5vc7

VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VCP-like ATPase

Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 183–745 链 C； UniProt 183–745 链 D； UniProt 183–745 链 E； UniProt 183–745 链 F； UniProt 183–745 链 G； UniProt 183–745	片段：UNP residues 183-745	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VC7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CZ4 NMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA) 提交 1999-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN: M1 TO E183 FOLLOWED BY A DIGLYCINE SPACER	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.4 MM VAT-NU-15N,13C; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 1.2 MM VAT-N U-15N; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1CZ5 NMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA) 提交 1999-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN: M1 TO E183 FOLLOWED BY A DIGLYCINE SPACER	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.4 MM VAT-N U-15N,13C; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 1.2 MM VAT-N U-15N; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
5G4F Structure of the ADP-bound VAT complex 提交 2016-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）链 B 1–726（726 aa）链 C 1–726（726 aa）链 D 1–726（726 aa）链 E 1–726（726 aa）链 P 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ADP；pH 7.5；50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ADP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING, DETAILS- SAMPLE HELD AT 4 DEGREES CELSIUS BEFORE FREEZING	分辨率 7.00 Å
5G4G Structure of the ATPgS-bound VAT complex 提交 2016-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 6–726（721 aa）链 B 6–726（721 aa）链 C 6–726（721 aa）链 D 6–726（721 aa）链 E 6–726（721 aa）链 F 6–726（721 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ATPGS；pH 7.5；50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ATPGS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.80 Å
5VCA VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT)-Substrate bound conformation 提交 2017-03-31	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 183–745（563 aa）片段：UNP residues 183-745 链 N 183–745（563 aa）片段：UNP residues 183-745 链 O 183–745（563 aa）片段：UNP residues 183-745 链 P 183–745（563 aa）片段：UNP residues 183-745 链 Q 183–745（563 aa）片段：UNP residues 183-745 链 R 183–745（563 aa）片段：UNP residues 183-745	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot for 4 seconds before plunging	分辨率 4.80 Å
7DBO DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum 提交 2020-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–91（91 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.264
7DBO DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum 提交 2020-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–91（91 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.264

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAT_THEAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–564； UniProt 183–745 作者链 C； PDB构建体 2–564； UniProt 183–745 作者链 D； PDB构建体 2–564； UniProt 183–745 作者链 E； PDB构建体 2–564； UniProt 183–745 作者链 F； PDB构建体 2–564； UniProt 183–745 作者链 G； PDB构建体 2–564； UniProt 183–745

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vc7
沉积日期 deposition_date	2017-03-31
结构标题 title	VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1
关键词 keywords	AAA+, ATPase, unfoldase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.14 Å
零角强度 I(0) i0	1587700000.00
分子量 molecular_weight	330660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	413810 Å³
包络体积 envelope_volume	601610 Å³
水化壳体积 shell_volume	104700 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.8 Å
壳层 Rg shell_rg	55.04 Å
包络 Rg envelope_rg	43.88 Å
形状 Rg shape_rg	45.18 Å
总 Rg total_rg	45.38 Å
总原子数 total_atoms	23442
残基数 n_residues	3264
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1588000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.012
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	277600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.861

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VCP-like ATPase
分子量 formula_weight	62996.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	23442

MEVSRISYEDIGGLSEQLGKIREMIELPLKHPELFERLGITPPKGVILYGPPGTGKTLIARAVANESGANFLSINGPEIMSKYYGQSEQKLREIFSKAEETAPSIIFIDEIDSIAPKREEVQGEVERRVVAQLLTLMDGMKERGHVIVIGATNRIDAIDPALRRPGRFDREIEIGVPDRNGRKEILMIHTRNMPLGMSEEEKNKFLEEMADYTYGFVGADLAALVRESAMNALRRYLPEIDLDKPIPTEILEKMVVTEDDFKNALKSIEPSSLREVMVEVPNVHWDDIGGLEDVKREIKETVELPLLKPDVFKRLGIRPSKGFLLYGPPGVGKTLLAKAVATESNANFISIKGPEVLSKWVGESEKAIREIFKKAKQVAPAIVFLDEIDSIAPRRGTTSDSGVTERIVNQLLTSLDGIEVMNGVVVIGATNRPDIMDPALLRAGRFDKLIYIPPPDKEARLSILKVHTKNMPLAPDVDLNDIAQRTEGYVGADLENLCREAGMNAYRENPDATSVSQKNFLDALKTIRPSVDEEVIKFYRTLSETMSKSVSERRKQLQDQGLYL

来源 Source

来源生物 organism	Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273075
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	5vc7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7C04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7D04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7E03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7E04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7F03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7F04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5vc7G03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5vc7G04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	75205

fit	/app/data/saxs_computation/vc/5vc7/5vc7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vc/5vc7/5vc7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vc/5vc7/5vc7.dat