5vob

Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Human cytomegalovirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein L × 1 （Q68674） Envelope glycoprotein UL128 × 1 （P16837） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （F5HCP3） Envelope glycoprotein UL131A × 1 （F5HET4） Fab 8I21 heavy chain × 1 （S6B291） Fab 8I21 light chain × 1 （Q6GMX0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GH_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–715； UniProt 1–715

Envelope glycoprotein L

Human cytomegalovirus (strain 5508)

UniProt Q68674

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein UL128 × 1 （P16837） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （F5HCP3） Envelope glycoprotein UL131A × 1 （F5HET4） Fab 8I21 heavy chain × 1 （S6B291） Fab 8I21 light chain × 1 （Q6GMX0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GL_HCMV8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

Envelope glycoprotein UL128

Human cytomegalovirus (strain AD169)

UniProt P16837

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （Q68674） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （F5HCP3） Envelope glycoprotein UL131A × 1 （F5HET4） Fab 8I21 heavy chain × 1 （S6B291） Fab 8I21 light chain × 1 （Q6GMX0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UL128_HCMVA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

Envelope glycoprotein UL130

Human cytomegalovirus (strain Merlin)

UniProt F5HCP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （Q68674） Envelope glycoprotein UL128 × 1 （P16837） Envelope glycoprotein UL131A × 1 （F5HET4） Fab 8I21 heavy chain × 1 （S6B291） Fab 8I21 light chain × 1 （Q6GMX0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UL130_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

Envelope glycoprotein UL131A

Human cytomegalovirus (strain Merlin)

UniProt F5HET4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （Q68674） Envelope glycoprotein UL128 × 1 （P16837） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （F5HCP3） Fab 8I21 heavy chain × 1 （S6B291） Fab 8I21 light chain × 1 （Q6GMX0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	U131A_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

Fab 8I21 heavy chain

Homo sapiens

UniProt S6B291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （Q68674） Envelope glycoprotein UL128 × 1 （P16837） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （F5HCP3） Envelope glycoprotein UL131A × 1 （F5HET4） Fab 8I21 light chain × 1 （Q6GMX0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6B291_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 131–246； UniProt 126–241

Fab 8I21 light chain

Homo sapiens

UniProt Q6GMX0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （Q68674） Envelope glycoprotein UL128 × 1 （P16837） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （F5HCP3） Envelope glycoprotein UL131A × 1 （F5HET4） Fab 8I21 heavy chain × 1 （S6B291） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GMX0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 125–235； UniProt 126–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vob
沉积日期 deposition_date	2017-05-02
结构标题 title	Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21
关键词 keywords	HCMV, neutralizing epitope, immunogen, viral entry, Pentamer, vaccine, Viral Protein-Immune System complex; Viral Protein/Immune System
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vob__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vob__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vob__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.51 Å
Rg（电子密度）	59.77 Å
总 Rg	59.85 Å
原子数	14099
残基数	1753
排除体积	250520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vob__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	82415.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14099

