5vgv

Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Cu bound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.9 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–425	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG8000 6%, Calcium Acetate 0.1 M, Sodium Cacodylate 0.1 M	分辨率 2.60 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VGV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NYY Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody CR1 提交 2006-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1295（1295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；297 K；8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.61 Å R-free 0.246
2NZ9 Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody AR2 提交 2006-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1295（1295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.79 Å R-free 0.278
2NZ9 Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody AR2 提交 2006-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1295（1295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.79 Å R-free 0.278
2VU9 CRYSTAL STRUCTURE OF BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH GT1B 提交 2008-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）片段：BINDING DOMAIN, RESIDUES 876-1296	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；21% PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BISTRIS PH5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.186
2VUA Crystal Structure of the Botulinum Neurotoxin Serotype A binding domain 提交 2008-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）片段：BINDING DOMAIN, RESIDUES 876-1296	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；18% PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BISTRIS PH 5.2	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
3BTA CRYSTAL STRUCTURE OF BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A 提交 1998-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1295（1295 aa）片段：FULL LENGTH TOXIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.280
3FUO The Crystal structure of receptor binding domain of botulinum neurotoxin serotype A 提交 2009-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）片段：sequence database residues 871-1296	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；292 K；0.1 M Hepes pH 7.6, 12% PEG8K, 8% glycerol and 0.1 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.248
3ZUR Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–431（429 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865 链 A 454–865（412 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.	分辨率 2.71 Å R-free 0.266
3ZUR Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–431（429 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865 链 B 454–865（412 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.	分辨率 2.71 Å R-free 0.266
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 A 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 B 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 C 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 D 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
4EJ5 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A wild-type 提交 2012-04-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP residues 1-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8.3% monomethyl polyethylene glycol 2000, 0.17 M lithium sulfate, 6.25% 4,2 methyl pentane diol, 0.1 M imidazole malate, pH 6.0, cryoprotectant: 18% MPEG2K, 22% MPD, 10% DMSO, .050 M bicine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.87 Å R-free 0.208
4EL4 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S/C165S double mutant 提交 2012-04-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP residues 1-425	突变：C134S, C165S	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；reservoir: 29% MPEG2K, 0.04 M Li2SO4, 0.1 M imidazole-HCl pH 6.0, cryoprotectant: 18% MPEG2K, 22% MPD, 10% DMSO, 0.050 M bicine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.202
4ELC Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134 mutant with MTSEA modified Cys-165 提交 2012-04-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP residues 1-425	突变：C134S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 LI LITHIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
4HEV Clostridium Botulinum Serotype A Light Chain Inhibited By Adamantane Hydroxamate 提交 2012-10-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP Residues 1-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 AXM N-hydroxy-2-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10-12mg/ml enzyme in 50mM NaPO4, 2mM EDTA, pH 6.5; and 10-15% polyethylene glycol (PEG) 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3M K2HPO4, 0.1M D,L-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4HEV Clostridium Botulinum Serotype A Light Chain Inhibited By Adamantane Hydroxamate 提交 2012-10-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–425（425 aa）片段：UNP Residues 1-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 AXM N-hydroxy-2-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10-12mg/ml enzyme in 50mM NaPO4, 2mM EDTA, pH 6.5; and 10-15% polyethylene glycol (PEG) 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3M K2HPO4, 0.1M D,L-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4IQP Crystal Structure of HCRA-W1266A 提交 2013-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）	突变：W1266A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；292 K；0.1 M Hepes, 12% PEG3350, 100 mM NaCl, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4JRA CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C 提交 2013-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 871–1296（426 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
4JRA CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C 提交 2013-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
4ZJX Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with a Novel Cyclic Peptide Inhibitor 提交 2015-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, BIs-Tris and Lithium Sulfate	分辨率 1.94 Å R-free 0.229
5JLV Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C 提交 2016-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：T1158A	ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
5JLV Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C 提交 2016-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：T1158A	ACT ACETATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5MK6 Crystal structure of the receptor-binding domain of botulinum neurotoxin A1 (crystal form 1) 提交 2016-12-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；289.15 K；0.1 M MIB, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.45 Å R-free 0.221
5MK7 Crystal structure of the receptor-binding domain of botulinum neurotoxin A1 (crystal form 2) 提交 2016-12-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；289.15 K；0.1 M MIB, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
5TPB Binding domain of BoNT/A complexed with ganglioside variant 提交 2016-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
5TPB Binding domain of BoNT/A complexed with ganglioside variant 提交 2016-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 876–1296（421 aa）	未记录	SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
5TPC Binding domain of BoNT/A complexed with ganglioside 提交 2016-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
5V8P Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90G N-[3-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
5V8P Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90G N-[3-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
5V8R Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 90J N-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；Mix equal volumes of 10 mg/ml enzyme (20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl) with crystallization solution (10%-15% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.3 M (NH4)2HPO4, 50 mM Tris, pH 8.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
5V8R Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 90J N-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；Mix equal volumes of 10 mg/ml enzyme (20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl) with crystallization solution (10%-15% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.3 M (NH4)2HPO4, 50 mM Tris, pH 8.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
5V8U Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90M N-[3-(4-fluorophenyl)-4-methyl-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Mix equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
5V8U Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90M N-[3-(4-fluorophenyl)-4-methyl-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Mix equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
5VGX Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Hg bound 提交 2017-04-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG8000 8%, Calcium Acetate 0.2 M, Sodium Cacodylate 0.1 M	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
6DKK Structure of BoNT 提交 2018-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 547–871（325 aa）链 B 547–871（325 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；291 K；1.4 M sodium potassium phosphate and 0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.223

