R337A VARIANT OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE 提交 2001-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：R377A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1KGW THREE DIMENSIONAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE R337Q VARIANT OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-MYLASE 提交 2001-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：R377Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å
1KGX Three Dimensional Structure Analysis of the R195Q Variant of Human Pancreatic Alpha Amylase 提交 2001-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：R195Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1U2Y In situ extension as an approach for identifying novel alpha-amylase inhibitors, structure containing D-gluconhydroximo-1,5-lactam 提交 2004-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOX (2S,3S,4R,5R)-6-(HYDROXYAMINO)-2-(HYDROXYMETHYL)-2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-3,4,5-TRIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.198
1U30 In situ extension as an approach for identifying novel alpha-amylase inhibitors, structure containing maltosyl-alpha (1,4)-D-gluconhydroximo-1,5-lactam 提交 2004-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LAG MALTOSYL-ALPHA (1,4)-(Z,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-PIPERIDIN-2-ONE OXIME × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOX (2S,3S,4R,5R)-6-(HYDROXYAMINO)-2-(HYDROXYMETHYL)-2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-3,4,5-TRIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
1U33 In situ extension as an approach for identifying novel alpha-amylase inhibitors 提交 2004-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LM2 4'-O-METHYL-MALTOSYL-ALPHA (1,4)-(Z, 3S,4S,5R,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-PIPERIDIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.227
1XCW Acarbose Rearrangement Mechanism Implied by the Kinetic and Structural Analysis of Human Pancreatic alpha-Amylase in Complex with Analogues and Their Elongated Counterparts 提交 2004-09-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2-methylpentane-2,4-diol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.215
1XCX Acarbose Rearrangement Mechanism Implied by the Kinetic and Structural Analysis of Human Pancreatic alpha-Amylase in Complex with Analogues and Their Elongated Counterparts 提交 2004-09-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2-methylpentane-2, 4-diol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
1XD0 Acarbose Rearrangement Mechanism Implied by the Kinetic and Structural Analysis of Human Pancreatic alpha-Amylase in Complex with Analogues and Their Elongated Counterparts 提交 2004-09-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2-methylpentane-2,4-diol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.199
1XD1 Acarbose Rearrangement Mechanism Implied by the Kinetic and Structural Analysis of Human Pancreatic alpha-Amylase in Complex with Analogues and Their Elongated Counterparts 提交 2004-09-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6SA ACARBOSE DERIVED HEXASACCHARIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2-methylpentane-2,4-diol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.203
1XGZ Structure of the N298S variant of human pancreatic alpha-amylase 提交 2004-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MPD, cacodylate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.200
1XH0 Structure of the N298S variant of human pancreatic alpha-amylase complexed with acarbose 提交 2004-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 AAO ACARBOSE DERIVED HEXASACCHARIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MPD, cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
1XH1 Structure of the N298S variant of human pancreatic alpha-amylase complexed with chloride 提交 2004-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MPD, cacodylate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.207
1XH2 Structure of the N298S variant of human pancreatic alpha-amylase complexed with chloride and acarbose 提交 2004-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MPD, cacodylate , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.214
2CPU SUBSITE MAPPING OF THE ACTIVE SITE OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE USING SUBSTRATES, THE PHARMACOLOGICAL INHIBITOR ACARBOSE, AND AN ACTIVE SITE VARIANT 提交 1999-06-08	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：D300N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å
2QMK Human pancreatic alpha-amylase complexed with nitrite 提交 2007-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 NO2 NITRITE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
2QV4 Human pancreatic alpha-amylase complexed with nitrite and acarbose 提交 2007-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 NO2 NITRITE ION × 1 QV4 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5R,6S)-4-{[alpha-D-glucopyranosyl-(1->4)-alpha-D-glucopyranosyl-(1->4)-alpha-D-glucopyranosyl]oxy}-5,6-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.97 Å R-free 0.224
3BAI Human Pancreatic Alpha Amylase with Bound Nitrate 提交 2007-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NO3 NITRATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
3BAJ Human Pancreatic Alpha-Amylase in Complex with Nitrate and Acarbose 提交 2007-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1 NO3 NITRATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
3BAK N298S mutant of Human Pancreatic Alpha-Amylase in complex with nitrate 提交 2007-11-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.90 Å R-free 0.206
3BAW Human pancreatic alpha-amylase complexed with azide 提交 2007-11-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 AZI AZIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
3BAX N298S Variant of Human Pancreatic Alpha-Amylase in Complex with Azide 提交 2007-11-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 AZI AZIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methylpentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.90 Å R-free 0.190
3BAY N298S Variant of Human Pancreatic Alpha-Amylase in Complex with Nitrate and Acarbose 提交 2007-11-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：N298S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% 2-methypentane-2,4-diol, 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.99 Å R-free 0.223
3CPU SUBSITE MAPPING OF THE ACTIVE SITE OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE USING SUBSTRATES, THE PHARMACOLOGICAL INHIBITOR ACARBOSE, AND AN ACTIVE SITE VARIANT 提交 1999-06-08	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：D300N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å
3IJ7 Directed 'in situ' Elongation as a Strategy to Characterize the Covalent Glycosyl-Enzyme Catalytic Intermediate of Human Pancreatic a-Amylase 提交 2009-08-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：Human Pancreatic alpha-amylase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；60% 2-methylpentane-2, 4-diol and 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
