5vyf

Structure of single chain Fel d 1 bound to a neutralizing antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

Felis catus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Antibody light chain × 1 Antibody Fab heavy chain × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Antibody light chain × 1 Antibody Fab heavy chain × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FEL1A_FELCA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 93–162； UniProt 23–92 作者链 F； PDB构建体 93–162； UniProt 23–92

Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

Felis catus

UniProt P30440

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Antibody light chain × 1 Antibody Fab heavy chain × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Antibody light chain × 1 Antibody Fab heavy chain × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FEL1B_FELCA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–92； UniProt 18–109 作者链 F； PDB构建体 1–92； UniProt 18–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vyf
沉积日期 deposition_date	2017-05-25
结构标题 title	Structure of single chain Fel d 1 bound to a neutralizing antibody
关键词 keywords	antibody, allergen, therapeutic, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vyf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vyf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.62 Å
Rg（电子密度）	30.52 Å
总 Rg	31.09 Å
原子数	4244
残基数	556
排除体积	75533 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vyf__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5vyf__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antibody light chain
分子量 formula_weight	23400.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A
原子数 atom_count	8563

DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLRPEDFATYYCQQYNSYPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antibody Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23473.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGRGYNADYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKLEYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1
分子量 formula_weight	21919.9 kDa
突变 mutation	N50A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

VKMAETCPIFYDVFFAVANGNELLLDLSLTKVAATEPERTAMKKIQDCYVENGLISRVLDGLVMTTISSSKDCMGEAVQNTVEDLKLNTLGREICPAVKRDVDLFLTGTPDEYVEQVAQYKALPVVLENARILKNCVDAKMTEEDKENALSLLDKIYTSPLCGPGGEQKLISEEDLGGEQKLISEEDLSGHHHHHHSSG

来源 Source

来源生物 organism	Felis catus
通用名 common_name	Cat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9685
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d5vyfa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vyfa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5vyfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5vyfc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.101 — Uteroglobin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.101.1 — Uteroglobin-like
家族 Family family	a.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vyfc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.101 — Uteroglobin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.101.1 — Uteroglobin-like
家族 Family family	a.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vyff1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.101 — Uteroglobin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.101.1 — Uteroglobin-like
家族 Family family	a.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vyff2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.101 — Uteroglobin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.101.1 — Uteroglobin-like
家族 Family family	a.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vyfh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5vyfl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5vyfl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5vyfA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vyfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vyfB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vyfC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5vyfF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5vyfH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vyfL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5vyfL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	74.985 Å
晶胞边长 b length_b	131.480 Å
晶胞边长 c length_c	148.357 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	98.400 Å
R 因子 r_factor	0.2271
R_work r_work	0.2254
R_free r_free	0.2594

Structure of single chain Fel d 1 bound to a neutralizing antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vyf__assembly_1__model_1

5vyf__assembly_1__model_1 | I(q)

5vyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of single chain Fel d 1 bound to a neutralizing antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vyf__assembly_1__model_1

5vyf__assembly_1__model_1 | I(q)

5vyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)