SAXSdb — 5vc8

Histone-lysine N-methyltransferase NSD2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 211–350 链 B； UniProt 211–350	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	dodeca-2-deoxy-nucleotide, poorly resolved by electron density × 3 ;DNA (5'-D(PCPTP(DN))-3') ; × 1 UNX* UNKNOWN LIGAND × 39	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1M sodium iodide,0.1M magnesium nitrate, 25%PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VC8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
29HG Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10088 提交 2026-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1365（1365 aa）	未记录	A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–1365（1365 aa）	未记录	A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
29HI Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667 提交 2026-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1365（1365 aa）	未记录	A1J21 4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
5LSU Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 973–1203（231 aa）	突变：Q975L,A978L,D1071L,G1072Q,K1073R	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.0%w/v PEG 3350, 0.1M NH4Cl	分辨率 2.14 Å R-free 0.238
5LSU Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 973–1203（231 aa）	突变：Q975L,A978L,D1071L,G1072Q,K1073R	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.0%w/v PEG 3350, 0.1M NH4Cl	分辨率 2.14 Å R-free 0.238
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
6XCG Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound UNC6934 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 1.64 Å R-free 0.222
6XCG Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound UNC6934 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 1.64 Å R-free 0.222
6XCG Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound UNC6934 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 1.64 Å R-free 0.222
7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 I 661–1365（705 aa）	突变：E1099K, T1150A	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane	分辨率 3.75 Å
7E8D NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome 提交 2021-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 973–1226（254 aa）	突变：E1099K	ZN ZINC ION × 3 SFG SINEFUNGIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7LMT Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound MRT10241866a 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 B 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 C 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 D 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 E 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 F 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 G 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 H 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Y6V ~{N}-cyclopropyl-3-oxidanylidene-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.27 Å R-free 0.260
7MDN Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound MRT10241866a 提交 2021-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 B 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 C 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 D 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 E 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 F 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 G 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350 链 H 211–350（140 aa）片段：UNP residues 211-350	未记录	Y6V ~{N}-cyclopropyl-3-oxidanylidene-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 217–348（132 aa）片段：PWWP1 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 3.09 Å R-free 0.345
7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 217–348（132 aa）片段：PWWP1 domain	未记录	7QC 4-[5-[4-(aminomethyl)-2,6-dimethoxy-phenyl]-3-methyl-imidazol-4-yl]benzenecarbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 3.09 Å R-free 0.345
7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 217–348（132 aa）片段：PWWP1 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 3.09 Å R-free 0.345
9CVD SET Domain of Histone-Lysine N-Methyltransferase NSD2 in Complex with Selective Inhibitor 提交 2024-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 984–1203（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 A1A0M 9-{[(2M)-5-[(3R)-3-amino-3-(pyridin-2-yl)piperidin-1-yl]-2-(3,4-difluorophenyl)pyridin-4-yl]methyl}-9H-purin-6-amine × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 200 uM [U-2H; U-13C; U-15N; CH3 ILV] NSD2 SET domain, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM 17596, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 200 uM [U-13C; U-15N] NSD2 SET domain, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM 17596, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
9EXW Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 17. 提交 2024-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 208–368（161 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1H7X 7-[3-methyl-5-[2-methyl-5-[(pyridin-3-ylamino)methyl]phenyl]imidazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % ethanol.	分辨率 2.43 Å R-free 0.284
9EXW Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 17. 提交 2024-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 208–368（161 aa）	未记录	A1H7X 7-[3-methyl-5-[2-methyl-5-[(pyridin-3-ylamino)methyl]phenyl]imidazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % ethanol.	分辨率 2.43 Å R-free 0.284
