5vmm

Staphylococcus aureus IsdB bound to human hemoglobin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha

物种未注明

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–142 链 C; UniProt 2–142 未记录 Hemoglobin subunit beta × 2 (P68871) Iron-regulated cell wall-anchored protein × 2 (A0A1K8PKR3) Iron-regulated cell wall-anchored protein × 2 (A0A1K8PKR3) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;298 K;0.1 M malonic acid pH 5.5, 2.2 M ammonium sulfate 分辨率 3.60 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142 作者链 C; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142

Hemoglobin subunit beta

物种未注明

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–147 链 D; UniProt 2–147 未记录 Hemoglobin subunit alpha × 2 (P69905) Iron-regulated cell wall-anchored protein × 2 (A0A1K8PKR3) Iron-regulated cell wall-anchored protein × 2 (A0A1K8PKR3) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;298 K;0.1 M malonic acid pH 5.5, 2.2 M ammonium sulfate 分辨率 3.60 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、399 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147 作者链 D; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147

Iron-regulated cell wall-anchored protein

Staphylococcus aureus

UniProt A0A1K8PKR3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 125–458 链 F; UniProt 125–458 链 H; UniProt 125–264 链 J; UniProt 125–264 片段:UNP residues 125-458 片段:UNP residues 125-264 Hemoglobin subunit alpha × 2 (P69905) Hemoglobin subunit beta × 2 (P68871) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;298 K;0.1 M malonic acid pH 5.5, 2.2 M ammonium sulfate 分辨率 3.60 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1K8PKR3_STAAU
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 3–336; UniProt 125–458 作者链 F; PDB构建体 3–336; UniProt 125–458 作者链 H; PDB构建体 3–142; UniProt 125–264 作者链 J; PDB构建体 3–142; UniProt 125–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vmm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vmm
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vmm
沉积日期 deposition_date2017-04-27
结构标题 titleStaphylococcus aureus IsdB bound to human hemoglobin
关键词 keywordsheme transfer, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.62
零角强度 I(0) i0403040000.00
分子量 molecular_weight167440.0 kDa
排除体积 excluded_volume211160 ų
包络体积 envelope_volume289750 ų
水化壳体积 shell_volume62260 ų
包络直径 envelope_diameter130.6
壳层 Rg shell_rg44.73
包络 Rg envelope_rg38.46
形状 Rg shape_rg38.59
总 Rg total_rg39.10
总原子数 total_atoms11827
残基数 n_residues1470
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.0
Rg (实空间) rg_real39.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real4.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal403100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8905
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.7
偏度 Skewness skewness0.176
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59610000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.843

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5vmmA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5vmmB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5vmmC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5vmmD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id5vmmE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850
结构域编号 domain_id5vmmE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850
结构域编号 domain_id5vmmH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850
结构域编号 domain_id5vmmJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)