SAXSdb — 5vvx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-GlcNAcase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 60–400 链 A； UniProt 553–704 链 C； UniProt 60–400 链 C； UniProt 553–704	片段：UNP residues 60-400, 553-704	Lamin B1 × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.90 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VVX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YDQ CpOGA D298N in complex with hOGA-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 402–408（7 aa）片段：HOGA O-GLCNAC PEPTIDE, RESIDUES 402-408	未记录	CD CADMIUM ION × 19 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.6M NAAC, 0.175M CDSO4, 0.1M HEPES PH 7.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.231
5M7R Structure of human O-GlcNAc hydrolase 提交 2016-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5M7S Structure of human O-GlcNAc hydrolase with bound transition state analog ThiametG 提交 2016-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	未记录	NHT (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1-0.2 M tri ammonium citrate pH 7.5 16-20 % PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.232
5M7T Structure of human O-GlcNAc hydrolase with PugNAc type inhibitor 提交 2016-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	未记录	GDV (5R,6R,7R,8S)-8-(ACETYLAMINO)-6,7-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-N-PHENYL-1,5,6,7,8,8A-HEXAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1-0.2 M tri Ammonium citrate 16-20 % PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.235
5M7U Structure of human O-GlcNAc hydrolase with new iminocyclitol type inhibitor 提交 2016-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	未记录	XHA 2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)-1-[3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propyl]pyrrolidin-2-yl]-~{N}-methyl-ethanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1-0.2 M tri Ammonium citrate pH 7.5 16-20 % PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5TKE Crystal Structure of Eukaryotic Hydrolase 提交 2016-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–400（341 aa）片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704 链 A 553–704（152 aa）片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704 链 B 60–400（341 aa）片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704 链 B 553–704（152 aa）片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.02 M MES monohydrate, 0.016 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.128 M potassium thiocyanate, 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5UHK Crystal structure of the core catalytic domain of Human O-GlcNAcase 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 56–400（345 aa）链 B 544–705（162 aa）链 C 56–400（345 aa）链 D 544–705（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-17% PEG 3350, 0.2 M Mg Formate	分辨率 2.97 Å R-free 0.251
5UHL Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase complexed with Thiamet G 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 56–400（345 aa）链 B 544–705（162 aa）链 C 56–400（345 aa）链 D 544–705（162 aa）	未记录	8BJ (2Z,3aR,5R,6S,7R,7aR)-2-(ethylimino)-5-(hydroxymethyl)hexahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-17% PEG 3350, 0.2 M Mg Formate	分辨率 3.14 Å R-free 0.257
5UHO Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase complexed with PUGNAc 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 56–400（345 aa）链 B 544–705（162 aa）链 C 56–400（345 aa）链 D 544–705（162 aa）	未记录	OAN O-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY D-GLUCOPYRANOSYLIDENE) AMINO-N-PHENYLCARBAMATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-17% PEG 3350, 0.2 M Mg Formate	分辨率 3.21 Å R-free 0.259
5UHP Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 14–400（387 aa）链 B 14–400（387 aa）链 F 554–705（152 aa）链 G 554–705（152 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K Na tartrate tetrahydrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5UHP Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 14–400（387 aa）链 D 14–400（387 aa）链 E 554–705（152 aa）链 H 554–705（152 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K Na tartrate tetrahydrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5UN8 Crystal Structure of human O-GlcNAcase in complex with glycopeptide p53 提交 2017-01-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 A 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 C 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 C 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.02 M MES monohydrate, 0.016 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.128 M potassium thiocyanate, 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550.	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
5UN8 Crystal Structure of human O-GlcNAcase in complex with glycopeptide p53 提交 2017-01-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 B 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 D 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 D 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.02 M MES monohydrate, 0.016 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.128 M potassium thiocyanate, 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550.	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
5UN9 The crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with Thiamet-G 提交 2017-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 A 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 B 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704 链 B 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400 and 553-704	未记录	NHT (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.128 M potassium thiocyanate, 0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.016 M imidazole (pH 7.0), 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.02 M MES monohydrate (pH 6.5), 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 5% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
5VVO Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 A 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 B 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 B 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704	突变：D175N 突变：D175N 突变：D175N 突变：D175N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
5VVT Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-20	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 60–400（341 aa）链 A 553–704（152 aa）链 C 60–400（341 aa）链 C 553–704（152 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.80 Å R-free 0.291
5VVU Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 A 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 C 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 C 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
5VVV Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 A 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 C 60–400（341 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704 链 C 553–704（152 aa）片段：UNP residues 60-400, 553-704	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.80 Å R-free 0.257
6HKI Crystal structure of surface entropy mutant of human O-GlcNAc hydrolase 提交 2018-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	突变：E602A, E605A 突变：E602A, E605A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M sodium citrate tribasic, 17% polyethylene glycol 3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.234
6PM9 Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase bound to MK-8719 提交 2019-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 14–400（387 aa）链 B 14–400（387 aa）链 F 554–705（152 aa）链 G 554–705（152 aa）	未记录	OQ1 (3aR,5S,6S,7R,7aR)-5-(difluoromethyl)-2-(ethylamino)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K-Na-tartrate tetrahydrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.86 Å R-free 0.309
6PM9 Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase bound to MK-8719 提交 2019-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 14–400（387 aa）链 D 14–400（387 aa）链 E 554–705（152 aa）链 H 554–705（152 aa）	未记录	OQ1 (3aR,5S,6S,7R,7aR)-5-(difluoromethyl)-2-(ethylamino)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K-Na-tartrate tetrahydrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.86 Å R-free 0.309
7OU6 Human O-GlcNAc hydrolase in complex with DNJNAc-thiazolidines 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–916（916 aa）链 BBB 1–916（916 aa）	未记录	1XI ~{N}-[(3~{Z},6~{S},7~{R},8~{R},8~{a}~{S})-7,8-bis(oxidanyl)-3-(phenylmethyl)imino-1,5,6,7,8,8~{a}-hexahydro-[1,3]thiazolo[3,4-a]pyridin-6-yl]ethanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350	分辨率 2.41 Å R-free 0.271
7YEH Cryo-EM structure of human OGT-OGA complex 提交 2022-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–916（916 aa）链 D 1–916（916 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
8P0L Crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with an S-linked CKII peptide 提交 2023-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1 SER SERINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
9BA8 O-GlcNAcase (OGA) inhibitor complex for the Treatment of Alzheimer's Disease 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 55–713（659 aa）链 B 55–713（659 aa）	未记录	A1AKM N-[4-fluoro-5-({(2S,4S)-2-methyl-4-[(5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)methoxy]piperidin-1-yl}methyl)-1,3-thiazol-2-yl]acetamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；15% PEG 3350, 200mM Magnesium Chloride, 100mM Hepes pH 7.0, 5% DMSO	分辨率 2.54 Å R-free 0.231
9BA9 O-GlcNAcase (OGA) inhibitor complex for the Treatment of Alzheimer's Disease 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 55–713（659 aa）	未记录	A1AKL N-{5-[(piperidin-1-yl)methyl]-1,3-thiazol-2-yl}acetamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；33% PEG 300, 100mM Hepes pH 8.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.260
9NE2 cryoEM structure of the human OGA-L Catalytic Dimer 提交 2025-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–916（916 aa）链 B 1–916（916 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
9NE4 cryoEM structure of the A-chain of the human OGA-L Catalytic Dimer 提交 2025-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–916（916 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9NE5 cryoEM structure of the B-chain of the human OGA-L Catalytic Dimer 提交 2025-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–916（916 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9QEN Cryo-EM structure of human O-GlcNAcase 提交 2025-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–420（410 aa）链 A 553–916（364 aa）链 B 11–420（410 aa）链 B 553–916（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	OGA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–342； UniProt 60–400 作者链 A； PDB构建体 353–504； UniProt 553–704 作者链 C； PDB构建体 2–342； UniProt 60–400 作者链 C； PDB构建体 353–504； UniProt 553–704