9EXX Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 18. 提交 2024-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 208–368（161 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 EOH ETHANOL × 1 A1H7Y 4-methyl-3-[1-methyl-5-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-7-yl)imidazol-4-yl]-~{N}-phenyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % ethanol	分辨率 1.94 Å R-free 0.265
9EXX Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 18. 提交 2024-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 208–368（161 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 EOH ETHANOL × 2 A1H7Y 4-methyl-3-[1-methyl-5-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-7-yl)imidazol-4-yl]-~{N}-phenyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % ethanol	分辨率 1.94 Å R-free 0.265
9EXY Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 34. 提交 2024-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 208–368（161 aa）	突变：K256A, K257A, K304A, K312A	A1H7Z 7-[5-methyl-3-[2-methyl-5-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-1,2-oxazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition G9	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
9EXY Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 34. 提交 2024-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 208–368（161 aa）	突变：K256A, K257A, K304A, K312A	A1H7Z 7-[5-methyl-3-[2-methyl-5-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-1,2-oxazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition G9	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
9FOC Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 11. 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 208–368（161 aa）	未记录	A1IFS (2S)-1-[4-[[(3R)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 A1IEG (2S)-1-[4-[[(3S)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus, G1. Molecular Dimensions catalogue no.: MD1-47.	分辨率 1.62 Å R-free 0.255
9FOC Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 11. 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 208–368（161 aa）	未记录	A1IFS (2S)-1-[4-[[(3R)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 A1IEG (2S)-1-[4-[[(3S)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus, G1. Molecular Dimensions catalogue no.: MD1-47.	分辨率 1.62 Å R-free 0.255
9FOE Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 7. 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 208–368（161 aa）	突变：K256A, K257A, K304A, K312A, D351A, E285A, E291A	A1IEF 1-[[(2~{S})-1-[4-[ethyl(pyridin-4-ylmethyl)amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]pyrrolidin-2-yl]methyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.5 M sodium formate	分辨率 1.96 Å R-free 0.235
9GBF X-RAY structure of PHDvC5HCH tandem domain of NSD2 提交 2024-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1229–1331（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；28% PEG Smear Medium, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.05M magnesium sulfate	分辨率 1.76 Å R-free 0.228
9GBF X-RAY structure of PHDvC5HCH tandem domain of NSD2 提交 2024-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1229–1331（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；28% PEG Smear Medium, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.05M magnesium sulfate	分辨率 1.76 Å R-free 0.228
9KN9 NSD2-PWWP1 domain bound with compound 1. 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–349（133 aa）链 B 217–349（133 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 A1EF6 (Z)-N-methyl-3-sulfanyl-prop-2-enamide × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7.0), and 40% (v/v) tert-butanol	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
9KNA NSD2-PWWP1 domain bound with compound 6 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–348（132 aa）链 B 217–348（132 aa）	未记录	6Y3 ~{N}-(4-aminophenyl)-2-selanyl-benzamide × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5), and 20% (m/v) PEG3350	分辨率 2.92 Å R-free 0.289
9KNB NSD2-PWWP1 domain bound with compound 9 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 217–349（133 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 A1EF7 N-(2-methoxyphenyl)-2-selanyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M sodium formate and 20% (m/v) PEG3350	分辨率 1.84 Å R-free 0.275

共 21 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–141； UniProt 211–350 作者链 B； PDB构建体 2–141； UniProt 211–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

条目编号 entry_id	5vc8
沉积日期 deposition_date	2017-03-31
结构标题 title	Crystal structure of the WHSC1 PWWP1 domain
关键词 keywords	PWWP domain, Structural Genomics Consortium, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

晶胞边长 a length_a	82.990 Å
晶胞边长 b length_b	82.990 Å
晶胞边长 c length_c	115.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	37.110 Å
R 因子 r_factor	0.2009
R_work r_work	0.1999
R_free r_free	0.2286

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase NSD2
分子量 formula_weight	16207.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Crystal structure of the WHSC1 PWWP1 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase NSD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (0)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2860

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W,X,Y

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTP*(DN))-3') ;
分子量 formula_weight	728.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106