MRPGLPSYLIILAVCLFSHLLSSRYGAEAVSEPLDKAFHLLLNTYGRPIRFLRENTTQCTYNSSLRNSTVVRENAISFNFFQSYNQYYVFHMPRCLFAGPLAEQFLNQVDLTETLERYQQRLNTYALVSKDLASYRSFSQQLKAQDSLGEQPTTVPPPIDLSIPHVWMPPQTTPHGWTESHTTSGLHRPHFNQTCILFDGHDLLFSTVTPCLHQGFYLIDELRYVKITLTEDFFVVTVSIDDDTPMLLIFGHLPRVLFKAPYQRDNFILRQTEKHELLVLVKKDQLNRHSYLKDPDFLDAALDFNYLDLSALLRNSFHRYAVDVLKSGRCQMLDRRTVEMAFAYALALFAAARQEEAGAQVSVPRALDRQAALLQIQEFMITCLSQTPPRTTLLLYPTAVDLAKRALWTPNQITDITSLVRLVYILSKQNQQHLIPQWALRQIADFALKLHKTHLASFLSAFARQELYLMGSLVHSMLVHTTERREIFIVETGLCSLAELSHFTQLLAHPHHEYLSDLYTPCSSSGRRDHSLERLTRLFPDATVPATVPAALSILSTMQPSTLETFPDLFCLPLGESFSALTVSEHVSYIVTNQYLIKGISYPVSTTVVGQSLIITQTDSQTKCELTRNMHTTHSITVALNISLENCAFCQSALLEYDDTQGVINIMYMHDSDDVLFALDPYNEVVVSSPRTHYLMLLKNGTVLEVTDVVVDATDGSGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	295027
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	30846.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MCRRPDCGFSFSPGPVILLWCCLLLPIVSSAAVSVAPTAAEKVPAECPELTRRCLLGEVFEGDKYESWLRPLVNVTGRDGPLSQLIRYRPVTPEAANSVLLDEAFLDTLALLYNNPDQLRALLTLLSSDTAPRWMTVMRGYSECGDGSPAVYTCVDDLCRGYDLTRLSYGRSIFTEHVLGFELVPPSLFNVVVAIRNEATRTNRAVRLPVSTAAAPEGITLFYGLYNAVKEFCLRHQLDPPLLRHLDKYYAGLPPELKQTRVNLPAHSRYGPQAVDAR

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus (strain 5508)
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69168
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein UL128
分子量 formula_weight	19777.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSPKDLTPFLTTLWLLLGHSRVPRVRAEECCEFINVNHPPERCYDFKMCNRFTVALRCPDGEVCYSPEKTAEIRGIVTTMTHSLTRQVVHNKLTSCNYNPLYLEADGRIRCGKVNDKAQYLLGAAGSVPYRWINLEYDKITRIVGLDQYLESVKKHKRLDVCRAKMGYMLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus (strain AD169)
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10360
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein UL130
分子量 formula_weight	28664.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLRLLLRHHFHCLLLCAVWATPCLASPWSTLTANQNPSPPWSKLTYSKPHDAATFYCPFLYPSPPRSPLQFSGFQRVSTGPECRNETLYLLYNREGQTLVERSSTWVKKVIWYLSGRNQTILQRMPRTASKPSDGNVQISVEDAKIFGAHMVPKQTKLLRFVVNDGTRYQMCVMKLESWAHVFRDYSVSFQVRLTFTEANNQTYTFCTHPNLIVGSENLYFQAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus (strain Merlin)
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	295027
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein UL131A
分子量 formula_weight	15011.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRLCRVWLSVCLCAVVLGQCQRETAEKNDYYRVPHYWDACSRALPDQTRYKYVEQLVDLTLNYHYDASHGLDNFDVLKRINVTEVSLLISDFRRQNRRGGTNKRTTFNAAGSLAPHARSLEFSVRLFAN

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus (strain Merlin)
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	295027
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Fab 8I21 heavy chain
分子量 formula_weight	30873.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEFGLSWVFLVAILEGVHCLVELVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSDGMHWVRQSPGRGLEWVAFISSDGSTPYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAMYFCAKDWALFRWLRTFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKSSGLEVLFQGPLGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Fab 8I21 light chain
分子量 formula_weight	25714.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

METPAELLFLLLLWLPDTTGETVMTQSPATLSVSPGGRATLSCRASQSVGINLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRASGFPARFSGSGSGTEFTLTITSLQSEDFAVYYCQQYNDWPPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5vobl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vobl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5vobH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vobL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vobL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	124.163 Å
晶胞边长 b length_b	145.422 Å
晶胞边长 c length_c	173.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	49.350 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2370

Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Envelope glycoprotein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Envelope glycoprotein UL128

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Envelope glycoprotein UL130

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Envelope glycoprotein UL131A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab 8I21 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab 8I21 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vob__assembly_1__model_1

5vob__assembly_1__model_1 | I(q)

5vob__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer