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5vd1

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH PHA-848125

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

Homo sapiens

UniProt Q99640

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 75–362 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 P48 N,1,4,4-TETRAMETHYL-8-{[4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PHENYL]AMINO}-4,5-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[4,3-H]QUINAZOLINE-3-CARBOXAMIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM PHA-848125 分辨率 1.70 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VD1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
13LV Structure of PKMYT1 bound to allosteric inhibitor P29-(S) 提交 2026-05-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.22 Å R-free 0.269
13LW Structure of PKMYT1 bound to inhibitor P32-(S) 提交 2026-05-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.247
13LX Structure of PKMYT1 bound to inhibitor P32-(R) 提交 2026-05-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.280
23ES Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 11 提交 2026-02-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–361（286 aa）
未记录 A1E5A 3-azanyl-5-chloranyl-4-(7-fluoranyl-2H-indazol-4-yl)-7-methyl-1H-1,6-naphthyridin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 1.74 Å R-free 0.240
23ES Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 11 提交 2026-02-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–361（286 aa）
未记录 A1E5A 3-azanyl-5-chloranyl-4-(7-fluoranyl-2H-indazol-4-yl)-7-methyl-1H-1,6-naphthyridin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 1.74 Å R-free 0.240
23FW Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 16 提交 2026-02-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–361（286 aa）
未记录 A1E5J 9-azanyl-10-(7-fluoranyl-1H-indazol-4-yl)-6-methyl-2,3,4,7-tetrahydropyrano[2,3-f][1,7]naphthyridin-8-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 1.59 Å R-free 0.195
23FW Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 16 提交 2026-02-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–361（286 aa）
未记录 A1E5J 9-azanyl-10-(7-fluoranyl-1H-indazol-4-yl)-6-methyl-2,3,4,7-tetrahydropyrano[2,3-f][1,7]naphthyridin-8-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 1.59 Å R-free 0.195
3P1A Structure of human Membrane-associated Tyrosine- and Threonine-specific cdc2-inhibitory kinase MYT1 (PKMYT1) 提交 2010-09-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：kinase domain, UNP residue 75-362
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；20% PEG 3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 6.5, 10% Ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.70 Å R-free 0.195
5VCV CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Dasatinib 提交 2017-04-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000, 1 mM Dasatinib
分辨率 1.92 Å R-free 0.197
5VCW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Pelitinib 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 93J (2E)-N-{4-[(3-chloro-4-fluorophenyl)amino]-3-cyano-7-ethoxyquinolin-6-yl}-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.05 M MES pH 6.5, 0.8 M Magnesium sulfate, 2 mM Pelitinib
分辨率 2.25 Å R-free 0.246
5VCW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Pelitinib 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 93J (2E)-N-{4-[(3-chloro-4-fluorophenyl)amino]-3-cyano-7-ethoxyquinolin-6-yl}-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.05 M MES pH 6.5, 0.8 M Magnesium sulfate, 2 mM Pelitinib
分辨率 2.25 Å R-free 0.246
5VCX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN (UNTREATED) IN COMPLEX WITH SARACATINIB 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 H8H N-(5-CHLORO-1,3-BENZODIOXOL-4-YL)-7-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)ETHOXY]-5-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLOXY)QUINAZOLIN-4-AMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000, 1 mM SARACATINIB
分辨率 2.70 Å R-free 0.244
5VCY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH BOSUTINIB 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM BOSUTINIB
分辨率 1.56 Å R-free 0.178
5VCZ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Bosutinib isomer 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 XZN 4-[(3,5-DICHLORO-4-METHOXYPHENYL)AMINO]-6-METHOXY-7-[3-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PROPOXY]QUINOLINE-3-CARBONITRILE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM osutinib isomer
分辨率 1.50 Å R-free 0.181
5VD0 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH MK1775 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 8X7 1-[6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM MK1775
分辨率 2.13 Å R-free 0.231
5VD3 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN (de-phosphorylated) IN COMPLEX WITH SARACATINIB 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 H8H N-(5-CHLORO-1,3-BENZODIOXOL-4-YL)-7-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)ETHOXY]-5-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLOXY)QUINAZOLIN-4-AMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM SARACATINIB
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
8D6C Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 28 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 QGR (1P)-2-amino-6-bromo-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]quinoxaline-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6 % PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
8D6C Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 28 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 QGR (1P)-2-amino-6-bromo-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]quinoxaline-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6 % PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
8D6D Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 39 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 QGY (1P)-2-amino-5-bromo-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]quinoxaline-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.35 Å R-free 0.272
8D6D Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 39 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 QGY (1P)-2-amino-5-bromo-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]quinoxaline-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.35 Å R-free 0.272
8D6E Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with RP-6306 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 QGI (1P)-2-amino-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-5,6-dimethyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.15 Å R-free 0.218