3IJ8 Directed 'in situ' Elongation as a Strategy to Characterize the Covalent Glycosyl-Enzyme Catalytic Intermediate of Human Pancreatic a-Amylase 提交 2009-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：human pancreatic alpha-amylase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B0D (2R,3S,4R,5R,6R)-2,6-difluoro-2-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol × 3 B9D 5-fluoro-alpha-L-idopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；60% 2-methylpentane-2, 4-diol and 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.43 Å R-free 0.213
3IJ9 Directed 'in situ' Elongation as a Strategy to Characterize the Covalent Glycosyl-Enzyme Catalytic Intermediate of Human Pancreatic a-Amylase 提交 2009-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：human pancreatic alpha-amylase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B0D (2R,3S,4R,5R,6R)-2,6-difluoro-2-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol × 2 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；60% 2-methylpentane-2, 4-diol and 100 mM cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
3OLD Crystal structure of alpha-amylase in complex with acarviostatin I03 提交 2010-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACI 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL × 1 PCA PYROGLUTAMIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；60% 2-methylpentan-2,4 diol, 100mM cacodylate pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.194
3OLE Structures of human pancreatic alpha-amylase in complex with acarviostatin II03 提交 2010-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACI 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL × 2 PCA PYROGLUTAMIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；60% 2-methylpentan-2,4 diol, 100mM cacodylate pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.178
3OLG Structures of human pancreatic alpha-amylase in complex with acarviostatin III03 提交 2010-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 HSD (1S,2S,3R,6R)-6-amino-4-(hydroxymethyl)cyclohex-4-ene-1,2,3-triol × 2 PCA PYROGLUTAMIC ACID × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；60% 2-methylpentan-2,4 diol, 100mM cacodylate pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.216
3OLI Structures of human pancreatic alpha-amylase in complex with acarviostatin IV03 提交 2010-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 HSD (1S,2S,3R,6R)-6-amino-4-(hydroxymethyl)cyclohex-4-ene-1,2,3-triol × 2 PCA PYROGLUTAMIC ACID × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；60% 2-methylpentan-2,4 diol, 100mM cacodylate pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.177
4GQQ Human pancreatic alpha-amylase with bound ethyl caffeate 提交 2012-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0XR ethyl (2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoate × 3 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；100 mM sodium cacodylate, 60% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.35 Å R-free 0.227
4GQR Human Pancreatic alpha-amylase in complex with myricetin 提交 2012-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MYC 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；60% MPD, 100 mM sodium cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.20 Å R-free 0.198
4W93 Human pancreatic alpha-amylase in complex with montbretin A 提交 2014-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 3L9 Montbretin A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；58% MPD, 100 mM sodium cacodylate	分辨率 1.35 Å R-free 0.211
4X9Y Wild-Type Human Pancreatic Alpha-Amylase at True Atomic Resolution (1.07 A) 提交 2014-12-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；58% MPD, 100 mM sodium cacodylate, Quercitrin was added to saturating conditions into the crystal droplet.	分辨率 1.07 Å R-free 0.132
5E0F Human pancreatic alpha-amylase in complex with mini-montbretin A 提交 2015-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5J7 5,7-dihydroxy-4-oxo-2-(3,4,5-trihydroxyphenyl)-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-2-O-{6-O-[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]-beta-D-glucopyranosyl}-alpha-L-mannopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM sodium cacodylate, 58% MPD	分辨率 1.40 Å R-free 0.181
5EMY Human Pancreatic Alpha-Amylase in complex with the mechanism based inactivator glucosyl epi-cyclophellitol 提交 2015-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5QP (1R,2R,3S,5R,6S)-2,3,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)cyclohexyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM sodium cacodylate, 58% MPD, obtained crystals were soaked in 100mM glucosyl epi-cyclophellitol solution and incubated for up to two weeks to allow complex formation.	分辨率 1.23 Å R-free 0.142
5KEZ Selective and potent inhibition of the glycosidase human amylase by the short and extremely compact peptide piHA from mRNA display 提交 2016-06-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；53%-57% MPD, 0.1 M Na Cacodylate, pH 7.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.208
5TD4 Starch binding sites on the Human pancreatic alpha amylase D300N variant complexed with an octaose substrate. 提交 2016-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	突变：D300N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；MPD 50-58%, 0.1M sodium cacodylate. After crystal reached full size they were soaked in 200mM octaose for 24h prior to data collection, and then infused with a further aliquot of octaose just before freezing the complexed crystal in liquid nitrogen for use in X-ray diffraction analyses.	分辨率 2.30 Å R-free 0.189
5U3A Ultra High Resolution Crystal Structure of Human Pancreatic Alpha Amylase 提交 2016-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；MPD 57%, 0.1 M sodium cacodylate	分辨率 0.95 Å R-free 0.120
6OBX Montbretin A analogue M10-MbA in complex with Human pancreatic alpha-amylase 提交 2019-03-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ZXU N-(3-{[2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-1-benzopyran-3-yl]oxy}propyl)-Nalpha-[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl )prop-2-enoyl]-L-tyrosinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM sodium cacodylate, 52-58% MPD	分辨率 1.30 Å R-free 0.123
6OCN Montbretin A analogue M06-MbA in complex with Human pancreatic alpha-amylase 提交 2019-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZXY N-(3-{[2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-1-benzopyran-3-yl]oxy}propyl)-1-[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]-L-prolinamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM sodium cacodylate, 52-58% MPD	分辨率 1.15 Å R-free 0.117
6Z8L Alpha-Amylase in complex with probe fragments 提交 2020-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；60 % MPD	分辨率 1.40 Å R-free 0.154

