SAXSdb — 5vvk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 4	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 2 （P45956） ;DNA (5'-D(GPCPCPCPCPAPGPTPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPCPCPAPCPCPAPGPTPG)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 DNA (58-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–308； UniProt 1–305 作者链 B； PDB构建体 4–308； UniProt 1–305 作者链 C； PDB构建体 4–308； UniProt 1–305 作者链 D； PDB构建体 4–308； UniProt 1–305

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P45956

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 4	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 4 （Q46896） ;DNA (5'-D(GPCPCPCPCPAPGPTPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPCPCPAPCPCPAPGPTPG)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 DNA (58-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 F； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vvk
沉积日期 deposition_date	2017-05-19
结构标题 title	Cas1-Cas2 bound to full-site mimic
关键词 keywords	Complex, DNA, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vvk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vvk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.70 Å
Rg（电子密度）	42.10 Å
总 Rg	42.39 Å
原子数	11896
残基数	1364
排除体积	206330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vvk__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	33570.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11896

SFTMTWLPLNPIPLKDRVSMIFLQYGQIDVIDGAFVLIDKTGIRTHIPVGSVACIMLEPGTRVSHAAVRLAAQVGTLLVWVGEAGVRVYASGQPGGARSDKLLYQAKLALDEDLRLKVVRKMFELRFGEPAPARRSVEQLRGIEGSRVRATYALLAKQYGVTWNGRRYDPKDWEKGDTINQCISAATSCLYGVTEAAILAAGYAPAIGFVHTGKPLSFVYDIADIIKFDTVVPKAFEIARRNPGEPDREVRLACRDIFRSSKTLAKLIPLIEDVLAAGEIQPPAPPEDAQPVAIPLPVSLGDAGHRSS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	10527.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSMLVVVTENVPPRLRGRLAIWLLEVRAGVYVGDVSAKIREMIWEQIAGLAEEGNVVMAWATNTETGFEFQTFGLNRRTPVDLDGLRLVSFLPV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPCPCPCPAPGPTPAPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3319.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GCCCCAGTAGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPCPAPCPCPAPGPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3343.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GACCACCAGTG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (58-MER)
分子量 formula_weight	17907.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CACTGGTGGTCGCCGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCTAAGATATTAGA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (58-MER)
分子量 formula_weight	17967.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

GCTACTGGGGCCGAGGGTGTTCCCCGCGCCAGCGGGGATAAACCGAGCAGATATGCTC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5vvkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5vvkD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	74.900 Å
晶胞边长 b length_b	197.612 Å
晶胞边长 c length_c	95.344 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	98.806 Å
R 因子 r_factor	0.2185
R_work r_work	0.2166
R_free r_free	0.2536

Cas1-Cas2 bound to full-site mimic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vvk__assembly_1__model_1

5vvk__assembly_1__model_1 | I(q)

5vvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Cas1-Cas2 bound to full-site mimic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vvk__assembly_1__model_1

5vvk__assembly_1__model_1 | I(q)

5vvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)