SAXSdb — 5vxr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 141–239	未记录	MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain × 1 （A0A125T908） Virus Envelope Protein 2 × 1 （Q5EG65） GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；12.5% PEG3000, 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 6.2	分辨率 1.40 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VXR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–240（220 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 21–240（220 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
6U2F PCSK9-Fab 7G7 complex bound to cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)IGLLR - NH2 提交 2019-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 137–239（103 aa）片段：Fab	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane	分辨率 2.94 Å R-free 0.209

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q569X1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 119–217； UniProt 141–239

MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain

物种未注明

UniProt A0A125T908

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 131–237	未记录	MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain × 1 （Q569X1） Virus Envelope Protein 2 × 1 （Q5EG65） GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；12.5% PEG3000, 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 6.2	分辨率 1.40 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A125T908_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 111–217； UniProt 131–237

Virus Envelope Protein 2

物种未注明

UniProt Q5EG65

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 412–423	片段：Epitope I (UNP residues 412-423)	MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain × 1 （Q569X1） MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain × 1 （A0A125T908） GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；12.5% PEG3000, 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 6.2	分辨率 1.40 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VXR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GAG Structure of the broadly neutralizing antibody AP33 in complex with its HCV epitope (E2 residues 412-423) 提交 2012-07-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 412–423（12 aa）片段：Residues 412-423 of HCV E2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；18% PEG 8K, 0.1M TrisHCl, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.211

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HCVGL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–12； UniProt 412–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vxr
沉积日期 deposition_date	2017-05-24
结构标题 title	The antigen-binding fragment of MAb24 in complex with a peptide from Hepatitis C Virus E2 epitope I (412-423)
关键词 keywords	Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.35 Å
零角强度 I(0) i0	39800600.00
分子量 molecular_weight	48062.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59747 Å³
包络体积 envelope_volume	72394 Å³
水化壳体积 shell_volume	24926 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.32 Å
包络 Rg envelope_rg	24.30 Å
形状 Rg shape_rg	24.34 Å
总 Rg total_rg	25.14 Å
总原子数 total_atoms	6639
残基数 n_residues	430
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9024
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.304
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8315000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain
分子量 formula_weight	23160.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7192

VQLQESGPSLVKPSQTLSLTCSVTGDSITSGYWNWIRKFPGNKLEYVGYISYSGDTYYNPSLKSRISITRDTSKNQYYLQLNSVTSEDTATYYCARMGYGSQPGFGSWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain
分子量 formula_weight	23906.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

NIVLTQSPVSLAVSLGQRATISCRASESVDSYGKSFLHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPARFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQHNNEDPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERNNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRND

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Virus Envelope Protein 2
分子量 formula_weight	1383.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

QLINTNGSWHVN

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	447

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5vxrH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vxrL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vxrL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.370 Å
晶胞边长 b length_b	53.338 Å
晶胞边长 c length_c	133.903 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	14.110 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.1900

fit	/app/data/saxs_computation/vx/5vxr/5vxr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vx/5vxr/5vxr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vx/5vxr/5vxr.dat

The antigen-binding fragment of MAb24 in complex with a peptide from Hepatitis C Virus E2 epitope I (412-423)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Virus Envelope Protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)