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5vkf

RHCC in complex with Naphthalene

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tetrabrachion

Staphylothermus marinus

UniProt Q54436

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1238–1287 链 B； UniProt 1238–1287 链 C； UniProt 1238–1287 链 D； UniProt 1238–1287 片段：UNP residues 1238-1287 SO4 SULFATE ION × 3 NPY NAPHTHALENE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5 分辨率 2.75 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VKF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FE6 CRYSTAL STRUCTURE OF A NATURALLY OCCURING PARALLEL RIGHT-HANDED COILED-COIL TETRAMER 提交 2000-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1238–1286（49 aa） 片段：RIGHT HANDED COILED COIL
链 B 1238–1286（49 aa） 片段：RIGHT HANDED COILED COIL
链 C 1238–1286（49 aa） 片段：RIGHT HANDED COILED COIL
链 D 1238–1286（49 aa） 片段：RIGHT HANDED COILED COIL
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.216
1YBK RHCC cocrystallized with CAPB 提交 2004-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1238–1287（50 aa）
链 B 1238–1287（50 aa）
链 C 1238–1287（50 aa）
链 D 1238–1287（50 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 BEQ N-(CARBOXYMETHYL)-N,N-DIMETHYL-3-[(1-OXODODECYL)AMINO]-1-PROPANAMINIUM INNER SALT × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；273 K；ammonium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 1.45 Å R-free 0.226
5JR5 RHCC in Complex with Elemental Sulfur 提交 2016-05-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 B 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 C 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 D 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
未记录 PS9 octathiocane × 2 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.6M ammonium sulfate and 100 mM Tris pH 8.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.207
5VH0 RHCC in complex with pyrene 提交 2017-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 B 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
未记录 8P0 pyrene × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25% PEG 3350,0.1M Bis-Tris pH 5.5, 200mM NaCl
分辨率 2.06 Å R-free 0.259
5VH0 RHCC in complex with pyrene 提交 2017-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 D 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
未记录 8P0 pyrene × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25% PEG 3350,0.1M Bis-Tris pH 5.5, 200mM NaCl
分辨率 2.06 Å R-free 0.259
6CRD INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE SUBTYPE N9 (TERN) with tetrabrachion (TB) domain stalk 提交 2018-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1251–1285（35 aa）
链 B 1251–1285（35 aa）
链 E 1251–1285（35 aa）
链 H 1251–1285（35 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES buffer at pH7.0 with 10% PEG6000
分辨率 2.57 Å R-free 0.306
6CRD INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE SUBTYPE N9 (TERN) with tetrabrachion (TB) domain stalk 提交 2018-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1251–1285（35 aa）
链 D 1251–1285（35 aa）
链 F 1251–1285（35 aa）
链 G 1251–1285（35 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES buffer at pH7.0 with 10% PEG6000
分辨率 2.57 Å R-free 0.306
7R6H RHCC in complex with o-carborane 提交 2021-06-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 B 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 C 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
链 D 1238–1287（50 aa） 片段：UNP residues 1238-1287
未记录 1KW ortho-carborane × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M ammonium acetate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate, 10% v/v 2-propanol, 0.015 M magnesium acetate tetrahydrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.266

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q54436_STAMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–52； UniProt 1238–1287 作者链 B； PDB构建体 3–52； UniProt 1238–1287 作者链 C； PDB构建体 3–52； UniProt 1238–1287 作者链 D； PDB构建体 3–52； UniProt 1238–1287

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vkf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vkf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vkf
沉积日期 deposition_date2017-04-21
结构标题 titleRHCC in complex with Naphthalene
关键词 keywordsnanotube, Polycyclic aromatic hydrocarbons, passive sample device, surface layer, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.93 Å
零角强度 I(0) i010222700.00
分子量 molecular_weight24035.0 kDa
排除体积 excluded_volume30238 ų
包络体积 envelope_volume35844 ų
水化壳体积 shell_volume15179 ų
包络直径 envelope_diameter85.1 Å
壳层 Rg shell_rg27.05 Å
包络 Rg envelope_rg23.70 Å
形状 Rg shape_rg22.90 Å
总 Rg total_rg23.60 Å
总原子数 total_atoms3415
残基数 n_residues208
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.3 Å
Rg (实空间) rg_real23.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10220000.0000
解质量估计 total_estimate0.6391
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.8 Å
偏度 Skewness skewness0.692
峰度 Kurtosis kurtosis-0.145
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8553000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.304; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.396; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd5vkfa1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.19 — Tetrabrachion
家族 Family familyh.1.19.1 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_idd5vkfa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5vkfb1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.19 — Tetrabrachion
家族 Family familyh.1.19.1 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_idd5vkfb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5vkfc1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.19 — Tetrabrachion
家族 Family familyh.1.19.1 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_idd5vkfc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5vkfd1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.19 — Tetrabrachion
家族 Family familyh.1.19.1 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_idd5vkfd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5vkfA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1060 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_id5vkfB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1060 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_id5vkfC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1060 — Tetrabrachion
结构域编号 domain_id5vkfD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1060 — Tetrabrachion
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)