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vvx
沉积日期 deposition_date	2017-05-21
结构标题 title	Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase
关键词 keywords	OGA, Human O-GlcNAcase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.97 Å
零角强度 I(0) i0	150623000.00
分子量 molecular_weight	100580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126970 Å³
包络体积 envelope_volume	152090 Å³
水化壳体积 shell_volume	42513 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.43 Å
包络 Rg envelope_rg	29.09 Å
形状 Rg shape_rg	28.95 Å
总 Rg total_rg	29.81 Å
总原子数 total_atoms	7091
残基数 n_residues	861
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	150600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.378
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.922

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein O-GlcNAcase
分子量 formula_weight	57822.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.169,3.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7104

HFLCGVVEGFYGRPWVMEQRKELFRRLQKWELNTYLYAPKDDYKHRMFWREMYSVEEAEQLMTLISAAREYEIEFIYAISPGLDITFSNPKEVSTLKRKLDQVSQFGCRSFALLFDNIDHNMCAADKEVFSSFAHAQVSITNEIYQYLGEPETFLFCPTEYCGTFCYPNVSQSPYLRTVGEKLLPGIEVLWTGPKVVSKEIPVESIEEVSKIIKRAPVIWDNIHANDYDQKRLFLGPYKGRSTELIPRLKGVLTNPNCEFEANYVAIHTLATWYKSNMNGVRKDVVMTDSEDSTVSIQIKLENEGSDEDIETDVLYSPQMALKLALTEWLQEFGVPHQYSSRGGGGSGGGGSVTLEDLQLLADLFYLPYEHGPKGAQMLREFQWLRANSSVVSVNCKGKDSEKIEEWRSRAAKFEEMCGLVMGMFTRLSNCANRTILYDMYSYVWDIKSIMSMVKSFVQWLGCRSHSSAQFLIGDQEPWAFRGGLAGEFQRLLPIDGANDLFFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lamin B1
分子量 formula_weight	1346.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KLSPSPSSRVTVS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5vvxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	5vvxC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.922 Å
晶胞边长 b length_b	96.222 Å
晶胞边长 c length_c	89.653 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2038
R_work r_work	0.1999
R_free r_free	0.2822

fit	/app/data/saxs_computation/vv/5vvx/5vvx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vv/5vvx/5vvx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vv/5vvx/5vvx.dat

Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-GlcNAcase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)