8D6E Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with RP-6306 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 QGI (1P)-2-amino-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-5,6-dimethyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.15 Å R-free 0.218
8D6F Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with Eph receptor inhibitor / compound 41 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 QG5 (1M)-2-amino-1-(5-hydroxy-2-methylphenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]quinoxaline-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.49 Å R-free 0.239
8D6F Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with Eph receptor inhibitor / compound 41 提交 2022-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa） 片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 QG5 (1M)-2-amino-1-(5-hydroxy-2-methylphenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]quinoxaline-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
分辨率 2.49 Å R-free 0.239
8WJY PKMYT1_Cocrystal_Cpd 4 提交 2023-09-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 W9X [6-azanyl-5-(2,6-dimethyl-3-oxidanyl-phenyl)-2,3-dimethyl-pyrrolo[2,3-b]pyrazin-7-yl]-(6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrazin-5-yl)methanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；SM5-E1+30%Gly
分辨率 1.88 Å R-free 0.217
8ZTX Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 6b 提交 2024-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 A1D83 2-azanyl-3-(2,6-dimethyl-3-oxidanyl-phenyl)-5-pyridin-4-yl-benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.8 M Ammonium sulfate,100 mM Sodium citrate,pH 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
8ZU2 Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 8g 提交 2024-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–361（287 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 A1D85 2-azanyl-5-[2-(1,4-diazepan-1-yl)pyridin-4-yl]-3-(2,6-dimethyl-3-oxidanyl-phenyl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.8 M Ammonium sulfate,100 mM Sodium citrate,pH 5.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
8ZUD Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 8f 提交 2024-06-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–361（287 aa）
未记录 A1D82 2-azanyl-3-(2,6-dimethyl-3-oxidanyl-phenyl)-5-(2-morpholin-4-ylpyridin-4-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.8 M Ammonium sulfate,100 mM Sodium citrate,pH 6.5
分辨率 1.51 Å R-free 0.238
8ZUL Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 8m 提交 2024-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–361（287 aa）
未记录 A1D84 2-azanyl-5-[2-[(3~{R})-3-azanylpyrrolidin-1-yl]pyridin-4-yl]-3-(2,6-dimethyl-3-oxidanyl-phenyl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.8 M Ammonium sulfate,100 mM Sodium citrate,pH 5.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.219
9LGL Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 6 提交 2025-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–361（287 aa）
未记录 A1EJW 3-azanyl-7-chloranyl-4-(2-methyl-5-oxidanyl-phenyl)-1H-1,5-naphthyridin-2-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.17 Å R-free 0.234
9LGL Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 6 提交 2025-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–361（287 aa）
未记录 A1EJW 3-azanyl-7-chloranyl-4-(2-methyl-5-oxidanyl-phenyl)-1H-1,5-naphthyridin-2-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.17 Å R-free 0.234
9LGN Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 40 提交 2025-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–361（285 aa）
未记录 A1EJU 3-azanyl-4-(7-fluoranyl-2H-indazol-4-yl)-8-methoxy-1H-1,5-naphthyridin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.241
9LGN Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 40 提交 2025-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 77–361（285 aa）
未记录 A1EJU 3-azanyl-4-(7-fluoranyl-2H-indazol-4-yl)-8-methoxy-1H-1,5-naphthyridin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.241
9LGV Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 11 提交 2025-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1EJV 3-azanyl-7-chloranyl-4-(7-fluoranyl-1H-indazol-4-yl)-1H-1,5-naphthyridin-2-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.04 Å R-free 0.234
9LGV Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 11 提交 2025-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 A1EJV 3-azanyl-7-chloranyl-4-(7-fluoranyl-1H-indazol-4-yl)-1H-1,5-naphthyridin-2-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.04 Å R-free 0.234
9LID Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 27 提交 2025-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–362（288 aa）
未记录 A1EJX 4-[7-azanyl-8-(7-fluoranyl-1H-indazol-4-yl)-6-oxidanylidene-5H-1,5-naphthyridin-3-yl]-N,N-dimethyl-benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.06 Å R-free 0.231
9LID Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 27 提交 2025-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–362（288 aa）
未记录 A1EJX 4-[7-azanyl-8-(7-fluoranyl-1H-indazol-4-yl)-6-oxidanylidene-5H-1,5-naphthyridin-3-yl]-N,N-dimethyl-benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000
分辨率 2.06 Å R-free 0.231
9M6P Discovery of a bifunctional PKMYT1-targeting PROTAC empowered by AI-generation 提交 2025-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 AAA 75–362（288 aa）
链 BBB 75–362（288 aa）
未记录 A1EMX 2,4-dimethyl-3-[2-(2-methylpyrimidin-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]phenol × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；SM5-E1+30%Gly
分辨率 2.38 Å R-free 0.290

共 27 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PMYT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 24–311； UniProt 75–362

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vd1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vd1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vd1
沉积日期 deposition_date2017-04-01
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH PHA-848125
关键词 keywords;KINASE DOMAIN, CELL CYCLE, TYROSINE- AND THREONINE-SPECIFIC KINASE, MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEIN KINASE, TRANSFERASE, INHIBITOR, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.41 Å
零角强度 I(0) i019334800.00
分子量 molecular_weight33031.0 kDa
排除体积 excluded_volume41265 ų
包络体积 envelope_volume49571 ų
水化壳体积 shell_volume20560 ų
包络直径 envelope_diameter70.2 Å
壳层 Rg shell_rg26.71 Å
包络 Rg envelope_rg20.72 Å
形状 Rg shape_rg20.41 Å
总 Rg total_rg21.26 Å
总原子数 total_atoms4626
残基数 n_residues295
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.7 Å
Rg (实空间) rg_real21.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19330000.0000
解质量估计 total_estimate0.6651
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.7 Å
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.278
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5357000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)