共 26 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXA1_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–441； UniProt 1–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vgv
沉积日期 deposition_date	2017-04-11
结构标题 title	Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Cu bound
关键词 keywords	botulinum, neurotoxin, metalloprotease, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.76 Å
零角强度 I(0) i0	36993000.00
分子量 molecular_weight	48352.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61034 Å³
包络体积 envelope_volume	71364 Å³
水化壳体积 shell_volume	26715 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.24 Å
包络 Rg envelope_rg	21.99 Å
形状 Rg shape_rg	21.74 Å
总 Rg total_rg	22.76 Å
总原子数 total_atoms	3417
残基数 n_residues	421
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.200
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.404
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7923000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type A
分子量 formula_weight	50602.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3433

HHHHHHSSGLVPRGSHMQFVNKQFNYKDPVNGVDIAYIKIPNVGQMQPVKAFKIHNKIWVIPERDTFTNPEEGDLNPPPEAKQVPVSYYDSTYLSTDNEKDNYLKGVTKLFERIYSTDLGRMLLTSIVRGIPFWGGSTIDTELKVIDTNCINVIQPDGSYRSEELNLVIIGPSADIIQFECKSFGHEVLNLTRNGYGSTQYIRFSPDFTFGFEESLEVDTNPLLGAGKFATDPAVTLAHELIHAGHRLYGIAINPNRVFKVNTNAYYEMSGLEVSFEELRTFGGHDAKFIDSLQENEFRLYYYNKFKDIASTLNKAKSIVGTTASLQYMKNVFKEKYLLSEDTSGKFSVDKLKFDKLYKMLTEIYTEDNFVKFFKVLNRKTYLNFDKAVFKINIVPKVNYTIYDGFNLRNTNLAANFNGQNTEINNMNFTKLKNFTGLFEF

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5vgva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.7 — Clostridium neurotoxins, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5vgvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.626 Å
晶胞边长 b length_b	66.599 Å
晶胞边长 c length_c	65.548 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	31.965 Å
R 因子 r_factor	0.2055
R_work r_work	0.2002
R_free r_free	0.2518

fit	/app/data/saxs_computation/vg/5vgv/5vgv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vg/5vgv/5vgv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vg/5vgv/5vgv.dat