共 50 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–496； UniProt 16–511 作者链 B； PDB构建体 1–496； UniProt 16–511

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5va9
沉积日期 deposition_date	2017-03-24
结构标题 title	Human pancreatic alpha amylase in complex with peptide inhibitor piHA-L5(d10Y)
关键词 keywords	amylase, diabetes, obesity, glucosyl hydrolase, peptide inhibitor complex, hydrolase-hydrolase inhibitor complex; hydrolase/hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.55 Å
零角强度 I(0) i0	220819000.00
分子量 molecular_weight	116240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143740 Å³
包络体积 envelope_volume	166590 Å³
水化壳体积 shell_volume	43040 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.54 Å
包络 Rg envelope_rg	31.36 Å
形状 Rg shape_rg	31.51 Å
总 Rg total_rg	32.26 Å
总原子数 total_atoms	8206
残基数 n_residues	1026
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	220800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9088
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.216
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.636
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pancreatic alpha-amylase
分子量 formula_weight	55931.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8417

QYSPNTQQGRTSIVHLFEWRWVDIALECERYLAPKGFGGVQVSPPNENVAIYNPFRPWWERYQPVSYKLCTRSGNEDEFRNMVTRCNNVGVRIYVDAVINHMCGNAVSAGTSSTCGSYFNPGSRDFPAVPYSGWDFNDGKCKTGSGDIENYNDATQVRDCRLTGLLDLALEKDYVRSKIAEYMNHLIDIGVAGFRLDASKHMWPGDIKAILDKLHNLNSNWFPAGSKPFIYQEVIDLGGEPIKSSDYFGNGRVTEFKYGAKLGTVIRKWNGEKMSYLKNWGEGWGFVPSDRALVFVDNHDNQRGHGAGGASILTFWDARLYKMAVGFMLAHPYGFTRVMSSYRWPRQFQNGNDVNDWVGPPNNNGVIKEVTINPDTTCGNDWVCEHRWRQIRNMVIFRNVVDGQPFTNWYDNGSNQVAFGRGNRGFIVFNNDDWSFSLTLQTGLPAGTYCDVISGDKINGNCTGIKIYVSDDGKAHFSISNSAEDPFIAIHAESKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide Inhibitor piHA-L5(d10Y)
分子量 formula_weight	2161.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XYGHSHIRFGYSYHVSYCGX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5va9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	5va9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	5va9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	5va9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	169.920 Å
晶胞边长 b length_b	169.920 Å
晶胞边长 c length_c	79.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	19.595 Å
R 因子 r_factor	0.1976
R_work r_work	0.1958
R_free r_free	0.2297

fit	/app/data/saxs_computation/va/5va9/5va9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/va/5va9/5va9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/va/5va9/5va9.dat

Human pancreatic alpha amylase in complex with peptide inhibitor piHA-L5(d10Y)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pancreatic alpha-amylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)